apparatus/cantilever-calib.tex: Summarize the experiment procedure

Folks might find the raw equation unenlightening.  Hopefully a few
words about the procedure will help this teaser sink in so they're
ready for the calibcant chapter.

calibcant/main.tex: Label chapter and sections

Most of the theory derivation (except for the long integrals) will
move here from the current calibration appendix.  The new labels allow
us to link into the calibcant-based chapter (vs. a theory-only
chapter), where I can highlight my work.

apparatus/cantilever-calib.tex: Move nomenclature out of paragraph

This makes it easier to read the text of the paragraph itself, which
had previously ended a paragraph with a sentence (fixed now).

sawsim/discussion.tex: Remove Who's who (only I care ;)

pyafm: Fill in the chapter on my control stack

Use minted for syntax highlighting in code excerpts (yay pygments!).

figures/labview-comparision: Data and figures comparing control stacks

This should be automated, but I don't have time now.

Update to TeXLive 2011 needs protected caption subrefs

To avoid:

  ! Argument of \@caption has an extra }.

fragile \subref{} calls in \caption{} arguments need to be
\protect-ed.  For details, see:

  http://tex.stackexchange.com/questions/31817/texlive-2011-and-subfig

where egreg points out that the change probably happened in the bump
to caption 3.2.

root.bib: Add missing @string definition for APL

root.bib: Add missing commas in martin87 and meyer88

pyafm: Split into per-section files

This makes the source for a particular section easier to find.

apparatus/cantilever-calib.tex: Use '\cite{...}' instead of '\citep{...}'

\citep doesn't seem to work inside \nomenclature.

Replace '\cite{...}' with '\citep{...}'

This way we get the configured natbib formatting.

cantilever/discussion.tex: Update sawsim link

Shortly after this thesis is finalized I should graduate ;).  Point
folks reading the thesis to my personal site for sawsim, instead of
the Drexel site that I may no longer control.

Also:
* Add a more informative section title.
* Use \citet{} instead of hardcoding Walton et al.
* Use \url{} for a clickable link.

cantilever/main.tex: Clarify title with "stiffness effect"

cantilever/simulations.tex: Link to sec:sawsim:cantilever

cantilever/theory.tex: Cite Walton 2008 as motivation

introduction/main.tex: Expand on the landscape/pathway distinction

introduction/main.tex: Tighten single molecule lead-in

Replace "imposes certain limitations on" with "limits" ;).

Merge remote-tracking branch 'local/master'

With thesis development distributed over a number of machines, I lost
track of a few repositories.  This pulls in some changes from a
recently rediscovered repo.

* local/master:
  Relabel src/unfolding/rate.tex as sec:unfolding-rate.
  Consolidate references to cantilever calibration summary as sec:cantilever-calib:intro.
  Remove cruft from SCons generator bodies.

Conflicts:
src/apparatus/main.tex
src/unfolding/rate.tex

src/pyafm/main.tex: Add a space after \pyafm in the header

src/figures/fit-space/extract_fit_valley.py: print -> print()

src/figures/script/pyfit: print -> print()

src/figures/cantilever-data/make_v_dep_plots.sh: print -> print()

Fix embedded Python syntax to avoid:

  ./make_v_dep_plots.sh
    File "<string>", line 1
      print '%.2f' % 131.97793902439034
                 ^
  SyntaxError: invalid syntax

src/figures/cantilever-data/get_v_dep.sh: print -> print()

Fix embedded Python syntax to avoid:

  cd .. && ./get_v_dep.sh
    File "<string>", line 1
      print '%.2f' % 131.97793902439034
                 ^
  SyntaxError: invalid syntax

src/figures/cantilever-data/avg_data.py: Vs.sort() -> sorted()

Avoid:

  cd .. && python avg_data.py
  Traceback (most recent call last):
    File "avg_data.py", line 78, in <module>
      write_average_file(FofV, avgK)
    File "avg_data.py", line 55, in write_average_file
      Vs.sort()
  AttributeError: 'dict_keys' object has no attribute 'sort'

src/figures/cantilever-data: Modernize print statements

Old                 New
===============     ================
print >> x, ...     x.write(...)
print ...           print(...)
'%s' % (...)        '{}'.format(...)
===============     ================

The old `print >> ` syntax wasn't Python 3 compliant.

src/figures: Use open() instead of file() in Python scripts

file() is gone in Python 3, and open() was always the prefered method
for opening files.  I just didn't know that when I wrote the original
code ;).

root.bib: add roman12 entry for Marisa's thesis

Stub out pyafm and calibcant chapters.

Add Prof. Cruz as an advisor.

Merge unfolding and tension chapters back into sawsim chapter.

In order to focus on my contributions, I think it would be clearer to
bundle the theory into the sawsim chapter.  They're all very closely
related, and it means I can keep patting myself on the back throughout
the chapter so the reader doesn't loose focus ;).

This commit is mostly a reworking of the sawsim chapter.

Other changes:

* Dissable old SCons asymptote build.  I'm using the build-asy.py
  script for this now, and I haven't worked out how to wedge that into
  SCons yet.  The problem is all this scratch-directory linking.
* Add an E. coli index point in apparatus/polymer-synthesis.tex.
* Add blub/gumbel.tex (not currently included) to work out the
  different probability distribution nomenclature.
* Add wlc-extension.asy, wlc-model.asy, fjc-extension.asy,
  fjc-model.asy, landscape-bell.asy, and wiggle.asy.
* unfolding.asy: pull Wiggle out into wiggle.asy.
* cantilever/theory.tex: flesh out energy landscape caption.
* introduction/main.tex: link rief02 for simulation/experiment
  comparison.
* local_cmmds.tex: add \Langevin, \insilico, \invitro, \invivo,
  \pysawsim.  Comment out \r and \rs (which aren't used?) because they
  were colliding with something inside Angstroms (\AA).
* root.bib: Add wikipedia:gumbel, gumbel58, wikipedia:GEV,
  wikipedia:gompertz, wikipedia:gumbel-t1, wikipedia:gumbel-t2,
  dudko08, baljon96, fisher99a, fisher99b, zlatanova00, viani99,
  capitanio02, binnig86, williams86, martin87, and meyer88.  Also fix
  a few BibTeX markup issues.
* packages.tex: fix struct -> struck typo and import booktabs and
  fancyvrb.  Also disable lineno usage in final mode.
* root.tex: disable lineno usage in final mode and remove unfolding
  chapter.
* sim-hist.asy: smaller size.
* fit-valley.asy, sim-sawtooth.asy: smaller size, more consistent axis
  labeling.
* kappa-sawteeth.asy: more consistent axis labeling.

Shrink expt-sawtooth.asy to a more reasonable size.

Also make the x-axis label more explicit ("Distance" was too vague).

Consolidate fig:afm-schematic and fig:piezo-schematic into one figure.

Also cite binnig86 (AFM with STM sensor) and meyer88 (AFM with optical
lever) when introducing the AFM.

Limit default graphMatrixFile palette to 8192 colors.

For some reason, leaving it at the default 32761 gives me unfilled
color bars for z scaling.

Use 1/3 instead of 0.\bar{3} in monte-carlo.asy.

I'm already using \bar{} for the complex conjugate.

Use kappa for spring constants (k is for rates).

Excape the hash symbol (#) in agilent-sure2 bib entry.

There is no way to comment out BibTeX values, just use a non-standard name.

Add WKing @string to packaging/main.bib.

Apparently @string definitions are local to a single .bib file.  It's
not picking up my definition in root.bib anyway.

Add a missing comma after the url entry for agilent-sure2.

Set Asymptote fontsize to 10pt globally, not just for sLabel()s.

Add packaging bibliography.

I'll add the text for this chapter later, but I need these citations
for the abstract.

Use \subref in unfolding schematic image.

This is better than hardcoding subfigure references in the caption.

Add I27 length to fig:I27 caption.

Use \subref in unfolding pathway vs. landscape image.

This is better than hardcoding subfigure references in the caption.

Also reference kellermayer97 as an early example of force spectroscopy
on proteins with laser tweezers (they're right after rief97a in the
journal).

Consolidate duplicate I27 nomenclature entries.

And place the consolidated entry in apparatus/polymer-synthesis.tex
where I27 is introduced.

Add schematics for Kramers' integrand and the unfolding landscape.

Clean up lattice and off-latice references in the sawsim intro.

Also reference the snippet about simulation timescales in
introduction/main.tex.

Don't wrap lu99 url in root.bib.

Add citations for lu98 and lu99 to introduction MD discussion.

These papers are probably the earliest examples of molecular dynamics
simulations of velocity-clamp unfolding.

Add build-asy.py script to build Asymptote figures.

Add figure 2 from kempe85.

Include apparatus/main.bib bibliography (equipment).

Comment out some personal stuff to make shorter drafts.

At least while I'm working on major edits.

Bump copyright year in root.tex.

Point out some early DNA work before introducing titin.

Flesh out apparatus chapter.

Move I27 figure in from cantilever/methods, because we introduce I27
in the polymer-synthesis section.

Additions:
* Discussion of the piezo portion of an AFM.
* Discuss history of force spectroscopy.
* Add entire text of polymer synthesis and sample preparation sections.
* Lots of little things.

Make piezo schematic smaller.

Add berkemeier11 as another paper discussing molecular dynamics speeds.

Add several new citations to root.bib (mostly for the apparatus chapter).

New keys:
 bartels03,
 berkemeier11,
 hager02
 honda08
 itoh04,
 kempe85,
 lo01,
 ma10,
 sakaki05,
 schmidt02,
 schmitt00,
 sundberg03,
 ulman96,

Add \diNaHPO (Na2HPO4) and \NadiHPO (NaH2PO4) commands to local_cmmds.tex.

Import fixltx2e in packages.tex to get \textsubscript used in defining
these commands.

Fix redundant 'review' and 'discussed' in apparatus/main.tex.

Flesh out motivation to distinguish pathway vs. funnel in intro.

Also mention:
* difficulties comparing with molecular dynamics simulation.
* large span of ranges amoung available single molecule techniques.

Add citealiases and shorthand commands for a bunch of software packages.

Add abstract text.

Add labeit95 and sandal09 to root.bib.

Add apparatus/main.bib with vendor references.

Add piezo.asy for explaining how a tubular piezo works.

Add skeletal_muscle.jpg (modified from Wikipedia).

Whitespace cleanups in the rest of the figures/*/*.asy files.

Used sed to replace tabs with spaces and strip trailing spaces.

Whitespace cleanups in base_afm.asy and monte-carlo.asy.

Convert tabs to spaces in expt-sawtooth.asy.

Relabel unfolding/rate.tex to sec:rate.

This fixes a label-collision with unfolding/distributions.tex on
sec:unfolding-distributions.

Remove asyprocess references from SConscript files.

Whitespace cleanups in schematic/unfolding.asy.

Fix sec:cantilever-calib-intro -> sec:cantilever-calib:intro reference.

Remove unused asyprocess script (leftover from asyfig framework).

Create figures/scratch immediately, so it's there by the time we run LaTeX.

Remove unused asyfig packages.

Add hong10, zhao10, liu10, measey09, shan09, yuan08, liu08, ... to root.bib.

Papers by Prof. Yang.

Change my email address from drexel.edu to tremily.us.

Add new citation ng07b and change ng07 to ng07a.

Add comments referenceing Brockwell's 2002 paper with respect to Gumbel dist.

Relabel src/unfolding/rate.tex as sec:unfolding-rate.

Consolidate references to cantilever calibration summary as sec:cantilever-calib:intro.

Remove cruft from SCons generator bodies.

Remove src/unfolding-distributions/* which were moved to src/unfolding/distributions-*.

Update to \DUTmonth and \DUTyear to work with >=drexel-thesis-0.10.

Remove silly tex/ directory.

Add a PyMOL builder to SCons and generalize PYMOL_PATH setup.

Adjust asymptote and gnuplot doctests to be directory independent.

Now you can run the doctests from any directory and they will still
find the files they are scanning to test.  Note that SCons may not be
installed in your PYTHONPATH by default:

> From: Steven Knight
> Date: May 28, 2008; 10:01am
> Subject: Re: easy_installed scons not working
>
> ...
>
> In essence, we've tried to make SCons more like a standalone
> application that happens to use Python, instead of a Python
> application that only exists "within" the Python installation itself.
> This separation also allows you, for example, to experiment with
> upgrading your Python version without having to re-install SCons.
>
> ...
>
> Note that the hacking we've done on our setup.py does allow you to
> install into the site-package/ subdirectory if you wish, using an
> extended --standard-lib option.
>
> ...

So you may need to try something like:
  PYTHONPATH=/usr/lib/scons-2.0.1/ python site_cons/site_tools/asymptote.py
to run the tests.

Correct GNUPLOTLAGS -> GNUPLOTFLAGS typo in site_cons/site_tools/gnuplot.py.

Transition from \asyfig to the stock \asyinclude.

Work around null-dereference bug in some versions of asymptote.

See
  http://sourceforge.net/tracker/?func=detail&aid=3292023&group_id=120000&atid=685683
for details on the bug.

Fix (a^2-z^2)^2 typo in integrals.tex.

Begin rearranging chapters and sections following Prof. Yang's suggestions.

Convert author macro JFernandez -> JMFernandez.

Condense author aliases for MSZKellermayer and SBSmith.

Added dates to rief97* which swapped a <-> b.

Added dates to carrion-vazques99* which swapped a <-> b.

Fix some long URLs that had been wrapped by pybtex.