Starting on version 0.6, with generalized discrete reactions.

Added domain-chain and reaction-graph figures.

Added timescale section and cleaned up some of the overview text.

Added stiffness env. parameter and stiffness-corrected Bell model.

Following Walton et al. and my poster.  Currently a fairly ugly hack to
get some simulation data for my poster (in 4 days!).  I will come
back and clean things up afterwards.  Due to the coarseness of the
tension balancer, it's probably a better idea to get stiffnesses
for each of the groups separately and then add the stiffnesses in
series.  This removes the balancer completely.

Increased verbose output from tension_model_utils.

Corrected some strings for tension_model_utils.

Fixed a few minor typos.

Added Fmax and Xmax options to tension_model_utils

Also added Fmax/Xmax/xmax_special/etc current value outputs to
tension_model_utils and k_model_utils.

Added testing scripts, comparing sawsim with theory

TODO, adjust bell & kramers testing to read param files like
const_rate does.

Removed debugging printfs from sawsim.c stepping

Added the option to make discrete steps in x.

Made directory prerequisites order-only prerequisites.

Avoids excessive rebuilding. See
  http://www.kolpackov.net/pipermail/notes/2004-January/000001.html
  http://www.gnu.org/software/make/manual/html_node/Prerequisite-Types.html
  http://savannah.gnu.org/support/?104349
for details

Added a better introduction and UTF-8 capability in sawsim.nw.

Fixed linker error running wlc check in check_sawsim.

Obviously, the wlc check should be in check_tension_model, but that
doesn't exist yet.  When it does, it will still need the wlc()
declaration, since wlc() is not exported directly by tension_model.h.
I also added protective #ifndef-#def-#endif protection to the headers.

TODO: Determine which modules depend on which other modules and make
the appropriate includes in the headers themselves.  Then the .c files
need only include the headers they use directly.

Fixed some bugs with `make clean'

I had forgotten to clean up all the sawsim modules :p.

Major rewrite of the build system/Makefile reorganized.

Almost everything got pushed out into subdirectories of the base
`sawsim/' dir.  All the versioned source got sent to `src'.
Processing `sawsim.nw' generates C code, which is placed in `build'
along with the odd bits of code not in the noweb file.  Finally, we
compile the code in `build' into executibles placed in `bin' and
documents placed in `doc'.  TODO: add appropriate commentary to
`sawsim.nw'.

Standardizing the Makefile also cut down on the module-specific code
needed in the makefile, which should encourage better modulization.

I hadn't been able to compile the checks in a while with the old
system, and now they compile, but they don't pass the checks.  Well,
that's what checks are for ;), although in this case I suspect it's
just that I've been ignoring the checks for a while and the code has
moved on, leaving incompatible checks.  Fixing the checks is the next
order of business, so we can implement fast, pre-commit sanity-checks.

Added some missing cleanup targets to the Makefile

Added a .gitignore file

Noweb produces a lot of unversioned source files.  .gitignore keeps
track of them so they don't clutter up your `git status' calls and so
on.

Fixed a few minor typos

git-svn-id: svn://abax.physics.drexel.edu/sawsim/trunk@15 865a22a6-13cc-4084-8aa6-876098d8aa20

Fixed LaTeX typos

git-svn-id: svn://abax.physics.drexel.edu/sawsim/trunk@14 865a22a6-13cc-4084-8aa6-876098d8aa20

Fixed some other tension model bugs in tension_model_handler.

git-svn-id: svn://abax.physics.drexel.edu/sawsim/trunk@13 865a22a6-13cc-4084-8aa6-876098d8aa20

Passed INIT_MODEL() alterations on to the utility programs.

git-svn-id: svn://abax.physics.drexel.edu/sawsim/trunk@12 865a22a6-13cc-4084-8aa6-876098d8aa20

Fixed 'y > yub' error by reducing default tolerances min_d{x,y} in
tension_balance() and x_of_xo().  Now that this is known to be a
problem, I need to come up with a more permanent fix...

git-svn-id: svn://abax.physics.drexel.edu/sawsim/trunk@11 865a22a6-13cc-4084-8aa6-876098d8aa20

Fixed group implementation, still need to test it.

git-svn-id: svn://abax.physics.drexel.edu/sawsim/trunk@10 865a22a6-13cc-4084-8aa6-876098d8aa20

Added Fmax, xmin, and xmax options to k_model_utils

git-svn-id: svn://abax.physics.drexel.edu/sawsim/trunk@9 865a22a6-13cc-4084-8aa6-876098d8aa20

Added noweb dependency information to README

git-svn-id: svn://abax.physics.drexel.edu/sawsim/trunk@8 865a22a6-13cc-4084-8aa6-876098d8aa20

Added GSL dependency notes.

git-svn-id: svn://abax.physics.drexel.edu/sawsim/trunk@6 865a22a6-13cc-4084-8aa6-876098d8aa20

Added interpolating lookup table files.  They are from my interp_table package
(a GNU libavl spinoff), so they aren't included in sawsim.nw.

git-svn-id: svn://abax.physics.drexel.edu/sawsim/trunk@5 865a22a6-13cc-4084-8aa6-876098d8aa20

fixed some citation typos

git-svn-id: svn://abax.physics.drexel.edu/sawsim/trunk@4 865a22a6-13cc-4084-8aa6-876098d8aa20

Added sawsim.bib so sawsim.pdf will compile with citations.

git-svn-id: svn://abax.physics.drexel.edu/sawsim/trunk@3 865a22a6-13cc-4084-8aa6-876098d8aa20

added a README explaining how to get the makefile out of sawsim.nw

git-svn-id: svn://abax.physics.drexel.edu/sawsim/trunk@2 865a22a6-13cc-4084-8aa6-876098d8aa20

initial package import. version 0.4

git-svn-id: svn://abax.physics.drexel.edu/sawsim/trunk@1 865a22a6-13cc-4084-8aa6-876098d8aa20