Merge Veeco -> Bruker and NumPy/SciPy doc guide patches.

Update URL for NumPy/SciPy documentation guide.

Veeco -> Bruker since sale of metrology wing this August.

Better contact point detection now handles some initial vibrations.

Actually, filtering the copy directly is *almost* ok.

Use hooke.command_by_name[...] in hooke.plugin.*.

Only shallow copy when filtering a playlist.

We should iterate through the base playlist, because iterating over a
playlist that's having items removed is poorly defined.  However, if
were iterating through the input playlist and removing items from the
copy, we need a shallow copy so the item ids still match.  Curves can
belong to several playlists, so shallow copies are ok.

Another problem with the old version was that the _index was being
updated in the copy, not the current curve, so the
current_curve_callback() bit was *not* working.

.`_setup_item` -> `._setup_item` in hooke.playlist.Playlist.unload.__doc__.

Adjust playlist curve setup to load curves after YAML restore.

Add yaml load test to hooke.curve.Data.

expanduser() in hooke.playlist.load().

Don't save digests in the playlist file.

They create dependency loops:
  digest_{i+1} = checksum(file with digest_i)
With the old way, exiting after
  $ hk.py -c 'new_playlist --output_playlist mylist'
          -c 'glob_curves_to_playlist ...*.curve'
          -c 'save_playlist --output mylist' -p
would complain of unsaved playlists.

data_logger.normalize_logdir -> normalize_log_dir with data_logger v0.4.

Update WTK driver links with git.php -> gitweb.cgi.

Update test/wtk_driver.py for data_logger version 0.4.

Don't use questions in the README section headings.

Fixup reStructuredText in README.

Explain my Hooke ebuild in doc/install.txt.

Ran update_copyright.py, updating hooke/ui/gui/dialog/string.py.

Fix hg.py -> hk.py in setup.py.

Merged `igorbinarywave.py --not-strict` and playlist expanduser() commits.

Add -n/--not-strict to igorbinarywave.py (currently for IBW files with non-empty padding).

Move some playlist-related expanduser() calls from hooke.plugin.* to hooke.playlist and hooke.curve.

Update hooke.playlist.FilePlaylist doctests for explicit_user_call.

Update hooke.command_stack.CommandStack doctests for explicit_user_call.

Cleanups so hooke/ui/gui/ passes unittests.

Log errors when instantiation fails in hooke.util.pluggable.construct_*().

Relax doctest constraints on hooke.util.fit.ModelFitter.

I'm not sure of the reason behind the differences, but sometimes the
exit condition varies slightly depending on which test box I use.

Add os.path.expanduser() wrappers to user-supplied paths.

This allows things like
  [gui user interface]
  perspective path = ~/.hooke/resources/gui/perspective
to work as expected.

Zip files use slashes (not os.path.sep) for their path separator (JPK driver).

Quote backslash-containing arguments in doc/tutorial.py.

albedomanu -> Manuel Gensler based on an email from the latter.

Use `with Closing(...) as f:` in JPKDriver._zip_segment().

Extended test/jpk_driver.py to test .jpk-data1D file reading.

Extent JPK driver to also read .jpk-data1D-file files.

Also:
* Lowercase most JPK exception messages.
* Decode integer types to floats as specified by 'encoder'.
* Give the path to the old file when suggeesting an `out2jpk-force` upgrade.

Fix test/jpk_driver.py now that we can load each of the examples.

Ensure unique segment names in the JPK driver.

Fix distance_base_unit extraction in JPK driver for encoded data.

Fix JPK list field splitting for empty lists.

Only pass curve params out to segments if they exist.

Skip some param translation in the JPK driver for channel-less segments.

Improve handling of the base calibration slot units in JPK driver.

I'm using the 0.12 specs for the JPK driver, so allow version 0.12 files.

The previous range(12) code only went up to version 0.11.

Adjust unit extraction from the JPK file format.

I've emailed Michael Haggerty to track down the version that made the
change from 'data.unit=' to 'data.unit.unit='.  For now, I'm assuming
it's just <= 0.2.

Add support for raster and constant data to JPK driver.

Add support for {,u}int{16,32} segments in JPK driver.

TODO: check that these are converted to float32 or similar when
converting from bits to meters.  Potentially change from multi-column
Data blocks to lists of single column blocks to allow for different
dtypes in each block.

Break JPK data block name extraction out into ._zip_segment_name().

Also removes restrictions on allowed names.

Extract 'z piezo sensitivity (m/V)' from JPK files into Curve.info.

Not particularly important, since we convert from V to m inside the
driver, but it's an interesting property for getting a feel for how a
particular instrument works.

Accept version 0.2 (and similar?) JPK files with channels (vs. channels.list).

I've emailed Michael Haggerty for clarification on this issue, but
this will work until I hear back.

Mark block level spring constant as a hack in the JPK driver.

Don't assume you know which sJPK egments will be created.

Allow JPK file versions up to 0.12 (unfinished).

Add version 0.2 and 0.12 JPK file examples from Michael Haggerty.

Also adjust test/jpk_driver.py to attempt to load each file in the JPK
playlist.  Note that this currently fails for some of the new files
because I haven't fixed the JPK driver yet.

Move hooke.driver.igorbinarywave to hooke.util.igorbinarywave.

It's a utility for the MFP3D driver, not a driver in its own right.

Update test/ to pass after 8f1ebe298b48.

Don't specify curve or data block types.  See doc/standards.txt.

Add information about JPKForceSpec.txt to hooke.driver.jpk.__doc__.

Update this if you adjust the driver based on a newer spec, or if JPK
changes their licensing or contact email address.

Improve error message for old (ASCII) JPK file formats.

Michael Haggerty gave me the name of JPK's upgrade script so we can
point users in the right direction.

Remove 'results' panel from GUI.  Use 'block info' instead.

Added --config option to bin/hk.py to override built in config file path.

Remove hooke/plugin/export.py.

You can achieve the similar effects with
  do_fits         ->  'block info'
  do_force_curve  ->  'export block'
  do_notes        ->  'save playlist'
  do_overlay      ->  'export block' or future 'superimpose' + 'export block'
  do_results      ->  'block info' or 'export block'

Remove hooke/plugin/results.py.

I'm not sure what it was for in the first place.  Probably not a great
reason to remove it ;), but if it turns out to have been important, we
can always bring it back later.

Remove hooke/plugin/procplots.py.

Nothing substantially different from hooke/plugin/plotmanip.py.

Remove hooke/plugin/generalvclamp.py.

The only functions without analogs in the current framework are
already listed at the OldCruft class at the end of
hooke/plugin/curve.py.

Remove hooke/plugin/flatfilts*

Their functionality is now distributed among
  hooke/plugin/flatfilt.py
  hooke/plugin/convfilt.py
  hooke/util/peak.py

Update test/ with new 'block names' in 'curve info' (from 3371b5652dfe).

Add 'block names' argument to 'curve info'.

Many commands key off the block name, so there should be a way for the
user to determine what the block names are.

Add list of possible keys to 'block info' error for key discovery.

Updated test/ to match new pformated command line output.

pprint.pformat output dicts in ui.commandline.

Also more str() -> unicode() (see 2f57e930cd52).

Added 'block info' to retrieve and export portions of Curve.data[*].info.

Note that unloaded curves will not have any Data or DataInfo portion saved in playlist files.

Ran update_copyright.py.

Add 'hg update wtk' to Mercurial installation directions.

Check data copying in Curve.__copy__ and .__deepcopy__ doctests.

Store a copy of params in CurveCommand._add_to_command_stack.

We may modify the parameter dict later during the command's execution,
and we want future runs via the command stack to replicate the first
run from the raw initial parameters.  If you don't do this, you'll get
errors like

    $ ./bin/hk.py
        -c 'load_playlist test/data/vclamp_picoforce/playlist'
        -c 'start_command_capture'
        -c 'zero_surface_contact_point --block approach'
        -c 'zero_surface_contact_point --block retract'
        -c 'stop_command_capture'
        -c 'apply_command_stack_to_playlist --enable-evaluate'
        -c 'flat_filter_playlist --block retract --min_points 1'
    Success
    ...
    Failure
    Expected a list of Peaks, not <class 'hooke.command.Failure'>:
      surface distance (m) not in retract (['z piezo (m)', 'deflection (m)',
      'surface distance (m) (m)', 'surface deflection (m) (m)']):...

where the units '(m)' were appended twice, once during the initial
command run, and again during the reload's command stack exectution.

Maintain Curve._hooke setting during copy and deepcopy.

Flesh out command line help messages.

.__setup_params() -> ._setup_params() in hooke/plugin/*.py.

Methods starting with '__' get special name mangling.
  http://docs.python.org/reference/expressions.html#atom-identifiers
We don't want any of that.

Don't distinguish between ASCII unicode and strings in YAML output.

Document fit parameter extraction via PyYAML.

Document --ui in doc/gui.txt.

Added convenience --ui option to hooke.hooke.main().

Trivial fixes to test/command_stack.py.  Now test/ passes again.

Don't load curves becore clearing their command stack.

Loading a curve (which would happen if it had been unloaded before
being summoned by current_curve_callback) executes its command stack.
Since 'clear curve command stack' is only trying to remove the stack,
that stack execution is a waste of time.  With the unloaded callback,
we can remove the command stack without ever loading the curve.

Fix 'flat filter peaks' CommandMessage declaration in test/apply_command_stack_to_playlist.py

Don't fail if Playlist.unload() is called on an unloaded Curve.

Double initial guess for the surface kink position.

The previous algorithm would fail for curves if
1) They didn't have many tension features to stretch out the range.
2) The contact slope "softened" a bit in the kink region.

For example, try it on most of the test/vclamp_picoforce data ;).

The new algorithm works perfectly on the ideal, boring curve:
    _______
   /
  /

Keep Playlist._loaded up to date on Curve.unload() calls.

Add 'command stack' to list of ignored commands in propertyeditor.py

Added logging to hooke.util.callback's callback routines.

Oops, the CommandMessage.explicit_user_call, not Command.explicit_user_call.

Fixes bug from daf1c9f9c8e1.

Added hooke.util.caller.caller_names() for minimal stack traces.

Added CommandStack.explicit_user_call to distinguish user- from UI-generated calls.

More robust guess for `zero surface contact point` + fit check arguments

Add PyYAML to doc/install.txt and doc/hacking.txt dependency lists.

Extend JPK v0.5 parsing back to 0.3 and 0.4 file formats.

On Mon, Aug 23, 2010 at 02:15:08PM +0200, Michael Haggerty wrote:
> The fundamentals of our file format has not changed much since it was
> introduced.  Most of the changes involve metadata, such as how we
> describe force spectroscopy scanning patterns, that are not even
> described in the document that I sent you.

Remove ._on_notebook_page_close binding for the removed notebook GUI panel.

Restore HookeFrame.select_plugin (was removed in 29866287a21e).

Cleaned non-folders-panel cruft methods out of hooke.ui.gui.HookeFrame