No need to give an explicit K in the pysawsim constant-rate analysis.
authorW. Trevor King <wking@drexel.edu>
Fri, 5 Nov 2010 18:31:53 +0000 (14:31 -0400)
committerW. Trevor King <wking@drexel.edu>
Fri, 5 Nov 2010 18:34:16 +0000 (14:34 -0400)
pysawsim/test/constant_rate.py

index 3bf755614e7540439cc0e3709766673c82fcc79f..55d0656e9ba4ea9626df3077c7c527689bc40926 100644 (file)
@@ -23,7 +23,7 @@ With the constant velocity experiment and a Hookian domain, the
 unfolding force is proportional to time, so we expect exponential
 population decay, even with multiple unfolding domains.
 
-For example, with a spring constant
+Analytically, with a spring constant
 
 .. math:: k = df/dx
 
@@ -39,14 +39,10 @@ so
 
 .. math:: f = kvt  + f_0 \;.
 
-With an unfolding rate constant
-
-.. math:: K = 1 \text{frac/s}
-
-The population follows
+With an unfolding rate constant :math:`K`, the population follows
 
 .. math::
-  dp/dt = Kp = 1 \text{s^{-1}}
+  dp/dt = Kp
   p(t) = exp(-tK) = exp(-(f-f_0)K/kv) = p(f) \;.
 
 Therefore, a histogram of unfolding vs. force :math:`p(f)` normalized