Consolidated ...X macros and abbreviated journal/publisher macros in sawsim.bib.
authorW. Trevor King <wking@drexel.edu>
Sat, 16 Oct 2010 16:28:41 +0000 (12:28 -0400)
committerW. Trevor King <wking@drexel.edu>
Sat, 16 Oct 2010 16:28:41 +0000 (12:28 -0400)
src/sawsim.bib

index fd2ed82d176cc3de2362c2a25cb17aca6eb64942..70f60f53a4c8be33590e71670aaf8cd3f6fca3b9 100644 (file)
@@ -3,11 +3,11 @@
 @string{DAbramavicius = "Abramavicius, Darius"}
 @string{SRKAinavarapu = "Ainavarapu, Sri Rama Koti"}
 @string{MDAllen = "Allen, Mark D."}
-@string{AmericanJournalofPhysics = "American Journal of Physics"}
-@string{AmericanPhysicalSociety = "American Physical Society"}
+@string{AJP = "American Journal of Physics"}
+@string{APS = "American Physical Society"}
 @string{IAndricioaei = "Andricioaei, Ioan"}
 @string{DAnselmetti = "Anselmetti, D."}
-@string{AppliedMathematicsandComputation = "Applied Mathematics and Computation"}
+@string{AMC = "Applied Mathematics and Computation"}
 @string{SArcidiacono = "Arcidiacono, S."}
 @string{CRArciola = "Arciola, Carla Renata"}
 @string{WABaase = "Baase, Walter A."}
@@ -33,8 +33,7 @@
 @string{KSBillings = "Billings, Kate S."}
 @string{Biochemistry = "Biochemistry"}
 @string{BiophysJ = "Biophys J"}
-@string{BiophysJX = "Biophys. J."}
-@string{BiophysicalSocietyAnnualMeetingPoster = "Biophysical Society Annual Meeting (Poster)"}
+@string{BPS:P = "Biophysical Society Annual Meeting (Poster)"}
 @string{JABirchler = "Birchler, James A."}
 @string{AWBlake = "Blake, Anthony W."}
 @string{MBooth = "Booth, Michael"}
 @string{VBrumfeld = "Brumfeld, Vlad"}
 @string{JDBryngelson = "Bryngelson, J. D."}
 @string{BBullard = "Bullard, Belinda"}
-@string{CBustamanteX = "Bustamante, C."}
 @string{CBustamante = "Bustamante, Carlos"}
 @string{YBustanji = "Bustanji, Yasser"}
-@string{CambridgeUniversityPress = "Cambridge University Press"}
+@string{CUP = "Cambridge University Press"}
 @string{IDCampbell = "Campbell, Iain D."}
 @string{YCao = "Cao, Yi"}
 @string{PCarl = "Carl, Philippe"}
 @string{RIDima = "Dima, Ruxandra I."}
 @string{DEDischer = "Discher, Dennis E."}
 @string{LDougan = "Dougan, Lorna"}
-@string{OKDudko = "Dudko, O. K."}
-@string{OKDudkoX = "Dudko, Olga K."}
+@string{OKDudko = "Dudko, Olga K."}
 @string{EMBORep = "EMBO Rep"}
 @string{REckel = "Eckel, R."}
 @string{MElbaum = "Elbaum, Michael"}
-@string{ElsevierNorth-HollandPersonalLibrary = "Elsevier, North-Holland Personal Library"}
+@string{E:NHPL = "Elsevier, North-Holland Personal Library"}
 @string{TEndo = "Endo, Toshiya"}
 @string{HPErickson = "Erickson, Harold P."}
 @string{MEsaki = "Esaki, Masatoshi"}
 @string{EEvans = "Evans, E."}
 @string{MEvstigneev = "Evstigneev, M."}
-@string{JMFernandezX = "Fernandez, J. M."}
 @string{JMFernandez = "Fernandez, Julio M."}
 @string{AEFilippov = "Filippov, A. E."}
 @string{BFlannery = "Flannery, B."}
 @string{HGranzier = "Granzier, Henk"}
 @string{FGrater = "Grater, Frauke"}
 @string{CGrossman = "Grossman, C."}
-@string{HGrubmuller = {Grubm{\"u}ller, H.}}
-@string{HGrubmullerX = {Grubm{\"u}ller, Helmut}}
+@string{HGrubmuller = {Grubm{\"u}ller, Helmut}}
 @string{HJGuntherodt = "Guntherodt, Hans-Joachim"}
 @string{PHanggi = {H\"anggi, Peter}}
 @string{JAHaack = "Haack, Julie A."}
 @string{GHummer = "Hummer, Gerhard"}
 @string{WLHung = "Hung, Wen-Liang"}
 @string{JLHutter = "Hutter, Jeffrey L."}
-@string{CHyeon = "Hyeon, C."}
-@string{CHyeonX = "Hyeon, Changbong"}
+@string{CHyeon = "Hyeon, Changbong"}
 @string{AIrback = "Irback, Anders"}
 @string{SIzrailev = "Izrailev, S."}
 @string{JBiotechnol = "J Biotechnol"}
 @string{JTheorBiol = "J Theor Biol"}
 @string{JChemPhys = "J. Chem. Phys."}
 @string{LJanosi = "Janosi, Lorant"}
-@string{JapaneseJournalofAppliedPhysics = "Japanese Journal of Applied Physics"}
+@string{JJAP = "Japanese Journal of Applied Physics"}
 @string{YJia = "Jia, Yiwei"}
 @string{SJiang = "Jiang, Shaoyi"}
 @string{CPJohnson = "Johnson, Colin P."}
 @string{WTKing = "King, W. Trevor"}
 @string{JKlafter = "Klafter, J."}
 @string{AKleiner = "Kleiner, Ariel"}
-@string{DKKlimov = "Klimov, D. K."}
-@string{DKKlimovX = "Klimov, Dmitri K."}
+@string{DKKlimov = "Klimov, Dmitri K."}
 @string{IKosztin = "Kosztin, Ioan"}
 @string{HAKramers = "Kramers, H.A."}
 @string{AKrammer = "Krammer, Andre"}
 @string{RMamdani = "Mamdani, Reneeta"}
 @string{EMandello = "Mandello, Enrico"}
 @string{GManderson = "Manderson, Gavin"}
-@string{JFMarkoX = "Marko, J. F."}
 @string{JFMarko = "Marko, John F."}
 @string{PEMarszalek = "Marszalek, Piotr E."}
 @string{JMathe = "Math{\'e}, J{\'e}r{\^o}me"}
 @string{VMontana = "Montana, Vedrana"}
 @string{LMontanaro = "Montanaro, Lucio"}
 @string{SMukamel = "Mukamel, Shaul"}
-@string{NatStructBiol = "Nat Struct Biol"}
-@string{NatStructMolBiol = "Nat Struct Mol Biol"}
+@string{NSB = "Nat Struct Biol"}
+@string{NSMB = "Nat Struct Mol Biol"}
 @string{CNeagoe = "Neagoe, Ciprian"}
 @string{NetworkTheoryLtd = "Network Theory Ltd."}
 @string{RNevo = "Nevo, Reinat"}
-@string{NewJournalofPhysics = "New Journal of Physics"}
+@string{NJP = "New Journal of Physics"}
 @string{SPNg = "Ng, Sean P."}
 @string{MNguyen-Duong = "Nguyen-Duong, M."}
 @string{SNie = "Nie, S."}
 @string{CAOpitz = "Opitz, Christiane A."}
 @string{KOroszlan = "Oroszlan, Krisztina"}
 @string{EOroudjev = "Oroudjev, E."}
-@string{OxfordUniversityPress = "Oxford University Press"}
+@string{OUP = "Oxford University Press"}
 @string{EPaci = "Paci, Emanuele"}
 @string{VParpura = "Parpura, Vladimir"}
 @string{QPeng = "Peng, Qing"}
 @string{OPerisic = "Perisic, Ognjen"}
 @string{CLPeterson = "Peterson, Craig L."}
 @string{PPeterson = "Peterson, Pearu"}
-@string{PhilosophicalTransactionsoftheRoyalSocietyofLondon = "Philosophical Transactions of the Royal Society of London"}
-@string{PhysRevLett = "Phys Rev Lett"}
-@string{PhysRevE = "Phys. Rev. E"}
-@string{PhysRevLettX = "Phys. Rev. Lett."}
+@string{PTRSL = "Philosophical Transactions of the Royal Society of London"}
+@string{PRL = "Phys Rev Lett"}
+@string{PRE = "Phys. Rev. E"}
 @string{Physica = "Physica"}
 @string{CPickett = "Pickett, Chris"}
 @string{WPress = "Press, W."}
-@string{ProcNatlAcadSciUSA = "Proc Natl Acad Sci U S A"}
-@string{PNAS = "Proc. Nat. Acad. Sci."}
-@string{ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences = "Proceedings of the National Academy of Sciences"}
-@string{ProteinSci = "Protein Sci"}
+@string{PNAS = "Proceedings of the National Academy of Sciences U.S.A"}
+@string{ProtSci = "Protein Sci"}
 @string{Proteins = "Proteins"}
 @string{SRQuake = "Quake, Stephen R."}
 @string{SERadford = "Radford, Sheena E."}
 @string{SDRedick = "Redick, Sambra D."}
 @string{ZReich = "Reich, Ziv"}
 @string{PReimann = "Reimann, P."}
-@string{RevModPhys = "Rev. Mod. Phys."}
-@string{RSI = "Rev. Sci. Instrum."}
-@string{ReviewofScientificInstruments = "Review of Scientific Instruments"}
+@string{RMP = "Rev. Mod. Phys."}
+@string{RSI = "Review of Scientific Instruments"}
 @string{FRief = "Rief, Frederick"}
 @string{MRief = "Rief, Matthias"}
 @string{KRitchie = "Ritchie, K."}
 @string{NFScherer = "Scherer, Norbert F."}
 @string{MSchleicher = "Schleicher, Michael"}
 @string{MSchlierf = "Schlierf, Michael"}
-@string{KSchulten = "Schulten, K."}
-@string{KSchultenX = "Schulten, Klaus"}
+@string{KSchulten = "Schulten, Klaus"}
 @string{ZSchulten = "Schulten, Zan"}
 @string{ISchwaiger = "Schwaiger, Ingo"}
 @string{Science = "Science"}
 @string{DSharma = "Sharma, Deepak"}
 @string{YJSheng = "Sheng, Yu-Jane"}
 @string{JShillcock = "Shillcock, Julian"}
-@string{EDSiggiaX = "Siggia, E. D."}
 @string{EDSiggia = "Siggia, Eric D."}
 @string{CLSmith = "Smith, Corey L."}
 @string{DASmith = "Smith, D. Alastair"}
 @string{PTalkner = "Talkner, Peter"}
 @string{JTang = "Tang, Jianyong"}
 @string{STeukolsky = "Teukolsky, S."}
-@string{TheJournalofChemicalPhysics = "The Journal of Chemical Physics"}
-@string{TheRoyalSociety = "The Royal Society"}
+@string{JCP = "The Journal of Chemical Physics"}
+@string{RS = "The Royal Society"}
 @string{JTheiler = "Theiler, James"}
 @string{DThirumalai = "Thirumalai, D."}
 @string{JBThompson = "Thompson, J. B."}
         Fibronectin extension and unfolding within cell matrix fibrils
         controlled by cytoskeletal tension}",
     year = 2002,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 99,
     number = 8,
     pages = "5139--5143",
 }
 
 @article { basche01,
-    author = {TBasche #" and "# SNie #" and "# JMFernandezX},
+    author = {TBasche #" and "# SNie #" and "# JMFernandez},
     title = "{Single molecules}",
     year = 2001,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 98,
     number = 19,
     pages = "10527--10528",
         laboratory",
     collaboration = "",
     year = 2002,
-    journal = AmericanJournalofPhysics,
+    journal = AJP,
     volume = 70,
     number = 4,
     pages = "393--400",
     title = "{A simple method for probing the mechanical unfolding pathway of
         proteins in detail}",
     year = 2002,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 99,
     number = 19,
     pages = "12143--12148",
     title = "{From the Cover: Mechanical disruption of individual nucleosomes
         reveals a reversible multistage release of DNA}",
     year = 2002,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 99,
     number = 4,
     pages = "1960--1965",
     title = "Spin glasses and the statistical mechanics of protein folding.",
     year = 1987,
     month = nov,
-    journal = ProcNatlAcadSciUSA,
+    journal = PNAS,
     volume = 84,
     number = 21,
     pages = "7524--7528",
     title = "{The molecular elasticity of the insect flight muscle proteins
         projectin and kettin}",
     year = 2006,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 103,
     number = 12,
     pages = "4451--4456",
 }
 
 @article { bustamante94,
-    author = {CBustamanteX #" and "# JFMarkoX #" and "# EDSiggiaX #" and "#
+    author = {CBustamante #" and "# JFMarko #" and "# EDSiggia #" and "#
         SSmith},
     title = "Entropic elasticity of lambda-phage {DNA}.",
     year = 1994,
     title = "{Dynamics of the interaction between a fibronectin molecule and a
         living bacterium under mechanical force}",
     year = 2003,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 100,
     number = 23,
     pages = "13292--13297",
     title = "{A functional single-molecule binding assay via force
         spectroscopy}",
     year = 2007,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 104,
     number = 40,
     pages = "15677--15681",
     title = "{Forced unfolding modulated by disulfide bonds in the Ig domains
         of a cell adhesion molecule}",
     year = 2001,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 98,
     number = 4,
     pages = "1565--1570",
     year = 1999,
     month = mar,
     day = 30,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 96,
     number = 7,
     pages = "3694--3699",
     year = 1999,
     month = sep,
     day = 28,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 96,
     number = 20,
     pages = "11288--11292",
     author = "GCowan",
     title = "Statistical Data Analysis",
     year = 1998,
-    publisher = OxfordUniversityPress,
+    publisher = OUP,
     address = "New York",
     note = "Noise deconvolution in Chapter 11",
     project = "Cantilever Calibration"
 }
 
 @article { craig01,
-    author = {DCraig #" and "# AKrammer #" and "# KSchultenX #" and "# VVogel},
+    author = {DCraig #" and "# AKrammer #" and "# KSchulten #" and "# VVogel},
     title = "{Comparison of the early stages of forced unfolding for
         fibronectin type III modules}",
     year = 2001,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 98,
     number = 10,
     pages = "5590--5595",
     title = "{Exploring the energy landscape of GFP by single-molecule
         mechanical experiments}",
     year = 2004,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 101,
     number = 46,
     pages = "16192--16197",
     author = {HDietz #" and "# FBerkemeier #" and "# MBertz #" and "# MRief},
     title = "{Anisotropic deformation response of single protein molecules}",
     year = 2006,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 103,
     number = 34,
     pages = "12724--12728",
     author = {HDietz #" and "# MRief},
     title = "{Protein structure by mechanical triangulation}",
     year = 2006,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 103,
     number = 5,
     pages = "1244--1247",
     title = "Detecting Molecular Fingerprints in Single Molecule Force
         Spectroscopy Using Pattern Recognition",
     year = 2007,
-    journal = JapaneseJournalofAppliedPhysics,
+    journal = JJAP,
     volume = 46,
     number = "8B",
     pages = "5540--5542",
     author = {DEDischer #" and "# NBhasin #" and "# CPJohnson},
     title = "{Covalent chemistry on distended proteins}",
     year = 2006,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 103,
     number = 20,
     pages = "7533--7534",
     year = 2003,
     month = sep,
     day = 30,
-    journal = ProcNatlAcadSciUSA,
+    journal = PNAS,
     volume = 100,
     number = 20,
     pages = "11378--11381",
 }
 
 @article { dudko06,
-    author = {OKDudkoX #" and "# GHummer #" and "# ASzabo},
+    author = {OKDudko #" and "# GHummer #" and "# ASzabo},
     title = "Intrinsic rates and activation free energies from single-molecule
         pulling experiments.",
     year = 2006,
     month = mar,
     day = 17,
-    journal = PhysRevLett,
+    journal = PRL,
     volume = 96,
     number = 10,
     pages = 108101,
 }
 
 @article { dudko07,
-    author = {OKDudkoX #" and "# JMathe #" and "# ASzabo #" and "# AMeller #"
+    author = {OKDudko #" and "# JMathe #" and "# ASzabo #" and "# AMeller #"
         and "# GHummer},
     title = "Extracting kinetics from single-molecule force spectroscopy:
         nanopore unzipping of {DNA} hairpins.",
 
 @article { gao03,
     author = {MGao #" and "# DCraig #" and "# OLequin #" and "# IDCampbell #"
-        and "# VVogel #" and "# KSchultenX},
+        and "# VVogel #" and "# KSchulten},
     title = "{Structure and functional significance of mechanically unfolded
         fibronectin type III1 intermediates}",
     year = 2003,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 100,
     number = 25,
     pages = "14784--14789",
     title = "{Unbinding process of adsorbed proteins under external stress
         studied by atomic force microscopy spectroscopy}",
     year = 2000,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 97,
     number = 20,
     pages = "10802--10807",
         Mortality, and on a New Mode of Determining the Value of Life
         Contingencies",
     year = 1825,
-    journal = PhilosophicalTransactionsoftheRoyalSocietyofLondon,
+    journal = PTRSL,
     volume = 115,
     number = "",
     pages = "513--583",
     issn = 02610523,
-    publisher = TheRoyalSociety,
+    publisher = RS,
     copyright = "Copyright \copy 1825 The Royal Society",
     url = "http://www.jstor.org/stable/107756",
     abstract = ""
     title = "Reaction-rate theory: fifty years after Kramers",
     year = 1990,
     month = "Apr",
-    journal = RevModPhys,
+    journal = RMP,
     volume = 62,
     number = 2,
     pages = "251--341",
     numpages = 90,
-    publisher = AmericanPhysicalSociety,
+    publisher = APS,
     doi = "10.1103/RevModPhys.62.251",
     eprint = "http://www.physik.uni-augsburg.de/theo1/hanggi/Papers/112.pdf",
     url = "http://prola.aps.org/abstract/RMP/v62/i2/p251_1",
     title = "Dynamic Properties of an Extended Polymer in Solution",
     year = 1999,
     month = "Apr",
-    journal = PhysRevLettX,
+    journal = PRL,
     volume = 82,
     number = 17,
     pages = "3548--3551",
     numpages = 3,
-    publisher = AmericanPhysicalSociety,
+    publisher = APS,
     doi = "10.1103/PhysRevLett.82.3548",
     url = "http://link.aps.org/abstract/PRL/v82/p3548",
     note = "Defines WLC and FJC models, citing textbooks.",
     year = 2000,
     month = jun,
     day = 26,
-    journal = PhysRevLett,
+    journal = PRL,
     volume = 84,
     number = "26 Pt 1",
     pages = "6126--6129",
     title = "{From the Cover: Free energy reconstruction from nonequilibrium
         single-molecule pulling experiments}",
     year = 2001,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 98,
     number = 7,
     pages = "3658--3661",
     title = "Calibration of atomic-force microscope tips",
     collaboration = "",
     year = 1993,
-    journal = ReviewofScientificInstruments,
+    journal = RSI,
     volume = 64,
     number = 7,
     pages = "1868--1873",
 }
 
 @article { hyeon03,
-    author = {CHyeonX #" and "# DThirumalai},
+    author = {CHyeon #" and "# DThirumalai},
     title = "Can energy landscape roughness of proteins and {RNA} be measured
         by using mechanical unfolding experiments?",
     year = 2003,
     month = sep,
     day = 02,
-    journal = ProcNatlAcadSciUSA,
+    journal = PNAS,
     volume = 100,
     number = 18,
     pages = "10249--10253",
     author = {AIrback #" and "# SMitternacht #" and "# SMohanty},
     title = "{Dissecting the mechanical unfolding of ubiquitin}",
     year = 2005,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 102,
     number = 38,
     pages = "13427--13432",
     year = 2009,
     month = mar,
     day = 01,
-    journal = BiophysicalSocietyAnnualMeetingPoster
+    journal = BPS:P
 }
 
 @article { kleiner07,
     year = 2000,
     month = jun,
     day = 20,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 97,
     number = 13,
     pages = "7254--7259",
     author = {KKroy #" and "# JGlaser},
     title = "The glassy wormlike chain",
     year = 2007,
-    journal = NewJournalofPhysics,
+    journal = NJP,
     volume = 9,
     number = 11,
     pages = 416,
     title = "Calcium-dependent molecular spring elements in the giant protein
         titin",
     year = 2003,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 100,
     number = 23,
     pages = "13716--13721",
     title = "{Atomic force microscopy reveals the mechanical design of a
         modular protein}",
     year = 2000,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 97,
     number = 12,
     pages = "6527--6531",
     title = "{Multiple conformations of PEVK proteins detected by single-
         molecule techniques}",
     year = 2001,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 98,
     number = 19,
     pages = "10682--10686",
 }
 
 @article { li06,
-    author = {MSLi #" and "# CKHu #" and "# DKKlimovX #" and "# DThirumalai},
+    author = {MSLi #" and "# CKHu #" and "# DKKlimov #" and "# DThirumalai},
     title = "{Multiple stepwise refolding of immunoglobulin domain I27 upon
         force quench depends on initial conditions}",
     year = 2006,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 103,
     number = 1,
     pages = "93--98",
         #" and "# VParpura},
     title = "{Botulinum toxin type B micromechanosensor}",
     year = 2003,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 100,
     number = 23,
     pages = "13621--13625",
     title = "Kinetic Monte Carlo simulation of titin unfolding",
     collaboration = "",
     year = 2001,
-    journal = TheJournalofChemicalPhysics,
+    journal = JCP,
     volume = 114,
     number = 21,
     pages = "9663--9673",
     title = "{Chair-boat transitions in single polysaccharide molecules
         observed with force-ramp AFM}",
     year = 2002,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 99,
     number = 7,
     pages = "4278--4283",
     year = 2004,
     month = sep,
     day = 28,
-    journal = ProcNatlAcadSciUSA,
+    journal = PNAS,
     volume = 101,
     number = 39,
     pages = "14102--14107",
 }
 
 @article { mickler07,
-    author = {MMickler #" and "# RIDima #" and "# HDietz #" and "# CHyeonX #"
+    author = {MMickler #" and "# RIDima #" and "# HDietz #" and "# CHyeon #"
         and "# DThirumalai #" and "# MRief},
     title = "Revealing the bifurcation in the unfolding pathways of {GFP} by
         using single-molecule experiments and simulations",
     year = 2007,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 104,
     number = 51,
     pages = "20268--20273",
         the complex of Ran and importin beta1.",
     year = 2003,
     month = jul,
-    journal = NatStructBiol,
+    journal = NSB,
     volume = 10,
     number = 7,
     pages = "553--557",
     title = "{Designing an extracellular matrix protein with enhanced
         mechanical stability}",
     year = 2007,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 104,
     number = 23,
     pages = "9633--9637",
     year = 2007,
     month = dec,
     day = 26,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 104,
     number = 52,
     pages = "20799--20804",
     title = "{Exact Low-Force Kinetics from High-Force Single-Molecule
         Unfolding Events}",
     year = 2007,
-    journal = BiophysJX,
+    journal = BiophysJ,
     volume = 93,
     number = 10,
     pages = "3373-3381",
     title = "{Stepwise unfolding of titin under force-clamp atomic force
         microscopy}",
     year = 2001,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 98,
     number = 2,
     pages = "468--472",
     title = "{Damped elastic recoil of the titin spring in myofibrils of human
         myocardium}",
     year = 2003,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 100,
     number = 22,
     pages = "12688--12693",
     title = "{Segmented nanofibers of spider dragline silk: Atomic force
         microscopy and single-molecule force spectroscopy}",
     year = 2002,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 99,
     number = 90002,
     pages = "6460--6465",
     title = "{Unfolding proteins by external forces and temperature: The
         importance of topology and energetics}",
     year = 2000,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 97,
     number = 12,
     pages = "6521--6526",
         pathways of T4 lysozyme: Evidence for a kinetic partitioning
         mechanism}",
     year = 2008,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 105,
     number = 6,
     pages = "1885--1890",
     title = "Numerical Recipies in {C}: The Art of Scientific Computing",
     year = 1992,
     edition = 2,
-    publisher = CambridgeUniversityPress,
+    publisher = CUP,
     address = "New York",
     eprint = "http://www.nrbook.com/a/bookcpdf.php",
     note = "See sections 12.0, 12.1, 12.3, and 13.4 for a good introduction to
 }
 
 @article { rief02,
-    author = {MRief #" and "# HGrubmullerX},
+    author = {MRief #" and "# HGrubmuller},
     title = "Force spectroscopy of single biomolecules.",
     year = 2002,
     month = mar,
         Extensibility",
     year = 1998,
     month = nov,
-    journal = PhysRevLettX,
+    journal = PRL,
     volume = 81,
     number = 21,
     pages = "4764--4767",
     numpages = 3,
-    publisher = AmericanPhysicalSociety,
+    publisher = APS,
     doi = "10.1103/PhysRevLett.81.4764",
     eprint = "http://prola.aps.org/pdf/PRL/v81/i21/p4764_1"
 }
     title = "{Simultaneous atomic force microscope and fluorescence
         measurements of protein unfolding using a calibrated evanescent wave}",
     year = 2004,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 101,
     number = 35,
     pages = "12882--12886",
     title = "{Comparison of the protein-unfolding pathways between
         mitochondrial protein import and atomic-force microscopy measurements}",
     year = 2005,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 102,
     number = 50,
     pages = "17999--18004",
     title = "{The unfolding kinetics of ubiquitin captured with single-molecule
         force-clamp techniques}",
     year = 2004,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 101,
     number = 19,
     pages = "7299--7304",
     year = 2004,
     month = jan,
     day = 29,
-    journal = NatStructMolBiol,
+    journal = NSMB,
     volume = 11,
     number = 1,
     pages = "81--85",
     title = "{Single-molecule force spectroscopy reveals a mechanically stable
         protein fold and the rational tuning of its mechanical stability}",
     year = 2007,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 104,
     number = 22,
     pages = "9278--9283",
     title = "Forced Kramers escape in single-molecule pulling experiments",
     collaboration = "",
     year = 2005,
-    journal = TheJournalofChemicalPhysics,
+    journal = JCP,
     volume = 123,
     number = 9,
     pages = 091102,
     title = "Escape from a metastable well under a time-ramped force",
     year = 1998,
     month = "Jun",
-    journal = PhysRevE,
+    journal = PRE,
     volume = 57,
     number = 6,
     pages = "7301--7304",
     numpages = 3,
-    publisher = AmericanPhysicalSociety,
+    publisher = APS,
     doi = "10.1103/PhysRevE.57.7301",
     eprint = "http://prola.aps.org/pdf/PRE/v57/i6/p7301_1",
     url = "http://link.aps.org/abstract/PRE/v57/p7301",
         funnels",
     collaboration = "",
     year = 1996,
-    journal = TheJournalofChemicalPhysics,
+    journal = JCP,
     volume = 104,
     number = 15,
     pages = "5860-5868",
         HJGuntherodt},
     title = "{Dynamic force spectroscopy of single DNA molecules}",
     year = 1999,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 96,
     number = 20,
     pages = "11277--11282",
 }
 
 @article { szabo80,
-    author = {ASzabo #" and "# KSchultenX #" and "# ZSchulten},
+    author = {ASzabo #" and "# KSchulten #" and "# ZSchulten},
     title = "First passage time approach to diffusion controlled reactions",
     collaboration = "",
     year = 1980,
-    journal = TheJournalofChemicalPhysics,
+    journal = JCP,
     volume = 72,
     number = 8,
     pages = "4350-4357",
     title = "{Dynamics and folding of single two-stranded coiled-coil peptides
         studied by fluorescent energy transfer confocal microscopy}",
     year = 2000,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 97,
     number = 24,
     pages = "13021--13026",
     title = "Optical Gradient Forces of Strongly Localized Fields",
     year = 1998,
     month = aug,
-    journal = PhysRevLettX,
+    journal = PRL,
     volume = 81,
     number = 8,
     pages = "1738--1741",
     numpages = 3,
-    publisher = AmericanPhysicalSociety,
+    publisher = APS,
     doi = "10.1103/PhysRevLett.81.1738",
     eprint = "http://prola.aps.org/pdf/PRL/v81/i8/p1738_1",
     note = "also at \url{http://nanoscience.bu.edu/papers/p1738_1_Meller.pdf}.
     title = "Stochastic Processes in Physics and Chemistry",
     year = 2007,
     edition = 3,
-    publisher = ElsevierNorth-HollandPersonalLibrary,
+    publisher = E:NHPL,
     address = "Amsterdam",
     note = "",
     project = "sawtooth simulation"
     title = "{Signatures of hydrophobic collapse in extended proteins captured
         with force spectroscopy}",
     year = 2007,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 104,
     number = 19,
     pages = "7916--7921",
     title = "{From the Cover: Force-dependent chemical kinetics of disulfide
         bond reduction observed with single-molecule techniques}",
     year = 2006,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 103,
     number = 19,
     pages = "7222--7227",
         AMatouschek},
     title = "{Effect of protein structure on mitochondrial import}",
     year = 2005,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 102,
     number = 43,
     pages = "15435--15440",
     year = 2004,
     month = oct,
     day = 25,
-    journal = AppliedMathematicsandComputation,
+    journal = AMC,
     volume = 158,
     number = 1,
     pages = "133--147",
     title = "{Solid-state synthesis and mechanical unfolding of polymers of T4
         lysozyme}",
     year = 2000,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 97,
     number = 1,
     pages = "139--144",
         the atomic force microscope",
     collaboration = "",
     year = 2006,
-    journal = ReviewofScientificInstruments,
+    journal = RSI,
     volume = 77,
     number = 6,
     pages = 063701,
     author = {WYu #" and "# JCLamb #" and "# FHan #" and "# JABirchler},
     title = "{Telomere-mediated chromosomal truncation in maize}",
     year = 2006,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 103,
     number = 46,
     pages = "17331--17336",
     title = "{Single-molecule detection of structural changes during Per-Arnt-
         Sim (PAS) domain activation}",
     year = 2006,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 103,
     number = 31,
     pages = "11561--11566",
     title = "{Two-dimensional vibrational optical probes for peptide fast
         folding investigation}",
     year = 2006,
-    journal = ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,
+    journal = PNAS,
     volume = 103,
     number = 50,
     pages = "18934--18938",
         and the supramolecular scaffold.",
     year = 2002,
     month = dec,
-    journal = ProteinSci,
+    journal = ProtSci,
     volume = 11,
     number = 12,
     pages = "2759--2765",