testing/const_rate/fit_exponential

   1 #!/usr/bin/python
   2 #
   3 # fit data coming in on stdin to an exponential decay
   4 # output:
   5 #     <convergence information>
   6 #   initial value:\t<some number>
   7 #   time constant:\t<another number>
   8 #
   9 # usage: fit_exponential
  10 # for example:
  11 #   $ cat datafile | fit_exponential
  12
  13 import sys
  14 sys.path.append('../common/')
  15 import fit
  16 from scipy import exp
  17
  18 class Model (fit.Model) :
  19     def printModel(self) :
  20         print "a*exp(x/b)"
  21     def printParams(self, params) :
  22         print "initial value:\t%g" % params[0]
  23         print "time constant:\t%g" % params[1]
  24     def model(self, x, params) :
  25         a = params[0]
  26         b = params[1]
  27         return a*exp(x/b)
  28     def guessInitialParams(self) :
  29         init = self.data[0]
  30         fin = self.data[-1]
  31         slope = (fin[1]-init[1])/(fin[0]-init[0])
  32         return (init[1],slope)
  33
  34 if __name__ == "__main__" :
  35     fit.run(2, Model)