src/figures/order-dep/order_dep.py

   1 #!/usr/bin/python
   2
   3 from math import log
   4
   5
   6 g = 0.5772156649
   7 kB = 1.3806504e-23
   8 T = 300
   9 p = 3.7e-10
  10 v = 1e-6
  11 Kc = 0.05
  12 Kwlc = 0.18
  13 dx = 0.225e-9
  14 ko = 5e-5
  15 f = kB*T/dx
  16
  17 def kappa(i, Kc=Kc, Kwlc=Kwlc):
  18     return 1.0/(1.0/Kc + i/Kwlc)
  19
  20 def theory(i, N, Kc=Kc, Kwlc=Kwlc, ko=ko, dx=dx, v=v, T=T, kB=kB, g=g):
  21     f = kB*T/dx;
  22     return f*(log((kappa(i, Kc, Kwlc)*v)/((N-i)*ko*f)) - g)
  23
  24 def atheory(*args, **kwargs):
  25     """Call theory with abs() of all arguments, since the fitting
  26     routine may attempt negative values.
  27     """
  28     for i,x in enumerate(args):
  29         args[i] = abs(x)
  30     for k,v in kwargs.items():
  31         kwargs[k] = abs(v)
  32     return theory(*args, **kwargs)