src/figures/cantilever-data/make_v_dep_plots.sh

   1 #!/bin/bash
   2
   3 set -e # exit immediately on failed command
   4 set -o pipefail # pipes fail if any stage fails
   5
   6 KFILE='./data/spring-constants'
   7 AVGFILE='./data/averaged-data'
   8 ASYFILE='./v-dep.asy'
   9
  10 ASYPLOTS=""
  11 GPPLOTS=""
  12 while read LINE
  13 do
  14     Kprecise=`echo "$LINE" | sed 's/.*= \([0-9.]*\) +.*/\1/'`
  15     K=`python -c "print '%.2f' % $Kprecise"`
  16     FILE="v-dep.d/v_dep_$K"
  17     Kindex=`echo "$LINE" | sed 's/K(\([0-9.]*\)) =.*/\1/'`
  18     case "$Kindex" in
  19         0)
  20             PEN="psoft"
  21             ;;
  22         1)
  23             PEN="pmed"
  24             ;;
  25         2)
  26             PEN="phard"
  27             ;;
  28     esac
  29     ASYPLOTS=$(echo -e "$ASYPLOTS\ngraphFile(\"$FILE.dat\", xscale, yscale, $PEN, m8,
  30           markroutine=marksize(\"$FILE.dat\", $PEN, m8, 10), t=units(\"$K\",\"pN/nm\"), dots=true);")
  31     ASYPLOTS=$(echo -e "$ASYPLOTS\ngraphFile(\"$FILE.fit.dat\", xscale, yscale, $PEN,
  32           t=units(\"$K\",\"pN/nm\"));")
  33     GPPLOTS="$GPPLOTS, '$FILE.dat' using 1:2:(sqrt(\$4)) with points pt 6 pointsize variable t '$K (pN/nm)'"
  34     GPPLOTS="$GPPLOTS, '$FILE.fit.dat' using 1:2 with lines notitle"
  35 done < <(tac "$KFILE")
  36 GPPLOTS="${GPPLOTS:2}" # remove leading ' ,'
  37
  38 cat > "$ASYFILE" <<HEREDOC
  39 import wtk_graph;
  40
  41 size(15cm,10cm,IgnoreAspect);
  42
  43 scale(Log, Linear);
  44 real xscale=1;
  45 real yscale=1;
  46 $ASYPLOTS
  47
  48 //xlimits(1,3e3);
  49 //ylimits(90,620);
  50
  51 label(sLabel("Pulling speed dependence"), point(N),N);
  52 xaxis(sLabel("Pulling speed (nm/s)"),BottomTop,LeftTicks);
  53 yaxis(sLabel("Unfolding force (pN)"),LeftRight,RightTicks);
  54
  55 add(legend(),point(E),20E,UnFill);
  56 HEREDOC