posts/netCDF.mdwn

   1 [NetCDF][] (Network Common Data Form) is an open standard for
   2 self-describing, machine-independent data formats for array-oriented
   3 scientific data.  The standard and a good deal of associated software
   4 are developed by the [Unidata][] program at the [University
   5 Corporation for Atmospheric Research][UCAR] (UCAR).
   6
   7 I needed one of their libraries ([ucar.ma2][]) to build [[HDFView]]
   8 from source.  Because I have very little [[Java]] experience, figuring
   9 out how to do this took the better part of today.  Here are my notes,
  10 so things will be faster the next time around…
  11
  12 Note that the `hdf-java` source (containing the HDFView source) comes
  13 with a few precompiled JARs, including `netcdf.jar`.  However, Gentoo
  14 [wants to compile everything from source][why-source]), so we remove
  15 those JARs before compiling `hdf-java`, forcing a reliance on versions
  16 that have already been installed from source using [Portage][].
  17
  18 Java develoment kit
  19 -------------------
  20
  21 You'll need both a Java development kit (JDK, think "compiler") and
  22 runtime environment (JRE, think "bytecode interpreter").  Install the
  23 default implementations with
  24
  25     # emerge virtual/jdk
  26
  27 The [Gentoo Java team][team] publishes a [Java guide][guide] with more
  28 details if you're interested.
  29
  30 Maven
  31 -----
  32
  33 You'll also need [Maven][], [Apache]'s Java pacakge manager.
  34
  35     # emerge dev-java/maven-bin
  36
  37 There's a from-source [dev-java/maven] in [java-overlay][], but I'll
  38 wait until that has been merged into the main Portage tree before
  39 checking it out.  NetCDF will probabaly not depend on any
  40 bleeding-edge Maven features.
  41
  42 NetCDF
  43 ------
  44
  45 NetCDF is currently versioned with [[Git]] ([hosted on
  46 GitHub][github]), so you can grab the source with
  47
  48     $ git clone git://github.com/Unidata/thredds.git
  49
  50 Unfortunately, this repository bundles a number of related Unidata
  51 packages besides netCDF, so the 95 megabyte cdm directory comes with
  52 an additional 432 megabytes of additional stuff.  This means that it's
  53 a good idea to run the clone over a fast connection, and probably
  54 useful to use `git clone --depth 10` or similar to limit the amount of
  55 history you clone.
  56
  57 Now that you've got the source, just tell Maven to install it for you.
  58 First, you'll need to install the `common utilities:
  59
  60     $ cd thredds/common
  61     $ mvn-2.2 install
  62
  63 Next, install the `cdm` module itself
  64
  65     $ cd thredds
  66     $ mvn-2.2 install
  67
  68 For more details, see the [netCDF documentation][docs] and [build
  69 instructions][build].
  70
  71 Compiling HDFView
  72 -----------------
  73
  74 To install HDFView on Gentoo, just emerge `dev-java/hdf-java` from my
  75 [[wtk overlay|Gentoo overlay]] with the `hdfview` `USE` flag enabled.
  76
  77 [NetCDF]: http://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/
  78 [Unidata]: http://www.unidata.ucar.edu/about/
  79 [UCAR]: http://www2.ucar.edu/
  80 [ucar.ma2]: http://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf-java/v4.0/javadoc/ucar/ma2/package-summary.html
  81 [why-source]: http://www.gentoo.org/proj/en/java/why-build-from-source.xml
  82 [Portage]: http://www.gentoo.org/proj/en/portage/
  83 [team]: http://www.gentoo.org/proj/en/java/
  84 [guide]: http://www.gentoo.org/doc/en/java.xml
  85 [Maven]: http://maven.apache.org/
  86 [Apache]: http://apache.org/
  87 [dev-java/maven]: http://gpo.zugaina.org/dev-java/maven
  88 [java-overlay]: http://overlays.gentoo.org/proj/java/wiki/Overlays
  89 [github]: https://github.com/Unidata/thredds/
  90 [docs]: http://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf-java/documentation.htm
  91 [build]: http://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf-java/tutorial/buildFromSource.html