hooke/driver/igorbinarywave.py

   1 #!/usr/bin/python
   2 #
   3 # igorbinarywave provides pure Python interface between IGOR Binary
   4 # Wave files and Numpy arrays.
   5 #
   6 # Copyright (C) 2010 W. Trevor King <wking@drexel.edu>
   7 #
   8 # This file is part of Hooke.
   9 #
  10 # Hooke is free software: you can redistribute it and/or
  11 # modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  12 # License as published by the Free Software Foundation, either
  13 # version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  14 #
  15 # Hooke is distributed in the hope that it will be useful,
  16 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  18 # GNU Lesser General Public License for more details.
  19 #
  20 # You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21 # License along with Hooke.  If not, see
  22 # <http://www.gnu.org/licenses/>.
  23
  24 # Based on WaveMetric's Technical Note 003, "Igor Binary Format"
  25 #   ftp://ftp.wavemetrics.net/IgorPro/Technical_Notes/TN003.zip
  26 # From ftp://ftp.wavemetrics.net/IgorPro/Technical_Notes/TN000.txt
  27 #   We place no restrictions on copying Technical Notes, with the
  28 #   exception that you cannot resell them. So read, enjoy, and
  29 #   share. We hope IGOR Technical Notes will provide you with lots of
  30 #   valuable information while you are developing IGOR applications.
  31
  32 import array
  33 import struct
  34 import sys
  35 import types
  36
  37 import numpy
  38
  39
  40 __version__ = '0.1'
  41
  42
  43 class Field (object):
  44     """Represent a Structure field.
  45
  46     See Also
  47     --------
  48     Structure
  49     """
  50     def __init__(self, format, name, default=None, help=None, count=1):
  51         self.format = format # See the struct documentation
  52         self.name = name
  53         self.default = None
  54         self.help = help
  55         self.count = count
  56         self.total_count = numpy.prod(count)
  57
  58 class Structure (struct.Struct):
  59     """Represent a C structure.
  60
  61     A convenient wrapper around struct.Struct that uses Fields and
  62     adds dict-handling methods for transparent name assignment.
  63
  64     See Also
  65     --------
  66     Field
  67
  68     Examples
  69     --------
  70
  71     Represent the C structure::
  72
  73         struct thing {
  74           short version;
  75           long size[3];
  76         }
  77
  78     As
  79
  80     >>> from pprint import pprint
  81     >>> thing = Structure(name='thing',
  82     ...     fields=[Field('h', 'version'), Field('l', 'size', count=3)])
  83     >>> thing.set_byte_order('>')
  84     >>> b = array.array('b', range(2+4*3))
  85     >>> d = thing.unpack_dict_from(buffer=b)
  86     >>> pprint(d)
  87     {'size': array([ 33752069, 101124105, 168496141]), 'version': 1}
  88     >>> [hex(x) for x in d['size']]
  89     ['0x2030405L', '0x6070809L', '0xa0b0c0dL']
  90
  91     You can even get fancy with multi-dimensional arrays.
  92
  93     >>> thing = Structure(name='thing',
  94     ...     fields=[Field('h', 'version'), Field('l', 'size', count=(3,2))])
  95     >>> thing.set_byte_order('>')
  96     >>> b = array.array('b', range(2+4*3*2))
  97     >>> d = thing.unpack_dict_from(buffer=b)
  98     >>> d['size'].shape
  99     (3, 2)
 100     >>> pprint(d)
 101     {'size': array([[ 33752069, 101124105],
 102            [168496141, 235868177],
 103            [303240213, 370612249]]),
 104      'version': 1}
 105     """
 106     def __init__(self, name, fields, byte_order='='):
 107         # '=' for native byte order, standard size and alignment
 108         # See http://docs.python.org/library/struct for details
 109         self.name = name
 110         self.fields = fields
 111         self.set_byte_order(byte_order)
 112
 113     def __str__(self):
 114         return self.name
 115
 116     def set_byte_order(self, byte_order):
 117         """Allow changing the format byte_order on the fly.
 118         """
 119         if (hasattr(self, 'format') and self.format != None
 120             and self.format.startswith(byte_order)):
 121             return  # no need to change anything
 122         format = []
 123         for field in self.fields:
 124             format.extend([field.format]*field.total_count)
 125         struct.Struct.__init__(self, format=byte_order+''.join(format).replace('P', 'L'))
 126
 127     def _flatten_args(self, args):
 128         # handle Field.count > 0
 129         flat_args = []
 130         for a,f in zip(args, self.fields):
 131             if f.total_count > 1:
 132                 flat_args.extend(a)
 133             else:
 134                 flat_args.append(a)
 135         return flat_args
 136
 137     def _unflatten_args(self, args):
 138         # handle Field.count > 0
 139         unflat_args = []
 140         i = 0
 141         for f in self.fields:
 142             if f.total_count > 1:
 143                 data = numpy.array(args[i:i+f.total_count])
 144                 data = data.reshape(f.count)
 145                 unflat_args.append(data)
 146             else:
 147                 unflat_args.append(args[i])
 148             i += f.total_count
 149         return unflat_args
 150
 151     def pack(self, *args):
 152         return struct.Struct.pack(self, *self._flatten_args(args))
 153
 154     def pack_into(self, buffer, offset, *args):
 155         return struct.Struct.pack_into(self, buffer, offset,
 156                                        *self._flatten_args(args))
 157
 158     def _clean_dict(self, dict):
 159         for f in self.fields:
 160             if f.name not in dict:
 161                 if f.default != None:
 162                     dict[f.name] = f.default
 163                 else:
 164                     raise ValueError('%s field not set for %s'
 165                                      % f.name, self.__class__.__name__)
 166         return dict
 167
 168     def pack_dict(self, dict):
 169         dict = self._clean_dict(dict)
 170         return self.pack(*[dict[f.name] for f in self.fields])
 171
 172     def pack_dict_into(self, buffer, offset, dict={}):
 173         dict = self._clean_dict(dict)
 174         return self.pack_into(buffer, offset,
 175                               *[dict[f.name] for f in self.fields])
 176
 177     def unpack(self, string):
 178         return self._unflatten_args(struct.Struct.unpack(self, string))
 179
 180     def unpack_from(self, buffer, offset=0):
 181         return self._unflatten_args(
 182             struct.Struct.unpack_from(self, buffer, offset))
 183
 184     def unpack_dict(self, string):
 185         return dict(zip([f.name for f in self.fields],
 186                         self.unpack(string)))
 187
 188     def unpack_dict_from(self, buffer, offset=0):
 189         return dict(zip([f.name for f in self.fields],
 190                         self.unpack_from(buffer, offset)))
 191
 192
 193 # Numpy doesn't support complex integers by default, see
 194 #   http://mail.python.org/pipermail/python-dev/2002-April/022408.html
 195 #   http://mail.scipy.org/pipermail/numpy-discussion/2007-October/029447.html
 196 # So we roll our own types.  See
 197 #   http://docs.scipy.org/doc/numpy/user/basics.rec.html
 198 #   http://docs.scipy.org/doc/numpy/reference/generated/numpy.dtype.html
 199 complexInt8 = numpy.dtype([('real', numpy.int8), ('imag', numpy.int8)])
 200 complexInt16 = numpy.dtype([('real', numpy.int16), ('imag', numpy.int16)])
 201 complexInt32 = numpy.dtype([('real', numpy.int32), ('imag', numpy.int32)])
 202 complexUInt8 = numpy.dtype([('real', numpy.uint8), ('imag', numpy.uint8)])
 203 complexUInt16 = numpy.dtype([('real', numpy.uint16), ('imag', numpy.uint16)])
 204 complexUInt32 = numpy.dtype([('real', numpy.uint32), ('imag', numpy.uint32)])
 205
 206
 207 # Begin IGOR constants and typedefs from IgorBin.h
 208
 209 # From IgorMath.h
 210 TYPE_TABLE = {       # (key: integer flag, value: numpy dtype)
 211     0:None,          # Text wave, not handled in ReadWave.c
 212     1:numpy.complex, # NT_CMPLX, makes number complex.
 213     2:numpy.float32, # NT_FP32, 32 bit fp numbers.
 214     3:numpy.complex64,
 215     4:numpy.float64, # NT_FP64, 64 bit fp numbers.
 216     5:numpy.complex128,
 217     8:numpy.int8,    # NT_I8, 8 bit signed integer. Requires Igor Pro
 218                      # 2.0 or later.
 219     9:complexInt8,
 220     0x10:numpy.int16,# NT_I16, 16 bit integer numbers. Requires Igor
 221                      # Pro 2.0 or later.
 222     0x11:complexInt16,
 223     0x20:numpy.int32,# NT_I32, 32 bit integer numbers. Requires Igor
 224                      # Pro 2.0 or later.
 225     0x21:complexInt32,
 226 #   0x40:None,       # NT_UNSIGNED, Makes above signed integers
 227 #                    # unsigned. Requires Igor Pro 3.0 or later.
 228     0x48:numpy.uint8,
 229     0x49:complexUInt8,
 230     0x50:numpy.uint16,
 231     0x51:complexUInt16,
 232     0x60:numpy.uint32,
 233     0x61:complexUInt32,
 234 }
 235
 236 # From wave.h
 237 MAXDIMS = 4
 238
 239 # From binary.h
 240 BinHeaderCommon = Structure(  # WTK: this one is mine.
 241     name='BinHeaderCommon',
 242     fields=[
 243         Field('h', 'version', help='Version number for backwards compatibility.'),
 244         ])
 245
 246 BinHeader1 = Structure(
 247     name='BinHeader1',
 248     fields=[
 249         Field('h', 'version', help='Version number for backwards compatibility.'),
 250         Field('l', 'wfmSize', help='The size of the WaveHeader2 data structure plus the wave data plus 16 bytes of padding.'),
 251         Field('h', 'checksum', help='Checksum over this header and the wave header.'),
 252         ])
 253
 254 BinHeader2 = Structure(
 255     name='BinHeader2',
 256     fields=[
 257         Field('h', 'version', help='Version number for backwards compatibility.'),
 258         Field('l', 'wfmSize', help='The size of the WaveHeader2 data structure plus the wave data plus 16 bytes of padding.'),
 259         Field('l', 'noteSize', help='The size of the note text.'),
 260         Field('l', 'pictSize', default=0, help='Reserved. Write zero. Ignore on read.'),
 261         Field('h', 'checksum', help='Checksum over this header and the wave header.'),
 262         ])
 263
 264 BinHeader3 = Structure(
 265     name='BinHeader3',
 266     fields=[
 267         Field('h', 'version', help='Version number for backwards compatibility.'),
 268         Field('h', 'wfmSize', help='The size of the WaveHeader2 data structure plus the wave data plus 16 bytes of padding.'),
 269         Field('l', 'noteSize', help='The size of the note text.'),
 270         Field('l', 'formulaSize', help='The size of the dependency formula, if any.'),
 271         Field('l', 'pictSize', default=0, help='Reserved. Write zero. Ignore on read.'),
 272         Field('h', 'checksum', help='Checksum over this header and the wave header.'),
 273         ])
 274
 275 BinHeader5 = Structure(
 276     name='BinHeader5',
 277     fields=[
 278         Field('h', 'version', help='Version number for backwards compatibility.'),
 279         Field('h', 'checksum', help='Checksum over this header and the wave header.'),
 280         Field('l', 'wfmSize', help='The size of the WaveHeader5 data structure plus the wave data.'),
 281         Field('l', 'formulaSize', help='The size of the dependency formula, if any.'),
 282         Field('l', 'noteSize', help='The size of the note text.'),
 283         Field('l', 'dataEUnitsSize', help='The size of optional extended data units.'),
 284         Field('l', 'dimEUnitsSize', help='The size of optional extended dimension units.', count=MAXDIMS),
 285         Field('l', 'dimLabelsSize', help='The size of optional dimension labels.', count=MAXDIMS),
 286         Field('l', 'sIndicesSize', help='The size of string indicies if this is a text wave.'),
 287         Field('l', 'optionsSize1', default=0, help='Reserved. Write zero. Ignore on read.'),
 288         Field('l', 'optionsSize2', default=0, help='Reserved. Write zero. Ignore on read.'),
 289         ])
 290
 291
 292 # From wave.h
 293 MAX_WAVE_NAME2 = 18 # Maximum length of wave name in version 1 and 2
 294                     # files. Does not include the trailing null.
 295 MAX_WAVE_NAME5 = 31 # Maximum length of wave name in version 5
 296                     # files. Does not include the trailing null.
 297 MAX_UNIT_CHARS = 3
 298
 299 # Header to an array of waveform data.
 300
 301 WaveHeader2 = Structure(
 302     name='WaveHeader2',
 303     fields=[
 304         Field('h', 'type', help='See types (e.g. NT_FP64) above. Zero for text waves.'),
 305         Field('P', 'next', default=0, help='Used in memory only. Write zero. Ignore on read.'),
 306         Field('c', 'bname', help='Name of wave plus trailing null.', count=MAX_WAVE_NAME2+2),
 307         Field('h', 'whVersion', default=0, help='Write 0. Ignore on read.'),
 308         Field('h', 'srcFldr', default=0, help='Used in memory only. Write zero. Ignore on read.'),
 309         Field('P', 'fileName', default=0, help='Used in memory only. Write zero. Ignore on read.'),
 310         Field('c', 'dataUnits', default=0, help='Natural data units go here - null if none.', count=MAX_UNIT_CHARS+1),
 311         Field('c', 'xUnits', default=0, help='Natural x-axis units go here - null if none.', count=MAX_UNIT_CHARS+1),
 312         Field('l', 'npnts', help='Number of data points in wave.'),
 313         Field('h', 'aModified', default=0, help='Used in memory only. Write zero. Ignore on read.'),
 314         Field('d', 'hsA', help='X value for point p = hsA*p + hsB'),
 315         Field('d', 'hsB', help='X value for point p = hsA*p + hsB'),
 316         Field('h', 'wModified', default=0, help='Used in memory only. Write zero. Ignore on read.'),
 317         Field('h', 'swModified', default=0, help='Used in memory only. Write zero. Ignore on read.'),
 318         Field('h', 'fsValid', help='True if full scale values have meaning.'),
 319         Field('d', 'topFullScale', help='The min full scale value for wave.'), # sic, 'min' should probably be 'max'
 320         Field('d', 'botFullScale', help='The min full scale value for wave.'),
 321         Field('c', 'useBits', default=0, help='Used in memory only. Write zero. Ignore on read.'),
 322         Field('c', 'kindBits', default=0, help='Reserved. Write zero. Ignore on read.'),
 323         Field('P', 'formula', default=0, help='Used in memory only. Write zero. Ignore on read.'),
 324         Field('l', 'depID', default=0, help='Used in memory only. Write zero. Ignore on read.'),
 325         Field('L', 'creationDate', help='DateTime of creation.  Not used in version 1 files.'),
 326         Field('c', 'wUnused', default=0, help='Reserved. Write zero. Ignore on read.', count=2),
 327         Field('L', 'modDate', help='DateTime of last modification.'),
 328         Field('P', 'waveNoteH', help='Used in memory only. Write zero. Ignore on read.'),
 329         Field('f', 'wData', help='The start of the array of waveform data.', count=4),
 330         ])
 331
 332 WaveHeader5 = Structure(
 333     name='WaveHeader5',
 334     fields=[
 335         Field('P', 'next', help='link to next wave in linked list.'),
 336         Field('L', 'creationDate', help='DateTime of creation.'),
 337         Field('L', 'modDate', help='DateTime of last modification.'),
 338         Field('l', 'npnts', help='Total number of points (multiply dimensions up to first zero).'),
 339         Field('h', 'type', help='See types (e.g. NT_FP64) above. Zero for text waves.'),
 340         Field('h', 'dLock', default=0, help='Reserved. Write zero. Ignore on read.'),
 341         Field('c', 'whpad1', default=0, help='Reserved. Write zero. Ignore on read.', count=6),
 342         Field('h', 'whVersion', default=1, help='Write 1. Ignore on read.'),
 343         Field('c', 'bname', help='Name of wave plus trailing null.', count=MAX_WAVE_NAME5+1),
 344         Field('l', 'whpad2', default=0, help='Reserved. Write zero. Ignore on read.'),
 345         Field('P', 'dFolder', default=0, help='Used in memory only. Write zero. Ignore on read.'),
 346         # Dimensioning info. [0] == rows, [1] == cols etc
 347         Field('l', 'nDim', help='Number of of items in a dimension -- 0 means no data.', count=MAXDIMS),
 348         Field('d', 'sfA', help='Index value for element e of dimension d = sfA[d]*e + sfB[d].', count=MAXDIMS),
 349         Field('d', 'sfB', help='Index value for element e of dimension d = sfA[d]*e + sfB[d].', count=MAXDIMS),
 350         # SI units
 351         Field('c', 'dataUnits', default=0, help='Natural data units go here - null if none.', count=MAX_UNIT_CHARS+1),
 352         Field('c', 'dimUnits', default=0, help='Natural dimension units go here - null if none.', count=(MAXDIMS, MAX_UNIT_CHARS+1)),
 353         Field('h', 'fsValid', help='TRUE if full scale values have meaning.'),
 354         Field('h', 'whpad3', default=0, help='Reserved. Write zero. Ignore on read.'),
 355         Field('d', 'topFullScale', help='The max and max full scale value for wave'), # sic, probably "max and min"
 356         Field('d', 'botFullScale', help='The max and max full scale value for wave.'), # sic, probably "max and min"
 357         Field('P', 'dataEUnits', default=0, help='Used in memory only. Write zero. Ignore on read.'),
 358         Field('P', 'dimEUnits', default=0, help='Used in memory only. Write zero.  Ignore on read.', count=MAXDIMS),
 359         Field('P', 'dimLabels', default=0, help='Used in memory only. Write zero.  Ignore on read.', count=MAXDIMS),
 360         Field('P', 'waveNoteH', default=0, help='Used in memory only. Write zero. Ignore on read.'),
 361         Field('l', 'whUnused', default=0, help='Reserved. Write zero. Ignore on read.', count=16),
 362         # The following stuff is considered private to Igor.
 363         Field('h', 'aModified', default=0, help='Used in memory only. Write zero. Ignore on read.'),
 364         Field('h', 'wModified', default=0, help='Used in memory only. Write zero. Ignore on read.'),
 365         Field('h', 'swModified', default=0, help='Used in memory only. Write zero. Ignore on read.'),
 366         Field('c', 'useBits', default=0, help='Used in memory only. Write zero. Ignore on read.'),
 367         Field('c', 'kindBits', default=0, help='Reserved. Write zero. Ignore on read.'),
 368         Field('P', 'formula', default=0, help='Used in memory only. Write zero. Ignore on read.'),
 369         Field('l', 'depID', default=0, help='Used in memory only. Write zero. Ignore on read.'),
 370         Field('h', 'whpad4', default=0, help='Reserved. Write zero. Ignore on read.'),
 371         Field('h', 'srcFldr', default=0, help='Used in memory only. Write zero. Ignore on read.'),
 372         Field('P', 'fileName', default=0, help='Used in memory only. Write zero. Ignore on read.'),
 373         Field('P', 'sIndices', default=0, help='Used in memory only. Write zero. Ignore on read.'),
 374         Field('f', 'wData', help='The start of the array of data.  Must be 64 bit aligned.', count=1),
 375         ])
 376
 377 # End IGOR constants and typedefs from IgorBin.h
 378
 379 # Begin functions from ReadWave.c
 380
 381 def need_to_reorder_bytes(version):
 382     # If the low order byte of the version field of the BinHeader
 383     # structure is zero then the file is from a platform that uses
 384     # different byte-ordering and therefore all data will need to be
 385     # reordered.
 386     return version & 0xFF == 0
 387
 388 def byte_order(needToReorderBytes):
 389     little_endian = sys.byteorder == 'little'
 390     if needToReorderBytes:
 391         little_endian = not little_endian
 392     if little_endian:
 393         return '<'  # little-endian
 394     return '>'  # big-endian
 395
 396 def version_structs(version, byte_order):
 397     if version == 1:
 398         bin = BinHeader1
 399         wave = WaveHeader2
 400     elif version == 2:
 401         bin = BinHeader2
 402         wave = WaveHeader2
 403     elif version == 3:
 404         bin = BinHeader3
 405         wave = WaveHeader2
 406     elif version == 5:
 407         bin = BinHeader5
 408         wave = WaveHeader5
 409     else:
 410         raise ValueError('This does not appear to be a valid Igor binary wave file. The version field = %d.\n', version);
 411     checkSumSize = bin.size + wave.size
 412     if version == 5:
 413         checkSumSize -= 4  # Version 5 checksum does not include the wData field.
 414     bin.set_byte_order(byte_order)
 415     wave.set_byte_order(byte_order)
 416     return (bin, wave, checkSumSize)
 417
 418 def checksum(buffer, byte_order, oldcksum, numbytes):
 419     x = numpy.ndarray(
 420         (numbytes/2,), # 2 bytes to a short -- ignore trailing odd byte
 421         dtype=numpy.dtype(byte_order+'h'),
 422         buffer=buffer)
 423     oldcksum += x.sum()
 424     if oldcksum > 2**31:  # fake the C implementation's int rollover
 425         oldcksum %= 2**32
 426         if oldcksum > 2**31:
 427             oldcksum -= 2**31
 428     return oldcksum & 0xffff
 429
 430 # Translated from ReadWave()
 431 def loadibw(filename):
 432     if hasattr(filename, 'read'):
 433         f = filename  # filename is actually a stream object
 434     else:
 435         f = open(filename, 'rb')
 436     try:
 437         b = buffer(f.read(BinHeaderCommon.size))
 438         version = BinHeaderCommon.unpack_dict_from(b)['version']
 439         needToReorderBytes = need_to_reorder_bytes(version)
 440         byteOrder = byte_order(needToReorderBytes)
 441
 442         if needToReorderBytes:
 443             BinHeaderCommon.set_byte_order(byteOrder)
 444             version = BinHeaderCommon.unpack_dict_from(b)['version']
 445         bin_struct,wave_struct,checkSumSize = version_structs(version, byteOrder)
 446
 447         b = buffer(b + f.read(bin_struct.size + wave_struct.size - BinHeaderCommon.size))
 448         c = checksum(b, byteOrder, 0, checkSumSize)
 449         if c != 0:
 450             raise ValueError('Error in checksum - should be 0, is %d.  This does not appear to be a valid Igor binary wave file.' % c)
 451         bin_info = bin_struct.unpack_dict_from(b)
 452         wave_info = wave_struct.unpack_dict_from(b, offset=bin_struct.size)
 453         if wave_info['type'] == 0:
 454             raise NotImplementedError('Text wave')
 455         if version in [1,2,3]:
 456             tail = 16  # 16 = size of wData field in WaveHeader2 structure
 457             waveDataSize = bin_info['wfmSize'] - wave_struct.size
 458             # =  bin_info['wfmSize']-16 - (wave_struct.size - tail)
 459         else:
 460             assert version == 5, version
 461             tail = 4  # 4 = size of wData field in WaveHeader5 structure
 462             waveDataSize = bin_info['wfmSize'] - (wave_struct.size - tail)
 463         # dtype() wrapping to avoid numpy.generic and
 464         # getset_descriptor issues with the builtin Numpy types
 465         # (e.g. int32).  It has no effect on our local complex
 466         # integers.
 467         t = numpy.dtype(TYPE_TABLE[wave_info['type']])
 468         assert waveDataSize == wave_info['npnts'] * t.itemsize, \
 469             ('%d, %d, %d, %s' % (waveDataSize, wave_info['npnts'], t.itemsize, t))
 470         tail_data = array.array('f', b[-tail:])
 471         data_b = buffer(buffer(tail_data) + f.read(waveDataSize-tail))
 472         data = numpy.ndarray(
 473             wave_info['npnts'],
 474             dtype=t.newbyteorder(byteOrder),
 475             buffer=data_b
 476             )
 477     finally:
 478         if not hasattr(filename, 'read'):
 479             f.close()
 480
 481     return data, bin_info, wave_info
 482
 483
 484 def saveibw(filename):
 485     raise NotImplementedError
 486
 487
 488 if __name__ == '__main__':
 489     """IBW -> ASCII conversion
 490     """
 491     import optparse
 492     import sys
 493
 494     p = optparse.OptionParser(version=__version__)
 495
 496     p.add_option('-f', '--infile', dest='infile', metavar='FILE',
 497                  default='-', help='Input IGOR Binary Wave (.ibw) file.')
 498     p.add_option('-o', '--outfile', dest='outfile', metavar='FILE',
 499                  default='-', help='File for ASCII output.')
 500     p.add_option('-v', '--verbose', dest='verbose', default=0,
 501                  action='count', help='Increment verbosity')
 502     p.add_option('-t', '--test', dest='test', default=False,
 503                  action='store_true', help='Run internal tests and exit.')
 504
 505     options,args = p.parse_args()
 506
 507     if options.test == True:
 508         import doctest
 509         num_failures,num_tests = doctest.testmod(verbose=options.verbose)
 510         sys.exit(min(num_failures, 127))
 511
 512     if len(args) > 0 and options.infile == None:
 513         options.infile = args[0]
 514     if options.infile == '-':
 515         options.infile = sys.stdin
 516     if options.outfile == '-':
 517         options.outfile = sys.stdout
 518
 519     data,bin_info,wave_info = loadibw(options.infile)
 520     numpy.savetxt(options.outfile, data, fmt='%g', delimiter='\n')
 521     if options.verbose > 0:
 522         import pprint
 523         pprint.pprint(bin_info)
 524         pprint.pprint(wave_info)