hemingclamp.py

   1 #!/usr/bin/env python
   2
   3 '''
   4 libhemingclamp.py
   5
   6 Library for interpreting Hemingway force spectroscopy files.
   7
   8 Copyright (C) 2006 Massimo Sandal (University of Bologna, Italy)
   9
  10 This program is released under the GNU General Public License version 2.
  11 '''
  12 __version__='2007_02_15_devel'
  13
  14 __changelog__='''
  15 2007_02_15: fixed time counter with my counter
  16 2007_02_07: Initial implementation
  17 '''
  18 import string
  19 import libhookecurve as lhc
  20
  21 def hemingclamp_magic(filepath):
  22     '''
  23     we define our magic heuristic for HemingClamp files
  24     '''
  25     myfile=file(filepath)
  26     headerlines=myfile.readlines()[0:3]
  27     if headerlines[0][0:10]=='#Hemingway' and headerlines[1][0:19]=='#Experiment: FClamp':
  28         return True
  29     else:
  30         return False
  31
  32 class DataChunk(list):
  33     '''Dummy class to provide ext and ret methods to the data list.
  34     In this case ext and self can be equal.
  35     '''
  36
  37     def ext(self):
  38         return self
  39
  40     def ret(self):
  41         return self
  42
  43 class hemingclampDriver(lhc.Driver):
  44
  45     def __init__(self, filename):
  46
  47         self.filedata = open(filename,'r')
  48         self.data = self.filedata.readlines()[6:]
  49         self.filedata.close()
  50
  51         self.filetype = 'hemingclamp'
  52         self.experiment = 'clamp'
  53
  54         self.filename=filename
  55
  56     def __del__(self):
  57         self.filedata.close()
  58
  59     def is_me(self):
  60         '''
  61         we define our magic heuristic for HemingClamp files
  62         '''
  63         myfile=file(self.filename)
  64         headerlines=myfile.readlines()[0:3]
  65         myfile.close()
  66         if headerlines[0][0:10]=='#Hemingway' and headerlines[1][0:19]=='#Experiment: FClamp':
  67             return True
  68         else:
  69             return False
  70
  71     def _getdata_all(self):
  72         time = []
  73         zpiezo = []
  74         defl = []
  75
  76         for i in self.data:
  77             temp = string.split(i)
  78             #time.append(float(temp[0])*(1.0e-3))
  79             zpiezo.append(float(temp[2])*(1.0e-9))
  80             defl.append(float(temp[3])*(1.0e-9))
  81
  82         #we rebuild the time counter assuming 1 point = 1 millisecond
  83         c=0.0
  84         for z in zpiezo:
  85             time.append(c)
  86             c+=(1.0e-3)
  87
  88         return time,zpiezo,defl
  89
  90     def time(self):
  91         return DataChunk(self._getdata_all()[0])
  92
  93     def zpiezo(self):
  94         return DataChunk(self._getdata_all()[1])
  95
  96     def deflection(self):
  97         return DataChunk(self._getdata_all()[2])
  98
  99     def close_all(self):
 100         '''
 101         Explicitly closes all files
 102         '''
 103         self.filedata.close()
 104
 105     def default_plots(self):
 106         main_plot=lhc.PlotObject()
 107         defl_plot=lhc.PlotObject()
 108
 109         time=self.time()
 110         zpiezo=self.zpiezo()
 111         deflection=self.deflection()
 112
 113         main_plot.vectors=[[time,zpiezo]]
 114         main_plot.units=['seconds','meters']
 115         main_plot.destination=0
 116         main_plot.title=self.filename
 117
 118         defl_plot.vectors=[[time,deflection]]
 119         defl_plot.units=['seconds','Newtons']
 120         defl_plot.destination=1
 121
 122         return [main_plot, defl_plot]
 123