sci-mathematics/sha1-polyml: remove unused patch

Closes: https://github.com/gentoo/gentoo/pull/3764

sci-mathematics/nusmv: remove unused patches

Closes: https://github.com/gentoo/gentoo/pull/3764

sci-mathematics/normaliz: remove unused patch

Closes: https://github.com/gentoo/gentoo/pull/3764

sci-mathematics/isabelle: remove unused patch

Closes: https://github.com/gentoo/gentoo/pull/3764

sci-mathematics/glpk: remove unused patch

Closes: https://github.com/gentoo/gentoo/pull/3764

sci-mathematics/freemat: remove unused patches

Closes: https://github.com/gentoo/gentoo/pull/3764

sci-mathematics/calc: remove unused patch

Closes: https://github.com/gentoo/gentoo/pull/3764

sys-fs/ntfs3g: Revision bump to 2016.2.22-r2 to add patch for CVE-2017-0358

Gentoo-Bug: 607912

Package-Manager: Portage-2.3.3, Repoman-2.3.1

media-libs/gd: Stable for HPPA (bug #607718).

Package-Manager: Portage-2.3.3, Repoman-2.3.1
RepoMan-Options: --ignore-arches

net-im/bitlbee: version bump to 3.5.1

media-libs/gd: Stable for PPC64 (bug #607718).

Package-Manager: Portage-2.3.3, Repoman-2.3.1
RepoMan-Options: --ignore-arches

dev-libs/librdkafka: Stable for HPPA (bug #607394).

Package-Manager: Portage-2.3.3, Repoman-2.3.1
RepoMan-Options: --ignore-arches

app-backup/backuppc: -r1 bump for RDEP propagation

Package-Manager: Portage-2.3.3, Repoman-2.3.1

app-backup/backuppc: Fix missing dependency on dev-perl/CGI

Reported by Rob Ownens via funtoo

Bug: https://bugs.funtoo.org/browse/FL-3525

Package-Manager: Portage-2.3.3, Repoman-2.3.1

app-backup/backuppc: Prune unnecessary formatting changes from patches

Patch set included 22kb of cosmetic changes, some of which were not really
cosmetic at all, while being pretended as being cosmetic.

For instance, changing the default umask from 027 to 27 ignores the fact
that a '0' prefix implies octal, so removing the '0' turned the umask from
027 to 033 ....

That is, changes:

  - u=rwx,g=rx,o=rx
  + u=rwx,g=r,o=r

However, some of the changes had real semantic differences that could
affect picky enough code, so I've preserved some of them, while culling
those that were completely unnesscary.

If this revert-of-patch introduces problems for you, please file a bug
so we can triage the real problems under an umbrella more well defined than
"formatting"

Package-Manager: Portage-2.3.3, Repoman-2.3.1

app-backup/backuppc: Remove unused patches

Package-Manager: Portage-2.3.3, Repoman-2.3.1

app-backup/backuppc: Cleanup versions broken by Perl 5.22

Bug: https://bugs.gentoo.org/580254

Package-Manager: Portage-2.3.3, Repoman-2.3.1

dev-perl/Apache-SizeLimit: Block tests against mpm-itk re bug #607964

mpm-itk is pretty much impossible to run as anyone other than root
due to its need to have permission to change UID to any other user on the system.

Subsequently, anything that has to spawn apache for testing anything will
be inherently broken by design.

Bug: https://bugs.gentoo.org/607964

Package-Manager: Portage-2.3.3, Repoman-2.3.1

sys-apps/guix: new package, the GNU Purely Functional Package Manager

Internal data model and command UI is a lot like
one of sys-apps/nix.

Package description mechanism is a bit different
in both surface syntax (guile vs nix expression language)
and evaluation method (compiled versus lazy loaded configs)

guix (as well as nix) is a source-based package manager with
strong support for binary packages. It uses multiple tricks
to make package source dependencies robust:

- guix installs every package into it's own --prefix=.
  Example: /gnu/store/6np03bm99hg7gprcwmzpbpaj00cka8p8-icecat-45.5.1-gnu1
- guix builds packages with PATH (and similar) only including explicitly
  listed depends. This eliminates automagic dependency.
- guix tracks full environment where package was built.
  Once environment changes new package needs to be built.

That's how you install firef^Wicecat just for your current user:

    $ guix package --install icecat

Package-Manager: Portage-2.3.3, Repoman-2.3.1

sys-apps/nix: don't hardcode UID/GID for nix internal groups

Package-Manager: Portage-2.3.3, Repoman-2.3.1

media-plugins/kodi-pvr-mythtv: Depend on the correct versions of kodi

Closes: https://github.com/gentoo/gentoo/pull/3737

media-plugins/kodi-pvr-argustv: Depend on the correct versions of kodi

Closes: https://github.com/gentoo/gentoo/pull/3738

media-plugins/kodi-pvr-dvblink: Depend on the correct versions of kodi

Closes: https://github.com/gentoo/gentoo/pull/3739

media-plugins/kodi-pvr-demo: Depend on the correct version of kodi

Closes: https://github.com/gentoo/gentoo/pull/3741

media-plugins/kodi-inputstream-adaptive: Depend on the correct version of kodi

Closes: https://github.com/gentoo/gentoo/pull/3743

media-plugins/kodi-inputstream-rtmp: Depend on the correct version of kodi

Closes: https://github.com/gentoo/gentoo/pull/3744

media-plugins/kodi-pvr-dvbviewer: update to match renamed upstream release

Closes: https://github.com/gentoo/gentoo/pull/3745

media-plugins/kodi-pvr-filmon: version bump 1.4.7

Closes: https://github.com/gentoo/gentoo/pull/3746

media-plugins/kodi-pvr-iptvsimple: 2.4.8 version bump

Closes: https://github.com/gentoo/gentoo/pull/3747

media-plugins/kodi-pvr-mediaportal-tvserver: 2.4.16 version bump

Closes: https://github.com/gentoo/gentoo/pull/3748

media-plugins/kodi-pvr-nextpvr: 2.4.11 version bump

Closes: https://github.com/gentoo/gentoo/pull/3749

media-plugins/kodi-pvr-pctv: 1.4.5 version bump

Closes: https://github.com/gentoo/gentoo/pull/3750

media-plugins/kodi-pvr-njoy: 2.4.2 version bump

Closes: https://github.com/gentoo/gentoo/pull/3751

media-plugins/kodi-pvr-stalker: 2.8.3 version bump

Closes: https://github.com/gentoo/gentoo/pull/3752

media-plugins/kodi-pvr-vuplus: 2.4.6 version bump

Closes: https://github.com/gentoo/gentoo/pull/3753

media-plugins/kodi-pvr-wmc: 1.4.7 version bump

Closes: https://github.com/gentoo/gentoo/pull/3754

media-plugins/kodi-peripheral-joystick: 1.2.1 version bump

Closes: https://github.com/gentoo/gentoo/pull/3762

app-crypt/nitrokey-app: New package

Package-Manager: Portage-2.3.3, Repoman-2.3.1

media-sound/spotify: 1.0.48 fast stable because spotify is stupid

Package-Manager: portage-2.3.3

media-sound/spotify: bup

Package-Manager: portage-2.3.3

sys-cluster/heat: bup

Package-Manager: portage-2.3.3

sys-auth/keystone: bup

Package-Manager: portage-2.3.3

app-admin/mcollective: bup

Package-Manager: portage-2.3.3

dev-ruby/facter: bup

Package-Manager: portage-2.3.3

dev-python/keystonemiddleware: bup

Package-Manager: portage-2.3.3

dev-cpp/tbb: version bump to 2017.20161128

Package-Manager: Portage-2.3.3, Repoman-2.3.1

net-analyzer/mk-livestatus: patch version bump

Package-Manager: portage-2.3.0

net-analyzer/check_mk_agent: split agent from otherwise hard-to-update check_mk

Package-Manager: portage-2.3.0

net-analyzer/check_mk-1.2.4_p5-r1: block check_mk_agent in RDEPEND

Package-Manager: portage-2.3.0

net-analyzer/check_mk: version bump, drop bundled livestatus

Significant modifications to sources (shebangs, direct calls to python)
to ensure python2 is used instead of python3.

Livestatus is no longer built and installed, now net-analyzer/mk-livestatus
is expected to be used instead.

net-analyzer/check_mk_agent (new package soon to be committed) is
hard-blocked; stripping the agent out of this package seems not
appropriate as the bundled copies should still exist anyways.

Nagios4 use-flag added to enforce synchronization of nagios-core dep with
the mk-livestatus dependency.  Note: not sure if nagios/icigna
dependencies are needed when not building livestatus anymore; check_mk by
default expects a full nagios/icigna/nagvis/pnp4nagios deployment (for
multisite at least) but whether the package should enforce this via
dependencies is uncertain.

Package-Manager: portage-2.3.0

x11-wm/xpra: Require ffmpeg-3 (bug 606898, thanks kavol@email.cz).

Package-Manager: Portage-2.3.3, Repoman-2.3.1

media-video/orion: 1.4.0 version bump

Add missing media-plugins/gst-plugins-hls rdep for USE=-mpv
Thanks Nathan Caldwell <saintdev@gmail.com> in bug #607448

Package-Manager: Portage-2.3.3, Repoman-2.3.1

mail-filter/rspamd: restrict ragel dependency to < 7.0 (see bug 605056)

Package-Manager: portage-2.3.3

dev-vcs/mercurial: version bump to 4.1

Package-Manager: portage-2.3.3

sys-apps/portage: add native-extensions USE flag (bug 571444)

The native-extensions USE flag will enable building of the
libc bindings. This is not enabled by default because it does
not support cross compilation.

X-Gentoo-bug: 571444
X-Gentoo-bug-url: https://bugs.gentoo.org/show_bug.cgi?id=571444
Package-Manager: Portage-2.3.3, Repoman-2.3.1

dev-libs/libressl: version bumps 2.3.10, 2.4,5, 2.5.1, remove older

Package-Manager: portage-2.3.3

eclass/mysql-multilib-r1: Ignore building SELinux policies for mysqld_safe wrt #607928

x11-wm/xpra: do not interfere with '--param key=value' gcc args (bug 607776, thanks Fabian Henze and Hendrik v. Raven).

Package-Manager: Portage-2.3.3, Repoman-2.3.1

app-admin/setools: Drop arm, arm64 and mips keywords (needed deps are not available)

Package-Manager: portage-2.3.3

app-admin/setools: Bump to 4.1.0

Drop arm, arm64 and mips keywords as the dependencies (networkx for instance) are not available there yet.

Package-Manager: portage-2.3.3

app-admin/setools: Add dependency on PyQt5 with USE set to widgets and gui

Without this dependency set, launching apol fails with:

Traceback (most recent call last):
  File "/usr/lib/python-exec/python2.7/apol", line 24, in <module>
    from PyQt5.QtWidgets import QApplication
ImportError: No module named QtWidgets

Package-Manager: portage-2.3.3

dev-db/mariadb: Stable for HPPA (bug #606258).

Package-Manager: Portage-2.3.3, Repoman-2.3.1
RepoMan-Options: --ignore-arches

net-misc/hotot: Version bump to the last commit.

Package-Manager: Portage-2.3.3, Repoman-2.3.1

net-misc/hotot: Update live ebuild to enable building qt5 and gtk3 versions.

Package-Manager: Portage-2.3.3, Repoman-2.3.1

sys-kernel/vanilla-sources: Automated version bump to {3.12.70,4.4.46,4.9.7} - remove old.

Package-Manager: portage-2.3.3
Signed-off-by: Agostino Sarubbo <ago@gentoo.org>

sys-kernel/gentoo-sources: bump to 4.9.7

Package-Manager: portage-2.3.2

dev-python/pylint: Version bump to 1.6.5

Package-Manager: Portage-2.3.3, Repoman-2.3.1

sys-kernel/gentoo-sources: bump to 4.4.46

Package-Manager: portage-2.3.2

sys-kernel/gentoo-sources: Linux kernel 3.12.70

Package-Manager: portage-2.3.2

net-misc/curl: remove unused patch

Package-Manager: portage-2.3.3

net-misc/curl: remove older vulnerable versions, bug #603574

Package-Manager: portage-2.3.3

sys-libs/libcap: Patch & research by Mike "floppym" Gilbert to allow compilation against gperf 3.1; ported to no-perl Makefile by me. Closes bug #604802 by dwfreed.

Package-Manager: Portage-2.3.3, Repoman-2.3.1

dev-java/gradle-bin: Incorporate ebuild feedback from David "soap" Seifert.

Package-Manager: Portage-2.3.3, Repoman-2.3.1

media-gfx/ristretto: Bump to 0.8.2

xfce-extra/xfce4-mount-plugin: Bump to 1.1.0

sys-cluster/openmpi: bump 2.0.2

Package-Manager: portage-2.3.3

package.mask: Mask new sys-apps/busybox due to #607548

dev-python/memory_profiler: Version bump to 0.43

Package-Manager: Portage-2.3.3, Repoman-2.3.1

dev-python/raet: Version bump to 0.6.6

Package-Manager: Portage-2.3.3, Repoman-2.3.1

dev-python/libnacl: Version bump to 1.5.0

Package-Manager: Portage-2.3.3, Repoman-2.3.1

sys-apps/etckeeper: Version bump to 1.18.6

Package-Manager: Portage-2.3.3, Repoman-2.3.1

dev-python/prometheus_client: Version bump to 0.0.19

Package-Manager: Portage-2.3.3, Repoman-2.3.1

dev-util/omake: Bump to 0.10.2

Package-Manager: Portage-2.3.3, Repoman-2.3.1

app-admin/systemrescuecd-x86: Bump to 4.9.1 & 4.9.2

profiles: Move LIBDIR_* declarations into specific arches

profiles: Inline features/32bit-userland

profiles: Inline features/multilib/lib32

NFC except for effective LIBDIR_* for architectures irrelevant to
the profile at hand.

profiles/features: Remove unused *bit-native

profiles/*/ppc64: stop using features/64bit-native

profiles/*/amd64/*/no-multilib: stop using features/64bit-native

profiles: Move amd64-specific masks to amd64 where they belong

Move the amd64-specific masks from features/64bit-native to
arch/amd64/no-multilib. There is no reason to apply them to non-x86
architectures really. NFC, confirmed with profile-dumper.

profiles/hardened: Include base amd64-multilib profile in subprofile

Include arch/amd64/no-multilib in the hardened no-multilib amd64
variant. Confirmed with profile-dumper that it does not currently change
anything.

kde-plasma/kmenuedit: restore khotkeys

Package-Manager: Portage-2.3.3, Repoman-2.3.1

kde-plasma/plasma-meta: restore khotkeys

Package-Manager: Portage-2.3.3, Repoman-2.3.1

kde-plasma/khotkeys: add missing 5.9.0

Package-Manager: Portage-2.3.3, Repoman-2.3.1

media-gfx/krita: Remove 3.1.1

Package-Manager: Portage-2.3.3, Repoman-2.3.1

media-gfx/krita: Version bump 3.1.2

Package-Manager: Portage-2.3.3, Repoman-2.3.1

x11-libs/libva-intel-driver: Update git uri, use git-r3.eclass, prune all libtool files, switch release tarballs to github. Bug #607758.

Package-Manager: Portage-2.3.3, Repoman-2.3.1

x11-libs/libva-intel-driver: Update homepage, bug #607758

Package-Manager: Portage-2.3.3, Repoman-2.3.1

x11-libs/libva-intel-driver: remove old

Package-Manager: Portage-2.3.3, Repoman-2.3.1