unfold.py

   1 #!/usr/bin/env python
   2 #
   3 # Copyright (C) 2009-2012 W. Trevor King <wking@tremily.us>
   4 #
   5 # This file is part of unfold_protein.
   6 #
   7 # unfold_protein is free software: you can redistribute it and/or modify it
   8 # under the terms of the GNU General Public License as published by the Free
   9 # Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any
  10 # later version.
  11 #
  12 # unfold_protein is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
  13 # ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS
  14 # FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more
  15 # details.
  16 #
  17 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with
  18 # unfold_protein.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19
  20 """Run a mechanical protein unfolding experiment."""
  21
  22 import os
  23 import os.path
  24
  25 import numpy as _numpy
  26
  27 from unfold_protein import __version__
  28 import unfold_protein.storage as _storage
  29
  30
  31 if __name__ == '__main__':
  32     from argparse import ArgumentParser
  33
  34     parser = ArgumentParser(
  35         description=__doc__, version=__version__)
  36     parser.add_argument(
  37         '-s', '--song',
  38         help='Path to a song to play when the experiment is complete')
  39     parser.add_argument(
  40         '-S', '--no-stepper-tweaks', dest='stepper_tweaks',
  41         action='store_const', const=False, default=True,
  42         help=("Don't move the stepper except for the initial approach "
  43               "and final retraction"))
  44
  45     args = parser.parse_args()
  46
  47     devices = []
  48     try:
  49         scanner = _storage.load_scanner()
  50         scanner.load_from_config(devices=devices)
  51         scanner.unfolder.afm.piezo.zero()
  52         scanner.run(stepper_tweaks=args.stepper_tweaks)
  53     finally:
  54         scanner.unfolder.afm.move_away_from_surface()
  55         scanner.unfolder.afm.piezo.zero()
  56         for device in devices:
  57             device.close()
  58         if args.song:
  59             song = os.path.abspath(os.path.expanduser(args.song))
  60             os.system("aplay '%s'" % song)