ts.bib

   1 @string{IJBMM = "International Journal of Biological Macromolecules"}
   2
   3 @string{WKing = "King, W.~Trevor"}
   4 @string{MSu = "Su, Meihong"}
   5 @string{GYang = "Yang, Guoliang"}
   6
   7 @article { king10,
   8     author = WKing #" and "# MSu #" and "# GYang,
   9     title = "{M}onte {C}arlo simulation of mechanical unfolding of proteins
  10         based on a simple two-state model",
  11     year = 2010,
  12     month = mar,
  13     day = 1,
  14     address =      "Department of Physics, Drexel University, 3141
  15                    Chestnut Street, Philadelphia, PA 19104, USA.",
  16     journal = IJBMM,
  17     volume = 46,
  18     number = 2,
  19     pages = "159--166",
  20     issn = "0141-8130",
  21     alternative_issn = "1879-0003",
  22     doi = "10.1016/j.ijbiomac.2009.12.001",
  23     url = "http://www.sciencedirect.com/science/article/B6T7J-
  24         4XWMND2-1/2/7ef768562b4157fc201d450553e5de5e",
  25     language = "eng",
  26     keywords = "Atomic force microscopy;Mechanical unfolding;Monte Carlo
  27         simulation;Worm-like chain;Single molecule methods",
  28     abstract = "Single molecule methods are becoming routine biophysical
  29         techniques for studying biological macromolecules. In mechanical
  30         unfolding of proteins, an externally applied force is used to induce
  31         the unfolding of individual protein molecules. Such experiments have
  32         revealed novel information that has significantly enhanced our
  33         understanding of the function and folding mechanisms of several types
  34         of proteins. To obtain information on the unfolding kinetics and the
  35         free energy landscape of the protein molecule from mechanical unfolding
  36         data, a Monte Carlo simulation based on a simple two-state kinetic
  37         model is often used. In this paper, we provide a detailed description
  38         of the procedure to perform such simulations and discuss the
  39         approximations and assumptions involved. We show that the appearance of
  40         the force versus extension curves from mechanical unfolding of proteins
  41         is affected by a variety of experimental parameters, such as the length
  42         of the protein polymer and the force constant of the cantilever. We
  43         also analyze the errors associated with different methods of data
  44         pooling and present a quantitative measure of how well the simulation
  45         results fit experimental data. These findings will be helpful in
  46         experimental design, artifact identification, and data analysis for
  47         single molecule studies of various proteins using the mechanical
  48         unfolding method."
  49 }
  50
  51 % Talks
  52
  53 @unpublished{ 2013-05-thesis,
  54     title= {Open source single molecule force spectroscopy},
  55     author = WKing,
  56     year = 2013,
  57     month = may,
  58     day = 28,
  59     note= {Thesis defense, Drexel University},
  60     address = {Drexel University},
  61     url = {http://blog.tremily.us/posts/Thesis/talk/},
  62 }
  63
  64 @unpublished{ 2013-01-columbia,
  65     title= {Collaborative version control with {G}it},
  66     author = WKing,
  67     year = 2013,
  68     month = jan,
  69     note= {Software Carpentry boot camp, Columbia University},
  70     address = {Columbia University},
  71 }
  72
  73 @unpublished{ 2009-10-life-cycles,
  74     title= {Software life-cycles and alphabet soup},
  75     author = WKing,
  76     year = 2009,
  77     month = oct,
  78     note= {Drexel Physics Graduate Student Association},
  79     address = {Drexel University}
  80 }
  81
  82 @unpublished{ 2008-06-locks,
  83     title= {Manipulating combination locks \& Ray tracing with polarization},
  84     author = WKing,
  85     year = 2008,
  86     month = jun,
  87     note= {Drexel Physics Graduate Student Association},
  88     address = {Drexel University}
  89 }
  90
  91 @unpublished{ 2006-05-quantum-computing,
  92     title= {Quantum Computing},
  93     author = WKing,
  94     year = 2006,
  95     note= {Rochester Solid State final},
  96     address = {University of Rochester}
  97 }
  98 %    month = may,
  99
 100 % Posters
 101
 102 @unpublished{ 2013-04-swc,
 103     title= {Teaching Software Carpentry: Better Science through Science},
 104     author = WKing,
 105     year = 2013,
 106     month = apr,
 107     note= {Drexel CoAS Research Day},
 108     address = {Philadelphia, Pennsylvania},
 109 }
 110
 111 @unpublished{ 2012-04-calibcant,
 112     title= {Thermally calibrating {AFM} cantilever spring constants},
 113     author = WKing,
 114     year = 2012,
 115     month = apr,
 116     note= {Drexel CoAS Research Day},
 117     address = {Philadelphia, Pennsylvania},
 118 }
 119
 120 @unpublished{ 2011-04-saswsim,
 121     title= {Flexible parallel simulations and packaging},
 122     author = WKing,
 123     year = 2011,
 124     month = apr,
 125     note= {Drexel CoAS Research Day},
 126     address = {Philadelphia, Pennsylvania},
 127 }
 128
 129 @unpublished{ 2010-04-open-source,
 130     title= {Open source software in experimental protein unfolding},
 131     author = WKing,
 132     year = 2010,
 133     month = apr,
 134     note= {Drexel CoAS Research Day},
 135     address = {Philadelphia, Pennsylvania},
 136 }
 137
 138 @unpublished{ 2009-03-roughness,
 139     title= {Experimental Estimation of the Free Energy Landscape
 140         Roughness of Protein Molecules},
 141     author = WKing,
 142     year = 2009,
 143     month = mar,
 144     note= {Biophysical Society Annual Meeting},
 145     address = {Philadelphia, Pennsylvania},
 146 }
 147
 148 @unpublished{ 2008-04-sawsim,
 149     title= {Simulated mechanical unfolding of single proteins},
 150     author = WKing,
 151     year = 2008,
 152     month = apr,
 153     note= {Drexel CoAS Research Day},
 154     address = {Philadelphia, Pennsylvania},
 155 }
 156
 157 @unpublished{ 2008-02-stiffness,
 158     title= {Effects of Cantilever Stiffness on Unfolding Force in AFM
 159         Protein Unfolding},
 160     author = WKing,
 161     year = 2008,
 162     month = feb,
 163     note= {Biophysical Society Annual Meeting},
 164     address = {Long Beach, California},
 165 }