ts.bib

   1 % Year for live projects
   2
   3 @string{LIVE = 2013}
   4
   5 % Licenses
   6
   7 @string{CC-BY-SA-3.0-US = "CC BY-SA 3.0 US"}
   8 @string{CC-BY-NC-SA-3.0-US = "CC BY-NC-SA 3.0 US"}
   9
  10 % Schools
  11
  12 @string{Drexel = "Drexel University"}
  13
  14 % Publishers
  15
  16 @string{AAPT = "American Association of Physics Teachers"}
  17 @string{ASQ = "American Society for Quality"}
  18 @string{Blackwell = "Blackwell Publishing Ltd."}
  19 @string{DLA = "Digital Library and Archives, Virginia Polytechnic
  20   Institute and State University"}
  21 @string{PH = "Prentice Hall, Inc."}
  22 @string{WSS = "Wiley Subscription Services, Inc., A Wiley Company"}
  23
  24 % Addresses
  25
  26 @string{Crowell-address = "2233 Loma Alta Dr., Fullerton, CA 92833"}
  27 @string{UpperSaddleRiver = "Upper Saddle River, NJ 07458"}
  28
  29 % Journals
  30
  31 @string{AJP = "American Journal of Physics"}
  32 @string{ASQ:HEB = "ASQ Higher Education Brief"}
  33 @string{IJBMM = "International Journal of Biological Macromolecules"}
  34 @string{JEE = "Journal of Engineering Education"}
  35 @string{JITE = "Journal of Industrial Teacher Education"}
  36 @string{NDTL = "New Directions for Teaching and Learning"}
  37 @string{Science = "Science"}
  38
  39 % Authors
  40
  41 @string{MBelloni = "Belloni, Mario"}
  42 @string{RBrent = "Brent, Rebecca"}
  43 @string{WChristian = "Christian, Wolfgang"}
  44 @string{SPChung = "Chung, Shih-Ping"}
  45 @string{CHCrouch = "Crouch, Catherine H."}
  46 @string{BCrowell = "Crowell, Benjamin"}
  47 @string{LDeslauriers = "Deslauriers, Louis"}
  48 @string{RMFelder = "Felder, Richard M."}
  49 @string{RRHake = "Hake, Richard R."}
  50 @string{SDJohnson = "Johnson, Scott D."}
  51 @string{WKing = "King, W.~Trevor"}
  52 @string{JLochhead = "Lochhead, Jack"}
  53 @string{EMazur = "Mazur, Eric"}
  54 @string{MPrince = "Prince, Michael"}
  55 @string{ESchelew = "Schelew, Ellen"}
  56 @string{MSu = "Su, Meihong"}
  57 @string{AWhimbey = "Whimbey, Arthur"}
  58 @string{CWieman = "Wieman, Carl"}
  59 @string{GYang = "Yang, Guoliang"}
  60
  61 @phdthesis{ wking13,
  62     author = WKing,
  63     title = {Open source single molecule force spectroscopy},
  64     school = Drexel,
  65     year = 2013,
  66     month = jun,
  67     url = {http://blog.tremily.us/Thesis/},
  68     eprint = {http://blog.tremily.us/Thesis/draft.pdf},
  69 }
  70
  71 @article { king10,
  72     author = WKing #" and "# MSu #" and "# GYang,
  73     title = "{M}onte {C}arlo simulation of mechanical unfolding of proteins
  74         based on a simple two-state model",
  75     year = 2010,
  76     month = mar,
  77     day = 1,
  78     address =      "Department of Physics, Drexel University, 3141
  79                    Chestnut Street, Philadelphia, PA 19104, USA.",
  80     journal = IJBMM,
  81     volume = 46,
  82     number = 2,
  83     pages = "159--166",
  84     issn = "0141-8130",
  85     alternative_issn = "1879-0003",
  86     doi = "10.1016/j.ijbiomac.2009.12.001",
  87     url = "http://www.sciencedirect.com/science/article/B6T7J-
  88         4XWMND2-1/2/7ef768562b4157fc201d450553e5de5e",
  89     language = "eng",
  90     keywords = "Atomic force microscopy;Mechanical unfolding;Monte Carlo
  91         simulation;Worm-like chain;Single molecule methods",
  92     abstract = "Single molecule methods are becoming routine biophysical
  93         techniques for studying biological macromolecules. In mechanical
  94         unfolding of proteins, an externally applied force is used to induce
  95         the unfolding of individual protein molecules. Such experiments have
  96         revealed novel information that has significantly enhanced our
  97         understanding of the function and folding mechanisms of several types
  98         of proteins. To obtain information on the unfolding kinetics and the
  99         free energy landscape of the protein molecule from mechanical unfolding
 100         data, a Monte Carlo simulation based on a simple two-state kinetic
 101         model is often used. In this paper, we provide a detailed description
 102         of the procedure to perform such simulations and discuss the
 103         approximations and assumptions involved. We show that the appearance of
 104         the force versus extension curves from mechanical unfolding of proteins
 105         is affected by a variety of experimental parameters, such as the length
 106         of the protein polymer and the force constant of the cantilever. We
 107         also analyze the errors associated with different methods of data
 108         pooling and present a quantitative measure of how well the simulation
 109         results fit experimental data. These findings will be helpful in
 110         experimental design, artifact identification, and data analysis for
 111         single molecule studies of various proteins using the mechanical
 112         unfolding method."
 113 }
 114
 115 % Talks
 116
 117 @unpublished{ 2013-05-thesis,
 118     title= {Open source single molecule force spectroscopy},
 119     author = WKing,
 120     year = 2013,
 121     month = may,
 122     day = 28,
 123     note= {Thesis defense, Drexel University},
 124     address = {Drexel University},
 125     url = {http://blog.tremily.us/posts/Thesis/talk/},
 126 }
 127
 128 @unpublished{ 2013-01-columbia,
 129     title= {Collaborative version control with {G}it},
 130     author = WKing,
 131     year = 2013,
 132     month = jan,
 133     note= {Software Carpentry boot camp, Columbia University},
 134     address = {Columbia University},
 135 }
 136
 137 @unpublished{ 2009-10-life-cycles,
 138     title= {Software life-cycles and alphabet soup},
 139     author = WKing,
 140     year = 2009,
 141     month = oct,
 142     note= {Drexel Physics Graduate Student Association},
 143     address = {Drexel University}
 144 }
 145
 146 @unpublished{ 2008-06-locks,
 147     title= {Manipulating combination locks \& Ray tracing with polarization},
 148     author = WKing,
 149     year = 2008,
 150     month = jun,
 151     note= {Drexel Physics Graduate Student Association},
 152     address = {Drexel University}
 153 }
 154
 155 @unpublished{ 2006-05-quantum-computing,
 156     title= {Quantum Computing},
 157     author = WKing,
 158     year = 2006,
 159     note= {Rochester Solid State final},
 160     address = {University of Rochester}
 161 }
 162 %    month = may,
 163
 164 % Posters
 165
 166 @unpublished{ 2013-04-swc,
 167     title= {Teaching Software Carpentry: Better Science through Science},
 168     author = WKing,
 169     year = 2013,
 170     month = apr,
 171     note= {Drexel CoAS Research Day},
 172     address = {Philadelphia, Pennsylvania},
 173 }
 174
 175 @unpublished{ 2012-04-calibcant,
 176     title= {Thermally calibrating {AFM} cantilever spring constants},
 177     author = WKing,
 178     year = 2012,
 179     month = apr,
 180     note= {Drexel CoAS Research Day},
 181     address = {Philadelphia, Pennsylvania},
 182 }
 183
 184 @unpublished{ 2011-04-saswsim,
 185     title= {Flexible parallel simulations and packaging},
 186     author = WKing,
 187     year = 2011,
 188     month = apr,
 189     note= {Drexel CoAS Research Day},
 190     address = {Philadelphia, Pennsylvania},
 191 }
 192
 193 @unpublished{ 2010-04-open-source,
 194     title= {Open source software in experimental protein unfolding},
 195     author = WKing,
 196     year = 2010,
 197     month = apr,
 198     note= {Drexel CoAS Research Day},
 199     address = {Philadelphia, Pennsylvania},
 200 }
 201
 202 @unpublished{ 2009-03-roughness,
 203     title= {Experimental Estimation of the Free Energy Landscape
 204         Roughness of Protein Molecules},
 205     author = WKing,
 206     year = 2009,
 207     month = mar,
 208     note= {Biophysical Society Annual Meeting},
 209     address = {Philadelphia, Pennsylvania},
 210 }
 211
 212 @unpublished{ 2008-04-sawsim,
 213     title= {Simulated mechanical unfolding of single proteins},
 214     author = WKing,
 215     year = 2008,
 216     month = apr,
 217     note= {Drexel CoAS Research Day},
 218     address = {Philadelphia, Pennsylvania},
 219 }
 220
 221 @unpublished{ 2008-02-stiffness,
 222     title= {Effects of Cantilever Stiffness on Unfolding Force in AFM
 223         Protein Unfolding},
 224     author = WKing,
 225     year = 2008,
 226     month = feb,
 227     note= {Biophysical Society Annual Meeting},
 228     address = {Long Beach, California},
 229 }
 230
 231 % Other people
 232
 233 @article{ lochhead87,
 234     author = JLochhead #" and "# AWhimbey,
 235     title = {Teaching analytical reasoning through thinking aloud pair
 236       problem solving},
 237     year = 1987,
 238     journal = NDTL,
 239     volume = 1987,
 240     number = 30,
 241     pages = {73--92},
 242     publisher = WSS,
 243     issn = {1536-0768},
 244     url = {http://dx.doi.org/10.1002/tl.37219873007},
 245     doi = {10.1002/tl.37219873007},
 246     abstract = {The TAPPS technique is a useful device for the
 247       teaching of problem solving because it causes learners to pay
 248       attention to basic reasoning skills.},
 249 }
 250
 251 @article{ hake98,
 252     author = RRHake,
 253     title = {Interactive-engagement versus traditional methods: A
 254       six-thousand-student survey of mechanics test data for
 255       introductory physics courses},
 256     year = 1998,
 257     month = jan,
 258     journal = AJP,
 259     volume = 66,
 260     number = 1,
 261     pages = {64--74},
 262     publisher = AAPT,
 263     issn = {0002-9505},
 264     doi = {10.1119/1.18809},
 265     url = {http://ajp.aapt.org/resource/1/ajpias/v66/i1/p64_s1},
 266     keywords = { teaching, education, classical mechanics},
 267     abstract = {A survey of pre/post-test data using the
 268       Halloun--Hestenes Mechanics Diagnostic test or more recent Force
 269       Concept Inventory is reported for 62 introductory physics
 270       courses enrolling a total number of students $N=6542$. A
 271       consistent analysis over diverse student populations in high
 272       schools, colleges, and universities is obtained if a rough
 273       measure of the average effectiveness of a course in promoting
 274       conceptual understanding is taken to be the average normalized
 275       gain $\langle g\rangle$.  The latter is defined as the ratio of
 276       the actual average gain
 277       ($\%\langle\text{post}\rangle-\%\langle\text{pre}\rangle$) to
 278       the maximum possible average gain
 279       ($100-\%\langle\text{pre}\rangle$). Fourteen ``traditional'' (T)
 280       courses ($N=2084$) which made little or no use of
 281       interactive-engagement (IE) methods achieved an average gain
 282       $\langle g\rangle_{\text{T} - \text{ave}} = 0.23\pm0.04$ (std dev).
 283       In sharp contrast, 48 courses ($N=4458$) which made substantial
 284       use of IE methods achieved an average gain
 285       $\langle g\rangle_{\text{IE}-\text{ave}} = 0.48\pm0.14$ (std dev),
 286       almost two standard deviations of
 287       $\langle g\rangle_{\text{IE}-\text{ave}}$ above that of the
 288       traditional courses. Results for 30 ($N=3259$) of the above 62
 289       courses on the problem-solving Mechanics Baseline test of
 290       Hestenes--Wells imply that IE strategies enhance problem-solving
 291       ability. The conceptual and problem-solving test results
 292       strongly suggest that the classroom use of IE methods can
 293       increase mechanics-course effectiveness well beyond that
 294       obtained in traditional practice.},
 295 }
 296
 297 @article{ johnson99,
 298     author = SDJohnson #" and "# SPChung,
 299     title = {The Effect of Thinking Aloud Pair Problem Solving
 300       ({TAPPS}) on the Troubleshooting Ability of Aviation Technician
 301       Students},
 302     year = 1999,
 303     month = {Fall},
 304     journal = JITE,
 305     volume = 37,
 306     number = 1,
 307     publisher = DLA,
 308     issn = {0022-1864},
 309     issn-online = {1938-1603},
 310     url = {http://scholar.lib.vt.edu/ejournals/JITE/v37n1/john.html},
 311     license = CC-BY-NC-SA-3.0-US,
 312 }
 313
 314 @book{ christian01,
 315     author = WChristian #" and "# MBelloni,
 316     title = {Physlets: Teaching Physics with Interactive Curricular Material},
 317     year = 2001,
 318     publisher = PH,
 319     address = UpperSaddleRiver,
 320     edition = 4,
 321     isbn = {0-13-029341-5},
 322     isbn-13 = {978-0-1302-9341-1},
 323     url = {http://webphysics.davidson.edu/physletprob/},
 324 }
 325
 326 @article{ crouch01,
 327     author = CHCrouch #" and "# EMazur,
 328     title = {Peer Instruction: Ten years of experience and results},
 329     year = 2001,
 330     month = sep,
 331     journal = AJP,
 332     volume = 69,
 333     number = 9,
 334     pages = {970--977},
 335     publisher = AAPT,
 336     issn = {0002-9505},
 337     doi = {10.1119/1.1374249},
 338     url = {http://ajp.aapt.org/resource/1/ajpias/v69/i9/p970_s1},
 339     keywords = {teaching, problem solving, educational courses},
 340     abstract = {We report data from ten years of teaching with Peer
 341       Instruction (PI) in the calculus- and algebra-based introductory
 342       physics courses for nonmajors; our results indicate increased
 343       student mastery of both conceptual reasoning and quantitative
 344       problem solving upon implementing PI. We also discuss ways we
 345       have improved our implementation of PI since introducing it in
 346       1991. Most notably, we have replaced in-class reading quizzes
 347       with pre-class written responses to the reading, introduced a
 348       research-based mechanics textbook for portions of the course,
 349       and incorporated cooperative learning into the discussion
 350       sections as well as the lectures. These improvements are
 351       intended to help students learn more from pre-class reading and
 352       to increase student engagement in the discussion sections, and
 353       are accompanied by further increases in student understanding.},
 354 }
 355
 356 @article{ prince04,
 357     author = MPrince,
 358     title = {Does Active Learning Work? {A} Review of the Research},
 359     year = 2004,
 360     month = jul,
 361     journal = JEE,
 362     volume = 93,
 363     number = 3,
 364     pages = {223--231},
 365     publisher = Blackwell,
 366     issn = {2168-9830},
 367     doi = {10.1002/j.2168-9830.2004.tb00809.x},
 368     url = {http://dx.doi.org/10.1002/j.2168-9830.2004.tb00809.x},
 369     keywords = {active, collaborative, cooperative, problem-based learning},
 370     abstract = {This study examines the evidence for the effectiveness
 371       of active learning. It defines the common forms of active
 372       learning most relevant for engineering faculty and critically
 373       examines the core element of each method. It is found that there
 374       is broad but uneven support for the core elements of active,
 375       collaborative, cooperative and problem-based learning.},
 376 }
 377
 378 @article{ felder09,
 379     author = RMFelder #" and "# RBrent,
 380     title = {Active learning: An introduction},
 381     year = 2009,
 382     month = aug,
 383     journal = ASQ:HEB,
 384     volume = 2,
 385     number = 4,
 386     publisher = ASQ,
 387     url = {http://asq.org/edu/2009/08/best-practices/active-learning-an-introduction.%20felder.html?shl=093530},
 388     eprint = {http://www4.ncsu.edu/unity/lockers/users/f/felder/public/Papers/ALpaper(ASQ).pdf},
 389     abstract = {Richard M. Felder and Rebecca Brent describe active
 390       learning as anything course-related that all students in a class
 391       session are called upon to do other than watching, listening and
 392       taking notes. They provide suggestions as to what teachers and
 393       professors can do to engage students in active learning and the
 394       formats to use for those activities.},
 395 }
 396
 397 @article{ deslauriers11,
 398     author = LDeslauriers #" and "# ESchelew #" and "# CWieman,
 399     title = {Improved Learning in a Large-Enrollment Physics Class},
 400     year = 2011,
 401     month = may,
 402     day = 13,
 403     journal = Science,
 404     volume = 332,
 405     number = 6031,
 406     pages = {862--864},
 407     doi = {10.1126/science.1201783},
 408     url = {http://www.sciencemag.org/content/332/6031/862.abstract},
 409     eprint = {http://www.sciencemag.org/content/332/6031/862.full.pdf},
 410     abstract ={We compared the amounts of learning achieved using two
 411       different instructional approaches under controlled
 412       conditions. We measured the learning of a specific set of topics
 413       and objectives when taught by 3 hours of traditional lecture
 414       given by an experienced highly rated instructor and 3 hours of
 415       instruction given by a trained but inexperienced instructor
 416       using instruction based on research in cognitive psychology and
 417       physics education. The comparison was made between two large
 418       sections (N = 267 and N = 271) of an introductory undergraduate
 419       physics course. We found increased student attendance, higher
 420       engagement, and more than twice the learning in the section
 421       taught using research-based instruction.},
 422 }
 423
 424 @book{ crowell-light-and-matter,
 425     author = BCrowell,
 426     title = {Light and Matter},
 427     year = LIVE,
 428     url = {http://www.lightandmatter.com/lm/},
 429     eprint = {http://www.lightandmatter.com/lm.pdf},
 430     source = {git://lightandmatter.com/physics},
 431     license = CC-BY-SA-3.0-US,
 432 }
 433
 434 @book{ crowell-simple-nature,
 435     author = BCrowell,
 436     title = {Simple Nature},
 437     year = LIVE,
 438     url = {http://www.lightandmatter.com/area1sn.html},
 439     eprint = {http://www.lightandmatter.com/simple.pdf},
 440     source = {git://lightandmatter.com/physics},
 441     license = CC-BY-SA-3.0-US,
 442 }
 443
 444 @book{ crowell-mechanics,
 445     author = BCrowell,
 446     title = {Mechanics},
 447     year = LIVE,
 448     url = {http://www.lightandmatter.com/mechanics/},
 449     eprint = {http://www.lightandmatter.com/me.pdf},
 450     source = {git://lightandmatter.com/physics},
 451     license = CC-BY-SA-3.0-US,
 452 }
 453
 454 @book{ crowell-conceptual-physics,
 455     author = BCrowell,
 456     title = {Conceptual Physics},
 457     year = LIVE,
 458     url = {http://www.lightandmatter.com/cp/},
 459     eprint = {http://www.lightandmatter.com/cp.pdf},
 460     source = {git://lightandmatter.com/physics},
 461     license = CC-BY-SA-3.0-US,
 462 }
 463
 464 @book{ crowell-calculus,
 465     author = BCrowell,
 466     title = {Calculus},
 467     year = LIVE,
 468     url = {http://www.lightandmatter.com/calc/},
 469     eprint = {http://www.lightandmatter.com/calc/calc.pdf},
 470     source = {git://lightandmatter.com/physics},
 471     license = CC-BY-SA-3.0-US,
 472 }
 473
 474 @book{ crowell-general-relativity,
 475     author = BCrowell,
 476     title = {General Relativity},
 477     year = LIVE,
 478     url = {http://www.lightandmatter.com/genrel},
 479     eprint = {http://www.lightandmatter.com/genrel/genrel.pdf},
 480     source = {git://lightandmatter.com/physics},
 481     license = CC-BY-SA-3.0-US,
 482 }