*.ipynb: Use absolute URLs to link to the glossary

SWC has a single, global glossary [1], not per-subject glossaries.
Because this per-subject branch no longer contains the global
glossary, we need to adjust the links to point at an external
glossary.  Done automatically with:

  $ sed -i 's|\.\./\.\./gloss.html|https://github.com/swcarpentry/bc/blob/ma
ster/gloss.md|g' *.md

[1]: https://github.com/swcarpentry/bc/blob/master/gloss.md

*.md: Remove YAML front-matter

The students won't be building with Jekyll.

Remove novice/shell namespace

Now that these lessons are in a single branch, the extra namespacing
is no longer needed.

novice/shell: Copy/paste from origin/master

I couldn't find a way to merge these without clobbering a bunch of
other files, so this is just a copy-paste of the current status as of
a42f07f (Merge pull request #347 from gvwilson/sticking-with-jekyll,
2014-03-12).