Hooke(GUI)
fixed default settings in ini files

Hooke(GUI)
hooke.py
- added version information for ConfigObj and wxPropGrid in do_version
- added preferences for playlist an workdir
- UpdatePlot now only uses data and not results to set the scale decimals and prefixes

ReadMe.txt
- updated the Wiki page HookeGUI and used it as the ReadMe

hooke configspec.ini/hooke.ini
- removed section 'core'

drivers/mfp1d.py
- deflection and LVDT files can now be stored in the same folder (forgot about the filemask in do_genlist)

drivers/mfp3d.py
- improved file recognition

lib/curve.py
- renamed Multiplier/multiplier to Prefix/prefix

lib/libhooke.py
- moved pickup_contact_point to autopeak.py

lib/results.py
- removed old code

plugins/autopeak.py
- added pickup_contact_point (was in libhooke before)

plugins/core.ini
- added 'preferences'options: playlist and workdir
- renamed 'preferences'options: multiplier to prefix

plugins/generalvclamp.py
- renamed multiplier to prefix

plugins/playlist.ini and playlist.py
- added option: detect_mfp1d

plugins/plot.ini and plot.py
- renames option 'plot' to 'preferences'
- renamed multiplier to prefix

plugins/procplots.ini and procplots.py
- renamed multiplier to prefix

Hooke(GUI)
hooke.py
- added check for off-screen window position on startup
- added note panel
- added check for existing plugin commands
- fixed access error on close (forgot to deregister a listener)
- added option to hide file extension from playlist and plot title
- added 'do_copylog'
- added general preferences
- modifed UpdatePlot to use individual scale formatter and legends for subplots
- added default settings for scale formatters and legends
- added general preference 'use_zero' to dispaly '0' on axes rather than e.g. '0.00'

hooke configspec.ini/hooke.ini
- added mfp1d driver
- added mfp3d driver
- removed curvetools plugin

drivers/mfp1dexport.py
- corrected spelling

drivers/picoforce.py
- removed detriggerize

drivers/mfp1d.py
- added driver for direct import of MFP-1D files

drivers/mfp3d.py
- added driver for direct import of MFP-3D files

lib/clickedpoint.py
- added object ClickedPoint to lib (was in libhooke before)

lib/curve.py
- added properties decimals, legend and multiplier to Curve
- added classes Data, Decimals, Multiplier and PrefixFormatter

lib/delta.py
- added object Delta to lib

lib/file.py
- rename self.notes to self.note

lib/libhooke.py
- added fit_interval_nm (was in curvetools before)
- added pickup_contact_point(was in curvetools before)
- added remove_extension

lib/playlist.py
- added note support

panels/ploy.py
- added 'x' and 'y' to status text

panels/note.py
- added note panel

plugins/autopeak.ini and autopeak.py
- added options: delta_force, plot_linewidth, plot_size and plot_style

plugins/core.ini
- added 'preferences'options: hide_curve_extension, legend, x_decimals, x_multiplier, y_decimals, y_multiplier and use_zero
- added 'copylog' options: destination and use_LVDT_folder

plugins/export.ini and export.py
- added 'notes' options: filename, folder, prefix and use_playlist_filename
- added do_notes

plugins/flatfilts.ini and flatfilts.py
- corrected some default values
- added warning about not applying the flatten plotmanipulator

plugins/generalvclamp.py
- updated copyright information

plugins/plot.ini and plot.py
- corrected some default values
- added support for options: decimals, legend and multiplier

plugins/procplots.ini and procplots.py
- corrected some default values
- added support for options: decimals, legend and multiplier to do_fft

HookeGUI
commands.py: plugins are now sorted in alphabetical order in the Commands panel

Hooke(GUI)
hooke.py
- added GetPlotmanipulator()
- changed _delta() to return a delta class and not update the plot
- added multiplier support to UpdatePlot(), the user can now choose to display the scales in
pm/nm for x and pN/nN for y, if necessary, more multipliers can be added easily
- added decimals support to UpdatePlot(), the user can now choose how many decimals to display
- added legend support to UpdatePlot(), the user can now choose to display a legend

hooke.ini
- added plot plugin (handles global options for plot: multiplier, decimals, legend)

jpk.py
- added copyright information

prettyformat.py
- renamed variables to a more pythonic style
- added whitespace stripping option to prettyformat()
- added get_multiplier()
- added get_exponent()
- updated examples

autopeak.py
- added copyright information

fit.py
- removed specific import of libhooke.coth
- replaced whatset=1 by whatset=lh.RETRACTION

flatfilts.py
- added copyright information
- added apply_plotmanipulators option (all, none, flatten) to do_convfilt()

generalvclamp.ini/generalvclamp.py
- added options: decimals, multiplier, show_in_legend to [distance] and [force]
- added options: decimals, multiplier, show_in_legend to [distance] and [force]
- added options: baseline_color, baseline_show, baseline_show_in_legend, baseline_size, decimals,
maximum_color, maximum_show, maximum_show_in_legend, maximum_size, maximumrange_color,
maximumrange_show, maximumrange_show_in_legend, maximumrange_size and multiplier to [forcebase]
- added options: decimals, point_show_in_legend, slope_show_in_legend to [slope]
- added copyright information
- added prettyformat support to do_distance(), do_force(), do_forcebase(), do_slope()
- changed whatset=1 to whatset=lh.RETRACTION in linefit_between()

playlist.ini
- corrected folder location and default playlist file

plot.ini/plot.py
- added plot.ini
- modified plot.py to simply update the current plot (usually after changes are made to plot.ini)

procplots.py
- changed whatset=1 to whatset=lh.RETRACTION in do_fft()

results.ini
- changed [fit_function] to [result_type]
- added result type 'multidistance'

HookeGUI
added curvetools.ini
added curvetools.py
added multidistance.ini
added multidistance.py

hooke.py
- added ApplyPlotmanipulators()
- added configuration support to _delta()
- added linewidth option to UpdatePlot()
- 'fixed' GetDisplayedPlot()

hooke configspec.ini
- added curvetools plugin

hooke.ini
- added curvetools plugin
- added multidistance plugin
- removed plot plugin (do_replot() was moved to procplots.py)

curve.py
- added linewidth

playlist.py
- fixed the way the filename is retrieved from the playlist file

plugin.py
- added option section
- removed option key
- added comments

prettyformat.py
- fixed pretty_format() for 0 and NaN

results.py
- added class ResultsMultiDistance()
- fixed set_multipliers()

autopeak.ini/autopeak.py
- renamed 'peak_color' option to 'color'
- removed options: peak_show and peak_size (now in flatfilts.py-do_peaks())
- renamed x_values/y_values to retraction.x/retraction.y, respectively
- removed flatten plotmanipulator option (now in convfilt)

export.ini/export.py
- added append option

flatfilts.ini/flatfilts.py
- added apply_plotmanipulators option
- added configuration support to has_peaks()
- removed exec_has_peaks() as it is no longer necessary

generalvclamp.ini/generalvclamp.py
- added options: color, size to [distance]
- renamed 'show_points' to 'show' in [distance]
- added options: color, show, size to [force]
- added options: color, show, size to [forcebase]
- added options: point_color, point_show, point_size, slope_color, slope_linewidth, slope_show to [slope]
- added configuration support to do_distance(), do_force()

procplots.ini/procplots.py
- added option centerzero
- moved do_replot() form plot.py to procplots.py

results.py
- fixed do_show_results() to work with configuration options

added plotmanipulator centerzero to procplots.py

Added ReadMe.txt and some docstrings

Added illysam branch

W. Trevor King (2010-6-3):
This branch originally had a separate root from the default branch,
despite being a fork.  The history of the forking has been lost, so
I'm grafting it on at a likely place.  The graft should help with
merging future changes, but don't consider it to be the true history
of this branch.

fixed: plot does not display on Windows at program launch (troubleshooting issue 1)
fixed: driver tries to open a directory (issue 15)

fixed counter issue

Fixed MFP1D export from Igor 4 (wavenote was not complete)

adding a folder creation with the good plot files inside

(hooke_cli.py) text export, now with measure units. Fixes issue 0014

(mfp1dexport.py) Fixed k determination, at least until we find news on the mysteries of mfp export

(mfp1dexport.py) Fixed trivial bug in K determination ; fixed optimistic __init__ leading to random crashes

(hooke_cli.py) fixed export - bug 0011

pCluster ver.1 ... working! oneClick style. Updated with automatic filter calculation.

Updated with "debug" option and some explanation.
Maybe the last update!

(mfp_igor_scripts) Scripts committed

(mfp1dexport.py , mfp_igor_scripts) Initial indirect support for the MFP1D Asylum microscope files, via exporting scripts

pcluster improved with density estimation and second PCA. next step will be to clean everything in order to use pCluster in oneClick style!

updated with density limit

Just added a new config variable, "force_multiplier", which unsurprisingly muliplies each Y on an SMFS curve. Default value is 1. This is sometimes useful for calibration.

(autopeak.py, etc.) added noflatten option to autopeak, plus small stuff here and there

(mcs.py) lower- and upper- case both working

(mcs.py , generaltccd.py) added first version of TCCD driver and utilities

Added a small feature in the 'autopeak' command. If the variable 'baseline_clicks' is set to -1, no baseline is calculated. Rather, the ordinate of the contact point (either hand-picked or automatically found depending on other autopeak arguments) is taken as the zero force point.

add doublepca and triplepca functions

(autopeak.py, flatfilts.py, hooke_cli.py) various error checkings

PCA improved: it takes columns and multiplier factor from pca_config.txt or from second argument, and save a png file.
new MULTIPCA function: multiply selected column for values 1-100 and save all plots.

(tutorial.py) updated plugin tutorial

nothing of important (new function for building a file's coordinate)

(pcluster.py) again, dirty stuff for testing

add file configuration in order to choice the pca's columns

configuration file for pca's columns

(pcluster.py) testing stuff for test datasets

(pcluster.py) fixed typo

fixed many importants bugs: flatten, c_leng(ths) and p_leng(ths)

(pcluster.py) fixed stupid crash

little changing in the list of clustering coordinates (columns view)

(flatfilts.py) fixed peaks command crashing (pcluster.py) fixed contact point determination

(autopeak.py) fixed stuff about color management

(generalvclamp.py) now linefit_between accepts whatset

(libhookecurve.py, hooke.py , fit.py, generalvclamp.py) Added color attribute to the PlotObject

(pcluster.py) temporary things for quick and dirty testing

(hooke.py) scatter_red patch to have red scatterplot

(pcluster.py) last version by paolo

(libhooke.py) fixed stupid algorithm for finding nearest contact point

(generalvclamp.py) error checking in slope command

(pcluster.py) fixed scatterplot of pca

(pcluster.py) still trying stuff

(flatfilts.py) seedouble config variables was unused; fixed

(pcluster.py) added pca, pclick - requires MDP

(pcluster.py) fixed indentation (ok)

(pcluster.py) fixed indentation (maybe)

(pcluster.py) fixed missed declaration

(hooke_cli.py , hooke.py) fixed nasty bug preventing correct datasets to be chosen

(libhooke.py) fixed crash when saving playlist with wrong path

(pcluster.py) fixed bug in saving filenames; adding coordinates

(pcluster.py) now almost working

(pcluster.py) output of basic coordinates for further analysis

(pcluster.py) now accepts fixed persistent length

(pcluster.py) fixed crash when file not recognized

added first (still to debug) version of pcluster

(autopeak.py) prints measurements before AND after choosing peaks

(autopeak.py) whatset variable now defined, led to crash in some cases, fixed

(fit.py , flatfilts.py) fixed severe bug in convfilt; now contact point is correctly calculated for every curve

(autopeak.py) autopeak outputs sigma for contour length and persistence length

(fit.py , autopeak.py) wlc fitting now uses ODR algorithms. wlc command returns standard deviations of parameters

(fit.py) wlc now returns errors from the covariance matrix -but I would not trust them

(autopeak.py) fixed stupid error when pl is fixed

(autopeak.py) automatically discards spurious peaks with nonsense persistence lengths

autopeak now in autopeak.py and eliminated from generalvclamp.py

(hooke_cli.py) added _clickize method to ease ClickPoint conversion

(fit.py) wlc and autopeak now take the persistent length in nanometers, NOT in meters

(generalvclamp.py) fixed stupid fencepost error that crashed autopeak

(generalvclamp.py) fixed crash in autopeak due to too few points available for a fit

(hooke.conf) default T now 28 celsius

(hooke_cli.py , generalvclamp.py) when asks filename, you know of what

(generalvclamp.py, hooke.conf) automated and half-automated baseline for autopeak

(flatfilts.py) deleted useless convconf command

(flatfilts.py) setconv stub fixed

(flatfilts.py) documentation and cosmetic changes

(generalvclamp.py, hooke.conf) autopeak WLC fit interval - now also in nanometers

(fit.py) Continuing to sandbox stuff for better contact point algorithm

Default playlist loaded at startup.

(hooke_cli.py) Implemented info command

(hooke_cli.py) Fixed small error catching in do_copylog

(generalvclamp.py) catching all exceptions in plotmanip_flatten so to avoid unnecessary crashes

added a couple of 'del' commands at the end to avoid possible memory leaks

Implemented fcfilt - similar to flatfilt, but for force clamp curves.
Cleaned up older commands (e.g. using self._delta instead of self.measure_N_points)

(libhooke.py) find_graph_coords now takes finds the point closer to clicked point, and not justi n x axis as before
(macro.py) uses workdir in hooke.conf instead of self.currentdir

(macro.py) now uses safeinput call

(hooke:cli.py) changed previously forgotten alphainput in do_exit

(libinput.py) new function 'safeinput', more general and friendlier syntax
      fixed some bugs in numinput
(hooke_cli.py, viewer.py,libviewer.py) now use safeinput calls

(jpk.py) Added deflection, but a lot of things still behaving weirdly

(fit.py) Solved stupid regression -now wlc does not crash if you click two times the same point