test/polymer_fit.py

   1 # Copyright (C) 2010-2012 W. Trevor King <wking@drexel.edu>
   2 #
   3 # This file is part of Hooke.
   4 #
   5 # Hooke is free software: you can redistribute it and/or modify it under the
   6 # terms of the GNU Lesser General Public License as published by the Free
   7 # Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any
   8 # later version.
   9 #
  10 # Hooke is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
  11 # WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
  12 # A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU Lesser General Public License for more
  13 # details.
  14 #
  15 # You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License
  16 # along with Hooke.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17
  18 """
  19 >>> from hooke.hooke import Hooke, HookeRunner
  20 >>> h = Hooke()
  21 >>> r = HookeRunner()
  22
  23 Prepare a curve for polymer fitting.
  24
  25 >>> h = r.run_lines(h, ['load_playlist test/data/test']) # doctest: +ELLIPSIS
  26 <FilePlaylist test.hkp>
  27 Success
  28 <BLANKLINE>
  29 >>> h = r.run_lines(h, ['zero_surface_contact_point --block retract']
  30 ...     ) # doctest: +ELLIPSIS, +NORMALIZE_WHITESPACE, +REPORT_UDIFF
  31 {...'fitted parameters': [8.413...e-08, 2.812...e-10, 158.581...],...}
  32 Success
  33 <BLANKLINE>
  34 >>> h = r.run_lines(h, ['polynomial_flatten --block retract --deflection_column "surface deflection (m)" --degree 1'])
  35 Success
  36 <BLANKLINE>
  37 >>> h = r.run_lines(h, ['convert_distance_to_force --block retract --deflection_column "flattened deflection (m)"'])
  38 Success
  39 <BLANKLINE>
  40 >>> h = r.run_lines(h, ['remove_cantilever_from_extension --block retract'])
  41 Success
  42 <BLANKLINE>
  43 >>> h = r.run_lines(h, ['flat_filter_peaks --block retract --min_points 1']
  44 ...     )  # doctest: +ELLIPSIS, +NORMALIZE_WHITESPACE
  45 [<Peak flat filter peak 0 of surface deflection 510
  46   [ -1.065...e-09  -2.244...e-09]>,
  47  <Peak flat filter peak 1 of surface deflection 610
  48   [ -1.156...e-09  -8.840...e-10  -3.173...e-10  -7.480...e-10]>,
  49  <Peak flat filter peak 2 of surface deflection 704
  50   [ -7.933...e-10  -1.654...e-09]>,
  51  <Peak flat filter peak 3 of surface deflection 812
  52   [ -1.745...e-09]>,
  53  <Peak flat filter peak 4 of surface deflection 916 [ -2.085...e-09]>,
  54  <Peak flat filter peak 5 of surface deflection 1103
  55   [ -1.768...e-09  -8.885...e-09  -1.722...e-09]>]
  56 Success
  57 <BLANKLINE>
  58
  59 Fit the flat filter peaks with a polymer tension.
  60
  61 >>> h = r.run_lines(h, ['flat_peaks_to_polymer_peaks --block retract'])
  62 Success
  63 <BLANKLINE>
  64 >>> h = r.run_lines(h, ['polymer_fit_peaks --block retract'])
  65 Success
  66 <BLANKLINE>
  67
  68 Check the results.
  69
  70 >>> curve = h.playlists.current().current()
  71 >>> retract = curve.data[1]
  72 >>> retract.info['columns']  # doctest: +NORMALIZE_WHITESPACE
  73 ['z piezo (m)', 'deflection (m)',
  74  'surface distance (m)', 'surface deflection (m)',
  75  'flattened deflection (m)', 'deflection (N)',
  76  'cantilever adjusted extension (m)', 'flat filter peaks (m)',
  77  'polymer peak 0 (N)', 'polymer peak 1 (N)', 'polymer peak 2 (N)',
  78  'polymer peak 3 (N)', 'polymer peak 4 (N)', 'polymer peak 5 (N)']
  79 >>> retract[:5,-2:]
  80 Data([[ NaN,  NaN],
  81        [ NaN,  NaN],
  82        [ NaN,  NaN],
  83        [ NaN,  NaN],
  84        [ NaN,  NaN]])
  85 >>> retract[1097:1103,-2:]  # doctest: +ELLIPSIS
  86 Data([[             NaN,   5.2...e-10],
  87        [             NaN,   5...e-10],
  88        [             NaN,   6.1...e-10],
  89        [             NaN,   6.2...e-10],
  90        [             NaN,   7...e-10],
  91        [             NaN,              NaN]])
  92 >>> retract[-5:,-2:]
  93 Data([[ NaN,  NaN],
  94        [ NaN,  NaN],
  95        [ NaN,  NaN],
  96        [ NaN,  NaN],
  97        [ NaN,  NaN]])
  98 """