test/polymer_fit.py

   1 # Copyright (C) 2010 W. Trevor King <wking@drexel.edu>
   2 #
   3 # This file is part of Hooke.
   4 #
   5 # Hooke is free software: you can redistribute it and/or modify it
   6 # under the terms of the GNU Lesser General Public License as
   7 # published by the Free Software Foundation, either version 3 of the
   8 # License, or (at your option) any later version.
   9 #
  10 # Hooke is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
  11 # ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
  12 # or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU Lesser General
  13 # Public License for more details.
  14 #
  15 # You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  16 # License along with Hooke.  If not, see
  17 # <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18
  19 """
  20 >>> from hooke.hooke import Hooke, HookeRunner
  21 >>> h = Hooke()
  22 >>> r = HookeRunner()
  23
  24 Prepare a curve for polymer fitting.
  25
  26 >>> h = r.run_lines(h, ['load_playlist test/data/test']) # doctest: +ELLIPSIS
  27 <FilePlaylist test.hkp>
  28 Success
  29 <BLANKLINE>
  30 >>> h = r.run_lines(h, ['zero_surface_contact_point --block retract']
  31 ...     ) # doctest: +ELLIPSIS, +NORMALIZE_WHITESPACE, +REPORT_UDIFF
  32 {...'fitted parameters': [8.413...e-08, 2.812...e-10, 158.581...],...}
  33 Success
  34 <BLANKLINE>
  35 >>> h = r.run_lines(h, ['polynomial_flatten --block retract --deflection_column "surface deflection (m)" --degree 1'])
  36 Success
  37 <BLANKLINE>
  38 >>> h = r.run_lines(h, ['convert_distance_to_force --block retract --deflection_column "flattened deflection (m)"'])
  39 Success
  40 <BLANKLINE>
  41 >>> h = r.run_lines(h, ['remove_cantilever_from_extension --block retract'])
  42 Success
  43 <BLANKLINE>
  44 >>> h = r.run_lines(h, ['flat_filter_peaks --block retract --min_points 1']
  45 ...     )  # doctest: +ELLIPSIS, +NORMALIZE_WHITESPACE
  46 [<Peak flat filter peak 0 of surface deflection 510
  47   [ -1.065...e-09  -2.244...e-09]>,
  48  <Peak flat filter peak 1 of surface deflection 610
  49   [ -1.156...e-09  -8.840...e-10  -3.173...e-10  -7.480...e-10]>,
  50  <Peak flat filter peak 2 of surface deflection 704
  51   [ -7.933...e-10  -1.654...e-09]>,
  52  <Peak flat filter peak 3 of surface deflection 812
  53   [ -1.745...e-09]>,
  54  <Peak flat filter peak 4 of surface deflection 916 [ -2.085...e-09]>,
  55  <Peak flat filter peak 5 of surface deflection 1103
  56   [ -1.768...e-09  -8.885...e-09  -1.722...e-09]>]
  57 Success
  58 <BLANKLINE>
  59
  60 Fit the flat filter peaks with a polymer tension.
  61
  62 >>> h = r.run_lines(h, ['flat_peaks_to_polymer_peaks --block retract'])
  63 Success
  64 <BLANKLINE>
  65 >>> h = r.run_lines(h, ['polymer_fit_peaks --block retract'])
  66 Success
  67 <BLANKLINE>
  68
  69 Check the results.
  70
  71 >>> curve = h.playlists.current().current()
  72 >>> retract = curve.data[1]
  73 >>> retract.info['columns']  # doctest: +NORMALIZE_WHITESPACE
  74 ['z piezo (m)', 'deflection (m)',
  75  'surface distance (m)', 'surface deflection (m)',
  76  'flattened deflection (m)', 'deflection (N)',
  77  'cantilever adjusted extension (m)', 'flat filter peaks (m)',
  78  'polymer peak 0 (N)', 'polymer peak 1 (N)', 'polymer peak 2 (N)',
  79  'polymer peak 3 (N)', 'polymer peak 4 (N)', 'polymer peak 5 (N)']
  80 >>> retract[:5,-2:]
  81 Data([[ NaN,  NaN],
  82        [ NaN,  NaN],
  83        [ NaN,  NaN],
  84        [ NaN,  NaN],
  85        [ NaN,  NaN]])
  86 >>> retract[1097:1103,-2:]  # doctest: +ELLIPSIS
  87 Data([[             NaN,   5.2...e-10],
  88        [             NaN,   5...e-10],
  89        [             NaN,   6.1...e-10],
  90        [             NaN,   6.2...e-10],
  91        [             NaN,   7...e-10],
  92        [             NaN,              NaN]])
  93 >>> retract[-5:,-2:]
  94 Data([[ NaN,  NaN],
  95        [ NaN,  NaN],
  96        [ NaN,  NaN],
  97        [ NaN,  NaN],
  98        [ NaN,  NaN]])
  99 """