test/multiple_curve_analysis.py

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  11 # WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
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  14 #
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  16 # along with Hooke.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17
  18 """
  19 >>> from hooke.hooke import Hooke, HookeRunner
  20 >>> h = Hooke()
  21 >>> r = HookeRunner()
  22
  23 Setup a playlist to act on.
  24
  25 >>> h = r.run_lines(h, ['load_playlist test/data/vclamp_picoforce/playlist'])
  26 <FilePlaylist PicoForce>
  27 Success
  28 <BLANKLINE>
  29
  30 Build the command stack.
  31
  32 >>> h = r.run_lines(h, [
  33 ...         'start_command_capture',
  34 ...         'zero_surface_contact_point --block retract',
  35 ...         'flat_filter_peaks --block retract --min_points 1',
  36 ...         'zero_surface_contact_point --block retract --ignore_after_last_peak_info_name "flat filter peaks"',
  37 ...         'convert_distance_to_force --block retract --deflection_column "surface deflection (m)"',
  38 ...         'remove_cantilever_from_extension --block retract',
  39 ...         'flat_peaks_to_polymer_peaks --block retract',
  40 ...         'polymer_fit_peaks --block retract',
  41 ...         'stop_command_capture',
  42 ...         ])  # doctest: +REPORT_UDIFF
  43 Success
  44 <BLANKLINE>
  45 Success
  46 <BLANKLINE>
  47 Success
  48 <BLANKLINE>
  49 Success
  50 <BLANKLINE>
  51 Success
  52 <BLANKLINE>
  53 Success
  54 <BLANKLINE>
  55 Success
  56 <BLANKLINE>
  57 Success
  58 <BLANKLINE>
  59 Success
  60 <BLANKLINE>
  61
  62 Apply the command stack.
  63
  64 >>> h = r.run_lines(h, ['apply_command_stack_to_playlist'])
  65 Success
  66 <BLANKLINE>
  67
  68 Verify successful application.
  69
  70 >>> curve = h.playlists.current().current()
  71 >>> curve
  72 <Curve 20071120a_i27_t33.100>
  73 >>> for c in curve.command_stack:
  74 ...     print c  # doctest: +ELLIPSIS, +NORMALIZE_WHITESPACE, +REPORT_UDIFF
  75 <CommandMessage zero surface contact point {block: retract}>
  76 <CommandMessage flat filter peaks {block: retract, min points: 1}>
  77 <CommandMessage zero surface contact point {block: retract, ignore after last peak info name: flat filter peaks}>
  78 <CommandMessage convert distance to force {block: retract, deflection column: surface deflection (m)}>
  79 <CommandMessage remove cantilever from extension {block: retract}>
  80 <CommandMessage flat peaks to polymer peaks {block: retract}>
  81 <CommandMessage polymer fit peaks {block: retract}>
  82 >>> for c in curve.data[-1].info['columns']:
  83 ...     print c  # doctest: +REPORT_UDIFF
  84 z piezo (m)
  85 deflection (m)
  86 surface distance (m)
  87 surface deflection (m)
  88 flat filter peaks (m)
  89 deflection (N)
  90 cantilever adjusted extension (m)
  91 polymer peak 0 (N)
  92 >>> h.playlists.current().next()
  93 >>> curve = h.playlists.current().current()
  94 >>> curve
  95 <Curve 20071120a_i27_t33.101>
  96 >>> for c in curve.command_stack:
  97 ...     print c  # doctest: +ELLIPSIS, +NORMALIZE_WHITESPACE, +REPORT_UDIFF
  98 <CommandMessage zero surface contact point {block: retract}>
  99 <CommandMessage flat filter peaks {block: retract, min points: 1}>
 100 <CommandMessage zero surface contact point {block: retract, ignore after last peak info name: flat filter peaks}>
 101 <CommandMessage convert distance to force {block: retract, deflection column: surface deflection (m)}>
 102 <CommandMessage remove cantilever from extension {block: retract}>
 103 <CommandMessage flat peaks to polymer peaks {block: retract}>
 104 <CommandMessage polymer fit peaks {block: retract}>
 105 >>> for c in curve.data[-1].info['columns']:
 106 ...     print c  # doctest: +REPORT_UDIFF
 107 z piezo (m)
 108 deflection (m)
 109 surface distance (m)
 110 surface deflection (m)
 111 flat filter peaks (m)
 112 deflection (N)
 113 cantilever adjusted extension (m)
 114 polymer peak 0 (N)
 115 """