test/multiple_curve_analysis.py

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   9 #
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  11 # ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
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  14 #
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  17 # <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18
  19 """
  20 >>> from hooke.hooke import Hooke, HookeRunner
  21 >>> h = Hooke()
  22 >>> r = HookeRunner()
  23
  24 Setup a playlist to act on.
  25
  26 >>> h = r.run_lines(h, ['load_playlist test/data/vclamp_picoforce/playlist'])
  27 <FilePlaylist PicoForce>
  28 Success
  29 <BLANKLINE>
  30
  31 Build the command stack.
  32
  33 >>> h = r.run_lines(h, [
  34 ...         'start_command_capture',
  35 ...         'zero_surface_contact_point --block retract',
  36 ...         'flat_filter_peaks --block retract --min_points 1',
  37 ...         'zero_surface_contact_point --block retract --ignore_after_last_peak_info_name "flat filter peaks"',
  38 ...         'convert_distance_to_force --block retract --deflection_column "surface deflection (m)"',
  39 ...         'remove_cantilever_from_extension --block retract',
  40 ...         'flat_peaks_to_polymer_peaks --block retract',
  41 ...         'polymer_fit_peaks --block retract',
  42 ...         'stop_command_capture',
  43 ...         ])  # doctest: +REPORT_UDIFF
  44 Success
  45 <BLANKLINE>
  46 Success
  47 <BLANKLINE>
  48 Success
  49 <BLANKLINE>
  50 Success
  51 <BLANKLINE>
  52 Success
  53 <BLANKLINE>
  54 Success
  55 <BLANKLINE>
  56 Success
  57 <BLANKLINE>
  58 Success
  59 <BLANKLINE>
  60 Success
  61 <BLANKLINE>
  62
  63 Apply the command stack.
  64
  65 >>> h = r.run_lines(h, ['apply_command_stack_to_playlist'])
  66 Success
  67 <BLANKLINE>
  68
  69 Verify successful application.
  70
  71 >>> curve = h.playlists.current().current()
  72 >>> curve
  73 <Curve 20071120a_i27_t33.100>
  74 >>> for c in curve.command_stack:
  75 ...     print c  # doctest: +ELLIPSIS, +NORMALIZE_WHITESPACE, +REPORT_UDIFF
  76 <CommandMessage zero surface contact point {block: retract}>
  77 <CommandMessage flat filter peaks {block: retract, min points: 1}>
  78 <CommandMessage zero surface contact point {block: retract, ignore after last peak info name: flat filter peaks}>
  79 <CommandMessage convert distance to force {block: retract, deflection column: surface deflection (m)}>
  80 <CommandMessage remove cantilever from extension {block: retract}>
  81 <CommandMessage flat peaks to polymer peaks {block: retract}>
  82 <CommandMessage polymer fit peaks {block: retract}>
  83 >>> for c in curve.data[-1].info['columns']:
  84 ...     print c  # doctest: +REPORT_UDIFF
  85 z piezo (m)
  86 deflection (m)
  87 surface distance (m)
  88 surface deflection (m)
  89 flat filter peaks (m)
  90 deflection (N)
  91 cantilever adjusted extension (m)
  92 polymer peak 0 (N)
  93 >>> h.playlists.current().next()
  94 >>> curve = h.playlists.current().current()
  95 >>> curve
  96 <Curve 20071120a_i27_t33.101>
  97 >>> for c in curve.command_stack:
  98 ...     print c  # doctest: +ELLIPSIS, +NORMALIZE_WHITESPACE, +REPORT_UDIFF
  99 <CommandMessage zero surface contact point {block: retract}>
 100 <CommandMessage flat filter peaks {block: retract, min points: 1}>
 101 <CommandMessage zero surface contact point {block: retract, ignore after last peak info name: flat filter peaks}>
 102 <CommandMessage convert distance to force {block: retract, deflection column: surface deflection (m)}>
 103 <CommandMessage remove cantilever from extension {block: retract}>
 104 <CommandMessage flat peaks to polymer peaks {block: retract}>
 105 <CommandMessage polymer fit peaks {block: retract}>
 106 >>> for c in curve.data[-1].info['columns']:
 107 ...     print c  # doctest: +REPORT_UDIFF
 108 z piezo (m)
 109 deflection (m)
 110 surface distance (m)
 111 surface deflection (m)
 112 flat filter peaks (m)
 113 deflection (N)
 114 cantilever adjusted extension (m)
 115 polymer peak 0 (N)
 116 """