test/jpk_driver.py

   1 # Copyright (C) 2010-2011 W. Trevor King <wking@drexel.edu>
   2 #
   3 # This file is part of Hooke.
   4 #
   5 # Hooke is free software: you can redistribute it and/or modify it
   6 # under the terms of the GNU Lesser General Public License as
   7 # published by the Free Software Foundation, either version 3 of the
   8 # License, or (at your option) any later version.
   9 #
  10 # Hooke is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
  11 # ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
  12 # or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU Lesser General
  13 # Public License for more details.
  14 #
  15 # You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  16 # License along with Hooke.  If not, see
  17 # <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18
  19 """
  20 >>> import os
  21 >>> import os.path
  22 >>> from hooke.hooke import Hooke, HookeRunner
  23 >>> h = Hooke()
  24 >>> r = HookeRunner()
  25 >>> playlist = os.path.join('test', 'data', 'vclamp_jpk', 'playlist')
  26 >>> h = r.run_lines(h, ['load_playlist ' + playlist]) # doctest: +ELLIPSIS
  27 <FilePlaylist JPK>
  28 Success
  29 <BLANKLINE>
  30 >>> h = r.run_lines(h, ['curve_info']) # doctest: +ELLIPSIS, +REPORT_UDIFF
  31 name: 2009.04.23-15.15.47.jpk
  32 path: .../test/data/vclamp_jpk/2009.04.23-15.15.47.jpk
  33 driver: <hooke.driver.jpk.JPKDriver object at 0x...>
  34 note: None
  35 command stack: []
  36 blocks: 2
  37 block names: ['approach', 'retract']
  38 block sizes: [(4096, 6), (4096, 4)]
  39 Success
  40 <BLANKLINE>
  41
  42 Ensure that we can at least load each of the example curves.
  43
  44 >>> p = h.playlists.current()
  45 >>> for i,curve in enumerate(p.items()):
  46 ...     print (i,
  47 ...            curve.info['raw info']['file-format-version'],
  48 ...            [d.info['name'] for d in curve.data]) # doctest: +REPORT_UDIFF
  49 (0, '0.5', ['approach', 'retract'])
  50 (1, '0.5', ['approach', 'pause', 'retract'])
  51 (2, '0.2', ['pause-0', 'approach', 'pause-1', 'retract'])
  52 (3, '0.12', ['approach', 'pause-0', 'retract', 'pause-1'])
  53 (4, '0.2', ['pause-0', 'approach', 'pause-1', 'retract'])
  54 (5, '0.12', ['approach', 'pause-0', 'retract', 'pause-1'])
  55
  56 Load each of the example segments in the :file:`Data1D` directory.
  57
  58 >>> driver = [d for d in h.drivers if d.name == 'jpk'][0]
  59 >>> base_dir = os.path.join('test', 'data', 'vclamp_jpk', 'Data1D')
  60 >>> for file_name in sorted(os.listdir(base_dir)):
  61 ...     path = os.path.join(base_dir, file_name)
  62 ...     print path
  63 ...     print driver.is_me(path)
  64 ...     data = driver.read(path)
  65 ...     print data.shape, data[:5], data[-5:]
  66 ...     # doctest: +ELLIPSIS, +REPORT_UDIFF
  67 test/data/vclamp_jpk/Data1D/data1D-ConstantData1D-1282315524304.jpk-data1D
  68 True
  69 (128,) [  9.99999997e-07   9.99999997e-07   9.99999997e-07   9.99999997e-07
  70    9.99999997e-07] [  9.99999997e-07   9.99999997e-07   9.99999997e-07   9.99999997e-07
  71    9.99999997e-07]
  72 test/data/vclamp_jpk/Data1D/data1D-MemoryFloatData1D-1282315524326.jpk-data1D
  73 True
  74 (128,) [  5.31691167e+36   5.31691167e+36   1.06338233e+37   1.59507347e+37
  75    2.12676467e+37] [ Inf  Inf  Inf  Inf  Inf]
  76 test/data/vclamp_jpk/Data1D/data1D-MemoryIntegerData1D-1282315524320.jpk-data1D
  77 True
  78 (128,) [ 0.  0.  0.  0.  0.] [ 0.  0.  0.  0.  0.]
  79 test/data/vclamp_jpk/Data1D/data1D-MemoryIntegerData1D-1282315524323.jpk-data1D
  80 True
  81 (128,) [ 0.  0.  0.  0.  0.] [ 0.  0.  0.  0.  0.]
  82 test/data/vclamp_jpk/Data1D/data1D-MemoryShortData1D-1282315524313.jpk-data1D
  83 True
  84 (128,) [ 0.000511  0.000511  0.001022  0.001533  0.002044] [-0.002683 -0.002172 -0.001661 -0.00115  -0.000639]
  85 test/data/vclamp_jpk/Data1D/data1D-MemoryShortData1D-1282315524316.jpk-data1D
  86 True
  87 (128,) [ 0.  0.  0.  0.  0.] [ 0.  0.  0.  0.  0.]
  88 test/data/vclamp_jpk/Data1D/data1D-RasterData1D-1282315524283.jpk-data1D
  89 True
  90 (128,) [ 0.  1.  2.  3.  4.] [ 123.  124.  125.  126.  127.]
  91
  92 The data for the float and integer samples are not very convincing,
  93 but appear to be correct.  I've emailed Michael Haggerty to confirm
  94 the expected contents.
  95 """