hooke/plugin/procplots.py

   1 #!/usr/bin/env python
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   3 '''
   4 procplots.py
   5
   6 Process plots plugin for force curves.
   7
   8 Copyright ???? by ?
   9 with modifications by Dr. Rolf Schmidt (Concordia University, Canada)
  10
  11 This program is released under the GNU General Public License version 2.
  12 '''
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  14 import lib.libhooke as lh
  15 import wxversion
  16 wxversion.select(lh.WX_GOOD)
  17
  18 import copy
  19 from numpy import arange, diff, fft, median
  20 from scipy.signal import medfilt
  21
  22 from lib.peakspot import conv_dx
  23 import lib.prettyformat
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  25 class procplotsCommands:
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  27 #-----PLOT MANIPULATORS
  28     def plotmanip_median(self, plot, current, customvalue=False):
  29         '''
  30         does the median of the y values of a plot
  31         '''
  32         median_filter = self.GetIntFromConfig('procplots', 'median')
  33         if median_filter == 0:
  34             return plot
  35
  36         if float(median_filter) / 2 == int(median_filter) / 2:
  37             median_filter += 1
  38
  39         for curve in plot.curves:
  40             curve.y = medfilt(curve.y, median_filter).tolist()
  41
  42         return plot
  43
  44     def plotmanip_correct(self, plot, current, customvalue=False):
  45         '''
  46         does the correction for the deflection for a force spectroscopy curve.
  47         Assumes that:
  48         - the current plot has a deflection() method that returns a vector of values
  49         - the deflection() vector is as long as the X of extension + the X of retraction
  50         - plot.vectors[0][0] is the X of extension curve
  51         - plot.vectors[1][0] is the X of retraction curve
  52
  53         FIXME: both this method and the picoforce driver have to be updated, deflection() must return
  54         a more sensible data structure!
  55         '''
  56         #use only for force spectroscopy experiments!
  57         if current.driver.experiment != 'smfs':
  58             return plot
  59
  60         if not customvalue:
  61             customvalue = self.GetBoolFromConfig('procplots', 'correct')
  62         if not customvalue:
  63             return plot
  64
  65         defl_ext, defl_ret = current.driver.deflection()
  66
  67         plot.curves[lh.EXTENSION].x = [(zpoint - deflpoint) for zpoint,deflpoint in zip(plot.curves[lh.EXTENSION].x, defl_ext)]
  68         plot.curves[lh.RETRACTION].x = [(zpoint - deflpoint) for zpoint,deflpoint in zip(plot.curves[lh.RETRACTION].x, defl_ret)]
  69
  70         return plot