hooke/plugin/plotmanip.py

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   2 class Plotmanip (object):
   3 #-----PLOT MANIPULATORS
   4     def plotmanip_median(self, plot, current, customvalue=None):
   5         '''
   6         does the median of the y values of a plot
   7         '''
   8         if customvalue:
   9             median_filter=customvalue
  10         else:
  11             median_filter=self.config['medfilt']
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  13         if median_filter==0:
  14             return plot
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  16         if float(median_filter)/2 == int(median_filter)/2:
  17             median_filter+=1
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  19         nplots=len(plot.vectors)
  20         c=0
  21         while c<nplots:
  22             plot.vectors[c][1]=scipy.signal.medfilt(plot.vectors[c][1],median_filter)
  23             c+=1
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  25         return plot
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  28     def plotmanip_correct(self, plot, current, customvalue=None):
  29         '''
  30         does the correction for the deflection for a force spectroscopy curve.
  31         Assumes that:
  32         - the current plot has a deflection() method that returns a vector of values
  33         - the deflection() vector is as long as the X of extension + the X of retraction
  34         - plot.vectors[0][0] is the X of extension curve
  35         - plot.vectors[1][0] is the X of retraction curve
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  37         FIXME: both this method and the picoforce driver have to be updated, deflection() must return
  38         a more senseful data structure!
  39         '''
  40         #use only for force spectroscopy experiments!
  41         if current.curve.experiment != 'smfs':
  42             return plot
  43
  44         if customvalue != None:
  45             execute_me=customvalue
  46         else:
  47             execute_me=self.config['correct']
  48         if not execute_me:
  49             return plot
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  51         defl_ext,defl_ret=current.curve.deflection()
  52         #halflen=len(deflall)/2
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  54         plot.vectors[0][0]=[(zpoint-deflpoint) for zpoint,deflpoint in zip(plot.vectors[0][0],defl_ext)]
  55         plot.vectors[1][0]=[(zpoint-deflpoint) for zpoint,deflpoint in zip(plot.vectors[1][0],defl_ret)]
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  57         return plot
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  60     def plotmanip_centerzero(self, plot, current, customvalue=None):
  61         '''
  62         Centers the force curve so the median (the free level) corresponds to 0 N
  63         Assumes that:
  64         - plot.vectors[0][1] is the Y of extension curve
  65         - plot.vectors[1][1] is the Y of retraction curve
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  68         '''
  69         #use only for force spectroscopy experiments!
  70         if current.curve.experiment != 'smfs':
  71             return plot
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  73         if customvalue != None:
  74             execute_me=customvalue
  75         else:
  76             execute_me=self.config['centerzero']
  77         if not execute_me:
  78             return plot
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  82         #levelapp=float(np.median(plot.vectors[0][1]))
  83         levelret=float(np.median(plot.vectors[1][1][-300:-1]))
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  85         level=levelret
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  87         approach=[i-level for i in plot.vectors[0][1]]
  88         retract=[i-level for i in plot.vectors[1][1]]
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  90         plot.vectors[0][1]=approach
  91         plot.vectors[1][1]=retract
  92         return plot