hooke/plugin/multidistance.py

   1 # Copyright (C) 2009-2010 Fabrizio Benedetti
   2 #                         W. Trevor King <wking@drexel.edu>
   3 #
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   5 #
   6 # Hooke is free software: you can redistribute it and/or modify it
   7 # under the terms of the GNU Lesser General Public License as
   8 # published by the Free Software Foundation, either version 3 of the
   9 # License, or (at your option) any later version.
  10 #
  11 # Hooke is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
  12 # ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
  13 # or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU Lesser General
  14 # Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  17 # License along with Hooke.  If not, see
  18 # <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19
  20 from hooke.libhooke import WX_GOOD, ClickedPoint
  21
  22 import wxversion
  23 wxversion.select(WX_GOOD)
  24 from wx import PostEvent
  25 import numpy as np
  26 import scipy as sp
  27 import copy
  28 import os.path
  29 import time
  30
  31 import warnings
  32 warnings.simplefilter('ignore',np.RankWarning)
  33
  34
  35 class multidistanceCommands(object):
  36
  37     def do_multidistance(self,args):
  38      '''
  39      MULTIDISTANCE
  40      multidistance.py
  41      Based on the convolution recognition automatically give the distances between the peaks found.
  42      The command allow also to remove the unwanted peaks that can be due to interference.
  43      When you first issue the command, it will ask for the filename. If you are giving the filename
  44      of an existing file, autopeak will resume it and append measurements to it. If you are giving
  45      a new filename, it will create the file and append to it until you close Hooke.
  46      You can also define a minimun deviation of the peaks.
  47
  48      Syntax:
  49      multidistance [deviation]
  50      deviation = number of times the convolution signal is above the noise absolute deviation.
  51      '''
  52
  53
  54      noflatten=False
  55      peaks_location, peak_size=self.find_current_peaks(noflatten)
  56
  57      #if no peaks, we have nothing to plot. exit.
  58      if len(peaks_location)==0:
  59             return
  60
  61      #otherwise, we plot the peak locations.
  62      xplotted_ret=self.plots[0].vectors[1][0]
  63      yplotted_ret=self.plots[0].vectors[1][1]
  64      xgood=[xplotted_ret[index] for index in peaks_location]
  65      ygood=[yplotted_ret[index] for index in peaks_location]
  66
  67      recplot=self._get_displayed_plot()
  68      recplot.vectors.append([xgood,ygood])
  69      if recplot.styles==[]:
  70          recplot.styles=[None,None,'scatter']
  71          recplot.colors=[None,None,None]
  72      else:
  73          recplot.styles+=['scatter']
  74          recplot.colors+=[None]
  75
  76      self._send_plot([recplot])
  77
  78      print 'Peaks to ignore (0,1...n from contact point,return to take all)'
  79      print 'N to discard measurement'
  80      exclude_raw=raw_input('Input:')
  81      if exclude_raw=='N':
  82         print 'Discarded.'
  83         return
  84
  85      if not exclude_raw=='':
  86         exclude=exclude_raw.split(',')
  87         #we convert in numbers the input
  88         try:
  89             exclude=[int(item) for item in exclude]
  90         except:
  91             print 'Bad input, taking nothing.'
  92             return
  93
  94 #    we remove the peaks that we don't want from the list, we need a counter beacause if we remove
  95 #    a peaks the other peaks in the list are shifted by one at each step
  96         count=0
  97         for a in exclude:
  98           if (a==0):
  99              peaks_location=peaks_location[1:]
 100           else:
 101              new_a=a-count
 102              peaks_location=  peaks_location[0:new_a]+peaks_location[new_a+1:]
 103              peak_size=            peak_size[0:new_a]+peak_size[new_a+1:]
 104           count+=1
 105
 106      #we calculate the distance vector
 107      dist=[]
 108      for i in range(len(peaks_location)-1):
 109          dist.append(xplotted_ret[peaks_location[i]]-xplotted_ret[peaks_location[i+1]])
 110
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 114
 115         #Save file info
 116      if self.autofile=='':
 117             self.autofile=raw_input('Multidistance filename? (return to ignore) ')
 118             if self.autofile=='':
 119                 print 'Not saved.'
 120                 return
 121
 122      if not os.path.exists(self.autofile):
 123             f=open(self.autofile,'w+')
 124             f.write('Analysis started '+time.asctime()+'\n')
 125             f.write('----------------------------------------\n')
 126             f.write('; Delta Distance length (m)\n')
 127             f.write(self.current.path+'\n')
 128             for o in dist:
 129                f.write(";")
 130                f.write(str(o))
 131             f.write("\n")
 132             f.close()
 133
 134      print 'Saving...'
 135      f=open(self.autofile,'a+')
 136
 137      f.write(self.current.path+'\n')
 138      for i in dist:
 139           f.write(";")
 140           f.write(str(i))
 141
 142      f.write("\n")
 143      f.close()