hooke/plugin/cut.py

   1 # Copyright (C) 2009-2010 Fabrizio Benedetti
   2 #                         Massimo Sandal <devicerandom@gmail.com>
   3 #                         W. Trevor King <wking@drexel.edu>
   4 #
   5 # This file is part of Hooke.
   6 #
   7 # Hooke is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
   9 # License as published by the Free Software Foundation, either
  10 # version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11 #
  12 # Hooke is distributed in the hope that it will be useful,
  13 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  14 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  15 # GNU Lesser General Public License for more details.
  16 #
  17 # You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  18 # License along with Hooke.  If not, see
  19 # <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20
  21 """The `cut` module provides :class:`CutPlugin` and
  22 :class:`CutCommand`.
  23 """
  24
  25 import numpy
  26
  27 from ..command import Command, Argument, Failure
  28 from ..plugin import Plugin
  29
  30
  31 class CutPlugin (Plugin):
  32     def __init__(self):
  33         super(CutPlugin, self).__init__(name='cut')
  34         self._commands = [CutCommand(self)]
  35
  36
  37 # Define common or complicated arguments
  38
  39 def current_curve_callback(hooke, command, argument, value):
  40     playlist = hooke.playlists.current()
  41     if playlist == None:
  42         raise Failure('No playlists loaded')
  43     curve = playlist.current()
  44     if curve == None:
  45         raise Failure('No curves in playlist %s' % playlist.name)
  46     return curve
  47
  48 CurveArgument = Argument(
  49     name='curve', type='curve', callback=current_curve_callback,
  50     help="""
  51 :class:`hooke.curve.Curve` to cut from.  Defaults to the current curve.
  52 """.strip())
  53
  54
  55 # Define commands
  56
  57 class CutCommand (Command):
  58     """Cut the selected signal between two points and write it to a file.
  59
  60     The data is saved in TAB-delimited ASCII text.  A "#" prefixed
  61     header will optionally appear at the beginning of the file naming
  62     the columns.
  63     """
  64     def __init__(self, plugin):
  65         super(CutCommand, self).__init__(
  66             name='cut',
  67             arguments=[
  68                 CurveArgument,
  69                 Argument(name='block', aliases=['set'], type='int', default=0,
  70                     help="""
  71 Data block to save.  For an approach/retract force curve, `0` selects
  72 the approaching curve and `1` selects the retracting curve.
  73 """.strip()),
  74                 Argument(name='bounds', type='point', optional=False, count=2,
  75                          help="""
  76 Indicies of points bounding the selected data.
  77 """.strip()),
  78                 Argument(name='output', type='file', default='cut.dat',
  79                          help="""
  80 File name for the output data.
  81 """.strip()),
  82                 Argument(name='header', type='bool', default=True,
  83                          help="""
  84 True if you want the column-naming header line.
  85 """.strip()),
  86                 ],
  87             help=self.__doc__, plugin=plugin)
  88
  89     def _run(self, hooke, inqueue, outqueue, params):
  90         if params['curve'] == None:
  91             params['curve'] = hooke.playlists.current().current()
  92
  93         i_min = min([p.index for p in params['points']])
  94         i_max = max([p.index for p in params['points']])
  95
  96         data = params['curve'][params['bound']]
  97         cut_data = data[i_min:i_max+1,:] # slice rows from row-major data
  98         # +1 to include data[i_max] row
  99
 100         f = open(params['output'], 'w')
 101         if params['header'] == True:
 102             f.write('# %s \n' % ('\t'.join(cut_data.info['columns'])))
 103         numpy.savetxt(f, cut_data, delimiter='\t')
 104         f.close()