hooke/hooke.py

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   5 #
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   7 #
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   9 # under the terms of the GNU Lesser General Public License as
  10 # published by the Free Software Foundation, either version 3 of the
  11 # License, or (at your option) any later version.
  12 #
  13 # Hooke is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
  14 # ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
  15 # or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU Lesser General
  16 # Public License for more details.
  17 #
  18 # You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  19 # License along with Hooke.  If not, see
  20 # <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21
  22 """Hooke - A force spectroscopy review & analysis tool.
  23 """
  24
  25 if False: # Queue pickle error debugging code
  26     """The Hooke class is passed back from the CommandEngine process
  27     to the main process via a :class:`multiprocessing.queues.Queue`,
  28     which uses :mod:`pickle` for serialization.  There are a number of
  29     objects that are unpicklable, and the error messages are not
  30     always helpful.  This block of code hooks you into the Queue's
  31     _feed method so you can print out useful tidbits to help find the
  32     particular object that is gumming up the pickle works.
  33     """
  34     import multiprocessing.queues
  35     import sys
  36     feed = multiprocessing.queues.Queue._feed
  37     def new_feed (buffer, notempty, send, writelock, close):
  38         def s(obj):
  39             print 'SEND:', obj, dir(obj)
  40             for a in dir(obj):
  41                 attr = getattr(obj, a)
  42                 #print '  ', a, attr, type(attr)
  43             if obj.__class__.__name__ == 'Hooke':
  44                 # Set suspect attributes to None until you resolve the
  45                 # PicklingError.  Then fix whatever is breaking the
  46                 # pickling.
  47                 #obj.commands = None
  48                 #obj.drivers = None
  49                 #obj.plugins = None
  50                 #obj.ui = None
  51                 pass
  52             sys.stdout.flush()
  53             send(obj)
  54         feed(buffer, notempty, s, writelock, close)
  55     multiprocessing.queues.Queue._feed = staticmethod(new_feed)
  56
  57 import logging
  58 import logging.config
  59 import multiprocessing
  60 import optparse
  61 import os.path
  62 import Queue
  63 import unittest
  64 import StringIO
  65 import sys
  66
  67 from . import version
  68 from . import engine
  69 from . import config as config_mod
  70 from . import playlist
  71 from . import plugin as plugin_mod
  72 from . import driver as driver_mod
  73 from . import ui
  74
  75
  76 class Hooke (object):
  77     def __init__(self, config=None, debug=0):
  78         self.debug = debug
  79         default_settings = (config_mod.DEFAULT_SETTINGS
  80                             + plugin_mod.default_settings()
  81                             + driver_mod.default_settings()
  82                             + ui.default_settings())
  83         if config == None:
  84             config = config_mod.HookeConfigParser(
  85                 paths=config_mod.DEFAULT_PATHS,
  86                 default_settings=default_settings)
  87             config.read()
  88         self.config = config
  89         self.load_log()
  90         self.load_plugins()
  91         self.load_drivers()
  92         self.load_ui()
  93         self.engine = engine.CommandEngine()
  94         self.playlists = playlist.NoteIndexList()
  95
  96     def load_log(self):
  97         config_file = StringIO.StringIO()
  98         self.config.write(config_file)
  99         logging.config.fileConfig(StringIO.StringIO(config_file.getvalue()))
 100         # Don't attach the logger because it contains an unpicklable
 101         # thread.lock.  Instead, grab it directly every time you need it.
 102         #self.log = logging.getLogger('hooke')
 103
 104     def load_plugins(self):
 105         self.plugins = plugin_mod.load_graph(
 106             plugin_mod.PLUGIN_GRAPH, self.config, include_section='plugins')
 107         self.commands = []
 108         for plugin in self.plugins:
 109             self.commands.extend(plugin.commands())
 110
 111     def load_drivers(self):
 112         self.drivers = plugin_mod.load_graph(
 113             driver_mod.DRIVER_GRAPH, self.config, include_section='drivers')
 114
 115     def load_ui(self):
 116         self.ui = ui.load_ui(self.config)
 117
 118     def close(self):
 119         self.config.write() # Does not preserve original comments
 120
 121     def run_command(self, command, arguments):
 122         """Run `command` with `arguments` using
 123         :meth:`~hooke.engine.CommandEngine.run_command`.
 124
 125         Allows for running commands without spawning another process
 126         as in :class:`HookeRunner`.
 127         """
 128         self.engine.run_command(self, command, arguments)
 129
 130
 131 class HookeRunner (object):
 132     def run(self, hooke):
 133         """Run Hooke's main execution loop.
 134
 135         Spawns a :class:`hooke.engine.CommandEngine` subprocess and
 136         then runs the UI, rejoining the `CommandEngine` process after
 137         the UI exits.
 138         """
 139         ui_to_command,command_to_ui,command = self._setup_run(hooke)
 140         try:
 141             hooke.ui.run(hooke.commands, ui_to_command, command_to_ui)
 142         finally:
 143             hooke = self._cleanup_run(ui_to_command, command_to_ui, command)
 144         return hooke
 145
 146     def run_lines(self, hooke, lines):
 147         """Run the pre-set commands `lines` with the "command line" UI.
 148
 149         Allows for non-interactive sessions that are otherwise
 150         equivalent to :meth:'.run'.
 151         """
 152         cmdline = ui.load_ui(hooke.config, 'command line')
 153         ui_to_command,command_to_ui,command = self._setup_run(hooke)
 154         try:
 155             cmdline.run_lines(
 156                 hooke.commands, ui_to_command, command_to_ui, lines)
 157         finally:
 158             hooke = self._cleanup_run(ui_to_command, command_to_ui, command)
 159         return hooke
 160
 161     def _setup_run(self, hooke):
 162         ui_to_command = multiprocessing.Queue()
 163         command_to_ui = multiprocessing.Queue()
 164         manager = multiprocessing.Manager()
 165         command = multiprocessing.Process(name='command engine',
 166             target=hooke.engine.run, args=(hooke, ui_to_command, command_to_ui))
 167         command.start()
 168         return (ui_to_command, command_to_ui, command)
 169
 170     def _cleanup_run(self, ui_to_command, command_to_ui, command):
 171         log = logging.getLogger('hooke')
 172         log.debug('cleanup sending CloseEngine')
 173         ui_to_command.put(ui.CloseEngine())
 174         hooke = None
 175         while not isinstance(hooke, Hooke):
 176             log.debug('cleanup waiting for Hooke instance from the engine.')
 177             hooke = command_to_ui.get(block=True)
 178             log.debug('cleanup got %s instance' % type(hooke))
 179         command.join()
 180         return hooke
 181
 182
 183 def main():
 184     p = optparse.OptionParser()
 185     p.add_option(
 186         '--version', dest='version', default=False, action='store_true',
 187         help="Print Hooke's version information and exit.")
 188     p.add_option(
 189         '-s', '--script', dest='script', metavar='FILE',
 190         help='Script of command line Hooke commands to run.')
 191     p.add_option(
 192         '-c', '--command', dest='commands', metavar='COMMAND',
 193         action='append', default=[],
 194         help='Add a command line Hooke command to run.')
 195     p.add_option(
 196         '--command-no-exit', dest='command_exit',
 197         action='store_false', default=True,
 198         help="Don't exit after running a script or commands.")
 199     p.add_option(
 200         '--debug', dest='debug', action='store_true', default=False,
 201         help="Enable debug logging.")
 202     options,arguments = p.parse_args()
 203     if len(arguments) > 0:
 204         print >> sys.stderr, 'More than 0 arguments to %s: %s' \
 205             % (sys.argv[0], arguments)
 206         p.print_help(sys.stderr)
 207         sys.exit(1)
 208
 209     hooke = Hooke(debug=__debug__)
 210     runner = HookeRunner()
 211
 212     if options.version == True:
 213         print version()
 214         sys.exit(0)
 215     if options.debug == True:
 216         hooke.config.set(
 217             section='handler_hand1', option='level', value='NOTSET')
 218         hooke.load_log()
 219     if options.script != None:
 220         with open(os.path.expanduser(options.script), 'r') as f:
 221             options.commands.extend(f.readlines())
 222     if len(options.commands) > 0:
 223         try:
 224             hooke = runner.run_lines(hooke, options.commands)
 225         finally:
 226             if options.command_exit == True:
 227                 hooke.close()
 228                 sys.exit(0)
 229
 230     try:
 231         hooke = runner.run(hooke)
 232     finally:
 233         hooke.close()