hooke/driver/mcs.py

   1 # Copyright
   2
   3 """Driver for mcs fluorescence files
   4 """
   5
   6 from .. import curve as lhc
   7 from .. import libhooke as lh
   8 import struct
   9
  10 class mcsDriver(lhc.Driver):
  11
  12     def __init__(self, filename):
  13         '''
  14         Open the RED (A) ones; the BLUE (D) mirror ones will be automatically opened
  15         '''
  16         #obtain name of blue files
  17         othername=filename
  18         if othername[-8]=='a': #fixme: how to make it general? (maybe should not be in driverspace but in environment...)
  19             oth=list(othername)
  20             oth[-8]='d'
  21             othername=''.join(oth)
  22         self.filename=filename
  23         self.othername=othername
  24
  25         #print self.filename, self.othername
  26
  27         self.filedata=open(filename,'rb')
  28         self.reddata=self.filedata.read()
  29         self.filedata.close()
  30
  31         self.filebluedata=open(othername,'rb') #open also the blue ones
  32         self.bluedata=self.filebluedata.read()
  33         self.filebluedata.close()
  34
  35         self.filetype = 'mcs'
  36         self.experiment = 'smfluo'
  37
  38     def is_me(self):
  39         if self.filename[-3:].lower()=='mcs':
  40             return True
  41         else:
  42             return False
  43
  44     def close_all(self):
  45         self.filedata.close()
  46         self.filebluedata.close()
  47
  48
  49     def default_plots(self):
  50         red_data=self.read_file(self.reddata)
  51         blue_data=self.read_file(self.bluedata)
  52         blue_data=[-1*float(item) for item in blue_data] #visualize blue as "mirror" of red
  53
  54         main_plot=lhc.PlotObject()
  55         main_plot.add_set(range(len(red_data)),red_data)
  56         main_plot.add_set(range(len(blue_data)),blue_data)
  57         main_plot.normalize_vectors()
  58         main_plot.units=['time','count']  #FIXME: if there's an header saying something about the time count, should be used
  59         main_plot.destination=0
  60         main_plot.title=self.filename
  61         main_plot.colors=['red','blue']
  62
  63         return [main_plot]
  64
  65     def read_file(self, raw_data):
  66         real_data=[]
  67         intervalsperfile=struct.unpack('h', raw_data[10:12])[0] #read in number of intervals in this file
  68                                                                 #this data is contained in bit offset 10-12 in mcs file
  69         #see http://docs.python.org/library/struct.html#module-struct for additional explanation
  70
  71         numbytes=len(raw_data) #data is stored in 4-byte chunks, starting with pos 256
  72         for j in range(0,intervalsperfile): #read in all intervals in file
  73             temp=raw_data[256+j*4:256+j*4+4]    #data starts at byte offset 256
  74             real_data.append(struct.unpack('i', temp)[0]) #[0] because it returns a 1-element tuple
  75         return real_data