hooke/driver/mcs.py

   1 #!/usr/bin/env python
   2
   3 '''
   4 mcs.py
   5
   6 driver for mcs fluorescence files
   7
   8 Massimo Sandal, Allen Chen (c) 2009
   9 '''
  10
  11 import libhookecurve as lhc
  12 import libhooke as lh
  13 import struct
  14
  15 class mcsDriver(lhc.Driver):
  16
  17     def __init__(self, filename):
  18         '''
  19         Open the RED (A) ones; the BLUE (D) mirror ones will be automatically opened
  20         '''
  21         #obtain name of blue files
  22         othername=filename
  23         if othername[-8]=='a': #fixme: how to make it general? (maybe should not be in driverspace but in environment...)
  24             oth=list(othername)
  25             oth[-8]='d'
  26             othername=''.join(oth)
  27         self.filename=filename
  28         self.othername=othername
  29
  30         #print self.filename, self.othername
  31
  32         self.filedata=open(filename,'rb')
  33         self.reddata=self.filedata.read()
  34         self.filedata.close()
  35
  36         self.filebluedata=open(othername,'rb') #open also the blue ones
  37         self.bluedata=self.filebluedata.read()
  38         self.filebluedata.close()
  39
  40         self.filetype = 'mcs'
  41         self.experiment = 'smfluo'
  42
  43     def is_me(self):
  44         if self.filename[-3:].lower()=='mcs':
  45             return True
  46         else:
  47             return False
  48
  49     def close_all(self):
  50         self.filedata.close()
  51         self.filebluedata.close()
  52
  53
  54     def default_plots(self):
  55         red_data=self.read_file(self.reddata)
  56         blue_data=self.read_file(self.bluedata)
  57         blue_data=[-1*float(item) for item in blue_data] #visualize blue as "mirror" of red
  58
  59         main_plot=lhc.PlotObject()
  60         main_plot.add_set(range(len(red_data)),red_data)
  61         main_plot.add_set(range(len(blue_data)),blue_data)
  62         main_plot.normalize_vectors()
  63         main_plot.units=['time','count']  #FIXME: if there's an header saying something about the time count, should be used
  64         main_plot.destination=0
  65         main_plot.title=self.filename
  66         main_plot.colors=['red','blue']
  67
  68         return [main_plot]
  69
  70     def read_file(self, raw_data):
  71         real_data=[]
  72         intervalsperfile=struct.unpack('h', raw_data[10:12])[0] #read in number of intervals in this file
  73                                                                 #this data is contained in bit offset 10-12 in mcs file
  74         #see http://docs.python.org/library/struct.html#module-struct for additional explanation
  75
  76         numbytes=len(raw_data) #data is stored in 4-byte chunks, starting with pos 256
  77         for j in range(0,intervalsperfile): #read in all intervals in file
  78             temp=raw_data[256+j*4:256+j*4+4]    #data starts at byte offset 256
  79             real_data.append(struct.unpack('i', temp)[0]) #[0] because it returns a 1-element tuple
  80         return real_data