hooke/driver/mcs.py

   1 '''
   2 mcs.py
   3
   4 driver for mcs fluorescence files
   5
   6 Massimo Sandal, Allen Chen (c) 2009
   7 '''
   8
   9 import libhookecurve as lhc
  10 import libhooke as lh
  11 import struct
  12
  13 class mcsDriver(lhc.Driver):
  14
  15     def __init__(self, filename):
  16         '''
  17         Open the RED (A) ones; the BLUE (D) mirror ones will be automatically opened
  18         '''
  19         #obtain name of blue files
  20         othername=filename
  21         if othername[-8]=='a': #fixme: how to make it general? (maybe should not be in driverspace but in environment...)
  22             oth=list(othername)
  23             oth[-8]='d'
  24             othername=''.join(oth)
  25         self.filename=filename
  26         self.othername=othername
  27
  28         #print self.filename, self.othername
  29
  30         self.filedata=open(filename,'rb')
  31         self.reddata=self.filedata.read()
  32         self.filedata.close()
  33
  34         self.filebluedata=open(othername,'rb') #open also the blue ones
  35         self.bluedata=self.filebluedata.read()
  36         self.filebluedata.close()
  37
  38         self.filetype = 'mcs'
  39         self.experiment = 'smfluo'
  40
  41     def is_me(self):
  42         if self.filename[-3:].lower()=='mcs':
  43             return True
  44         else:
  45             return False
  46
  47     def close_all(self):
  48         self.filedata.close()
  49         self.filebluedata.close()
  50
  51
  52     def default_plots(self):
  53         red_data=self.read_file(self.reddata)
  54         blue_data=self.read_file(self.bluedata)
  55         blue_data=[-1*float(item) for item in blue_data] #visualize blue as "mirror" of red
  56
  57         main_plot=lhc.PlotObject()
  58         main_plot.add_set(range(len(red_data)),red_data)
  59         main_plot.add_set(range(len(blue_data)),blue_data)
  60         main_plot.normalize_vectors()
  61         main_plot.units=['time','count']  #FIXME: if there's an header saying something about the time count, should be used
  62         main_plot.destination=0
  63         main_plot.title=self.filename
  64         main_plot.colors=['red','blue']
  65
  66         return [main_plot]
  67
  68     def read_file(self, raw_data):
  69         real_data=[]
  70         intervalsperfile=struct.unpack('h', raw_data[10:12])[0] #read in number of intervals in this file
  71                                                                 #this data is contained in bit offset 10-12 in mcs file
  72         #see http://docs.python.org/library/struct.html#module-struct for additional explanation
  73
  74         numbytes=len(raw_data) #data is stored in 4-byte chunks, starting with pos 256
  75         for j in range(0,intervalsperfile): #read in all intervals in file
  76             temp=raw_data[256+j*4:256+j*4+4]    #data starts at byte offset 256
  77             real_data.append(struct.unpack('i', temp)[0]) #[0] because it returns a 1-element tuple
  78         return real_data