hooke/driver/hemingclamp.py

   1 '''
   2 libhemingclamp.py
   3
   4 Library for interpreting Hemingway force spectroscopy files.
   5
   6 Copyright (C) 2008 Massimo Sandal, Marco Brucale (University of Bologna, Italy)
   7
   8 This program is released under the GNU General Public License version 2.
   9 '''
  10 __version__='2007_02_15_devel'
  11
  12 __changelog__='''
  13 2007_02_15: fixed time counter with my counter
  14 2007_02_07: Initial implementation
  15 '''
  16 import string
  17 from .. import curve as lhc
  18
  19 class DataChunk(list):
  20     '''Dummy class to provide ext and ret methods to the data list.
  21     In this case ext and self can be equal.
  22     '''
  23
  24     def ext(self):
  25         return self
  26
  27     def ret(self):
  28         return self
  29
  30 class hemingclampDriver(lhc.Driver):
  31
  32     def __init__(self, filename):
  33
  34         self.filedata = open(filename,'r')
  35         self.data = self.filedata.readlines()[6:]
  36         self.filedata.close()
  37
  38         self.filetype = 'hemingclamp'
  39         self.experiment = 'clamp'
  40
  41         self.filename=filename
  42
  43     def __del__(self):
  44         self.filedata.close()
  45
  46     def is_me(self):
  47         '''
  48         we define our magic heuristic for HemingClamp files
  49         '''
  50         myfile=file(self.filename)
  51         headerlines=myfile.readlines()[0:3]
  52         myfile.close()
  53         if headerlines[0][0:10]=='#Hemingway' and headerlines[1][0:19]=='#Experiment: FClamp':
  54             return True
  55         else:
  56             return False
  57
  58     def _getdata_all(self):
  59         time = []
  60         phase = []
  61         zpiezo = []
  62         defl = []
  63         imposed = []
  64         trim_indexes = []
  65         trim_counter = 0.0
  66
  67         for i in self.data:
  68             temp = string.split(i)
  69             #time.append(float(temp[0])*(1.0e-3)) # This is managed differently now, since each data point = 1ms: see below
  70             phase.append(float(temp[1])*(1.0e-7)) # The nonsensical (e-7) multiplier is just there to make phase data nicely plottable along other data
  71             zpiezo.append(float(temp[2])*(1.0e-9))
  72             defl.append(float(temp[3])*(1.0e-9))
  73             imposed.append(float(temp[4])*(1.0e-9))
  74
  75         for x in range (0,len(phase)):
  76             if phase[x] != trim_counter:
  77                 trim_indexes.append(x)
  78                 trim_counter = phase[x]
  79
  80         #we rebuild the time counter assuming 1 point = 1 millisecond
  81         c=0.0
  82         for z in zpiezo:
  83             time.append(c)
  84             c+=(1.0e-3)
  85
  86         return time,phase,zpiezo,defl,imposed,trim_indexes
  87
  88     def time(self):
  89         return DataChunk(self._getdata_all()[0])
  90
  91     def phase(self):
  92         return DataChunk(self._getdata_all()[1])
  93
  94     def zpiezo(self):
  95         return DataChunk(self._getdata_all()[2])
  96
  97     def deflection(self):
  98         return DataChunk(self._getdata_all()[3])
  99
 100     def imposed(self):
 101         return DataChunk(self._getdata_all()[4])
 102
 103     def trimindexes(self):
 104         return DataChunk(self._getdata_all()[5])
 105
 106     def close_all(self):
 107         '''
 108         Explicitly closes all files
 109         '''
 110         self.filedata.close()
 111
 112     def default_plots(self):
 113         main_plot=lhc.PlotObject()
 114         defl_plot=lhc.PlotObject()
 115
 116         time=self.time()
 117         phase=self.phase()
 118         zpiezo=self.zpiezo()
 119         deflection=self.deflection()
 120         imposed=self.imposed()
 121
 122         main_plot.vectors=[[time,zpiezo],[time,phase]]
 123         main_plot.units=['seconds','meters']
 124         main_plot.destination=0
 125         main_plot.title=self.filename
 126
 127         defl_plot.vectors=[[time,deflection],[time,imposed]]
 128         defl_plot.units=['seconds','Newtons']
 129         defl_plot.destination=1
 130
 131         return [main_plot, defl_plot]
 132