hooke/driver/hdf5.py

   1 # Copyright (C) 2009-2010 Alberto Gomez-Casado
   2 #                         Massimo Sandal <devicerandom@gmail.com>
   3 #                         W. Trevor King <wking@drexel.edu>
   4 #
   5 # This file is part of Hooke.
   6 #
   7 # Hooke is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
   9 # License as published by the Free Software Foundation, either
  10 # version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11 #
  12 # Hooke is distributed in the hope that it will be useful,
  13 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  14 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  15 # GNU Lesser General Public License for more details.
  16 #
  17 # You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  18 # License along with Hooke.  If not, see
  19 # <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20
  21 """Driver for text-exported HDF5 files from Igor pro
  22 """
  23
  24 from .. import curve as lhc
  25 from .. import libhooke as lh
  26
  27 class hdf5Driver(lhc.Driver):
  28
  29     def __init__(self, filename):
  30
  31         self.filename=filename
  32         self.filedata=open(filename,'rU')
  33         self.lines=list(self.filedata.readlines())
  34         self.filedata.close()
  35
  36         self.filetype='hdf5'
  37         self.experiment='smfs'
  38
  39     def close_all(self):
  40         self.filedata.close()
  41
  42     def is_me(self):
  43         self.raw_header=self.lines[0]
  44
  45         if 'IGP-HDF5-Hooke' in self.raw_header:
  46             return True
  47         else:
  48             return False
  49
  50     def _read_columns(self):
  51
  52         self.raw_columns=self.lines[4:]
  53
  54         kline=None
  55         for line in self.lines:
  56             if line[:7]=='SpringC':
  57                 kline=line
  58                 break
  59
  60         kline=kline.split(':')
  61
  62         self.k=float(kline[1])
  63
  64
  65         xext=[]
  66         xret=[]
  67         yext=[]
  68         yret=[]
  69         for line in self.raw_columns:
  70             spline=line.split()
  71             xext.append(float(spline[0]))
  72             yext.append(float(spline[1]))
  73             xret.append(float(spline[2]))
  74             yret.append(float(spline[3]))
  75
  76         return [[xext,yext],[xret,yret]]
  77
  78     def deflection(self):
  79         self.data=self._read_columns()
  80         return self.data[0][1],self.data[1][1]
  81
  82
  83     def default_plots(self):
  84         main_plot=lhc.PlotObject()
  85         defl_ext,defl_ret=self.deflection()
  86         yextforce=[i*self.k for i in defl_ext]
  87         yretforce=[i*self.k for i in defl_ret]
  88         main_plot.add_set(self.data[0][0],yextforce)
  89         main_plot.add_set(self.data[1][0],yretforce)
  90         main_plot.normalize_vectors()
  91         main_plot.units=['Z','force']  #FIXME: if there's an header saying something about the time count, should be used
  92         main_plot.destination=0
  93         main_plot.title=self.filename
  94         #main_plot.colors=['red','blue']
  95         return [main_plot]