doc/index.txt

   1 Welcome to the Hooke documentation!
   2 ===================================
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   4 Hooke_ is software for the (semiautomatic) analysis and filtering of
   5 force curves.  Force curves are the output of an analytical technique
   6 called `force spectroscopy`_.  Force spectroscopy experiments usually
   7 require the analysis of thousands of force curves at a time. As of
   8 today, there is no standard, free software for the analysis of force
   9 curves. Hooke aims to solve that.
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  11 .. _Hooke: http://code.google.com/p/hooke/
  12 .. _force spectroscopy: http://en.wikipedia.org/wiki/Force_spectroscopy
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  14 Features:
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  16 * View, annotate, and measure force curves
  17 * Worm-like chain and freely-jointed chain fits of force peaks
  18 * Automatic convolution-based filtering of empty curves
  19 * Automatic fit and measurement of multiple force peaks
  20 * Handles force-clamp force experiments (experimental)
  21 * Extensible by users by mean of plugins and drivers
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  23 Contents:
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  25 .. toctree::
  26    :maxdepth: 2
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  28    install.txt
  29    tutorial.txt
  30    config.txt
  31    hacking.txt
  32    hooke/hooke.txt
  33    doc.txt
  34
  35 Indices and tables
  36 ==================
  37
  38 * :ref:`~genindex`
  39 * :ref:`~modindex`
  40 * :ref:`~search`
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  42 Publications
  43 ============
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  45 Hooke has been published [1]. Please cite Hooke if you use it.  Let us
  46 know, and we'll link to your paper!
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  49 [1] Sandal M, Benedetti F, Brucale M, Gomez-Casado A, Samorì B.,
  50   "Hooke: an open software platform for force spectroscopy."
  51   Bioinformatics, 2009.
  52   doi: `10.1093/bioinformatics/btp180 <http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btp180>`_
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  55 Troubleshooting
  56 ===============
  57
  58 If you have troubles in using Hooke:
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  60 1. Search the `issue tracker`_.
  61 2. Look at the `trouble shooting wiki page`_.
  62 3. Search the `discussion group`_.
  63 4. Ask a question in the discussion group.
  64 5. File a bug on the issue tracker.
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  66 .. _issue tracker: http://code.google.com/p/hooke/issues/list
  67 .. _trouble shooting wiki page:
  68    http://code.google.com/p/hooke/wiki/TroubleShooting
  69 .. _discussion group: http://groups.google.com/group/hookesoftware
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  72 Disclaimer
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  75 Remember that Hooke is still experimental software! It has been mostly
  76 done to fit the needs of its authors, and there is no guarantee it
  77 will do what you need. However, you can write us/help us improve it so
  78 that it does. We aim to make of Hooke a little, universal tool that
  79 can help your research.