doc/index.txt

   1 Welcome
   2 =======
   3
   4 Hooke_ is software for the (semiautomatic) analysis and filtering of
   5 force curves.  Force curves are the output of an analytical technique
   6 called `force spectroscopy`_.  Force spectroscopy experiments usually
   7 require the analysis of thousands of force curves at a time. As of
   8 today, there is no standard, free software for the analysis of force
   9 curves. Hooke aims to solve that.
  10
  11 .. _Hooke: http://code.google.com/p/hooke/
  12 .. _force spectroscopy: http://en.wikipedia.org/wiki/Force_spectroscopy
  13
  14 Features:
  15
  16 * View, annotate, and measure force curves
  17 * Worm-like chain and freely-jointed chain fits of force peaks
  18 * Automatic convolution-based filtering of empty curves
  19 * Automatic fit and measurement of multiple force peaks
  20 * Handles force-clamp force experiments (experimental)
  21 * Extensible by users by mean of plugins and drivers
  22
  23 Contents
  24 ========
  25
  26 .. toctree::
  27    :maxdepth: 2
  28
  29    install
  30    tutorial
  31    config
  32    bugs
  33    hacking
  34    hooke/hooke
  35    doc
  36
  37 Indices and tables
  38 ------------------
  39
  40 * :ref:`genindex`
  41 * :ref:`modindex`
  42 * :ref:`search`
  43
  44 .. todolist::
  45
  46 Publications
  47 ============
  48
  49 Hooke has been published [#sandal2009]_. Please cite Hooke if you use
  50 it.  Let us know, and we'll link to your paper!
  51
  52
  53 .. [#sandal2009] M. Sandal, F. Benedetti, M. Brucale, A. Gomez-Casado,
  54   B. Samorì.
  55   "Hooke: an open software platform for force spectroscopy."
  56   Bioinformatics, 2009.
  57   doi: `10.1093/bioinformatics/btp180 <http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btp180>`_
  58
  59 Disclaimer
  60 ==========
  61
  62 Remember that Hooke is still experimental software!  It has been
  63 mostly done to fit the needs of its authors, and there is no guarantee
  64 it will do what you need.  However, you can write us/help us improve
  65 it so that it does.