doc/gui.txt

   1 *****************
   2 The GUI interface
   3 *****************
   4
   5 Orignially by Rolf Schmidt <rschmidt@alcor.concordia.ca>.
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   7 Enable by selecting `gui` in your config file (see :doc:`config`)::
   8
   9     [user interfaces]
  10     command line = False
  11     gui = True
  12
  13 Interface
  14 =========
  15 Starting Hooke's GUI for the first time, you will see the central plot
  16 area with the current plot surrounded by the following windows (the `F*`
  17 key toggles the visibility of the panel):
  18
  19 * Commands (`F5`)
  20 * Folders (`F6`)
  21 * Note (`F7`)
  22 * Output (`F8`)
  23 * Playlists (`F9`)
  24 * Properties (`F10`)
  25 * Results (`F11`)
  26
  27 .. image:: img/gui_screenshot.jpg
  28
  29 Initially, the window will be rather small in order to work with small
  30 screen resolutions.  Adjust the size and position to your liking.
  31
  32 Underneath the menus at thte top of the window there is a navigation
  33 toolbar to switch from one curve to another (next/previous).
  34
  35 Plot area
  36 =========
  37
  38 The plot area displays the current curve.  You can select the data
  39 column to use as the x axis using the dropdown menu in the plot
  40 navigation bar (under the plot, not to be confused with the navigation
  41 bar under the menus).  You can select the columns to plot by clicking
  42 the `y column(s)` button and checking interesting columns.  We suggest
  43 you stick to columns with a single unit, and not try and dispay, for
  44 example, both meters and newtons on the same y axis.
  45
  46 You can move about the plot using its navigation toolbar.  See the
  47 `Matplotlib manual`_ for details.
  48
  49 .. _Matplotlib manual:
  50   http://matplotlib.sourceforge.net/users/navigation_toolbar.html
  51
  52 You can measure distances and forces directly in the plot.  If you
  53 want to know the coordinates of a single point, left click on it.  The
  54 index and coordinates of the nearest data point will be displayed in
  55 the status bar along with the x and y coordinates of your click.
  56
  57 To find the distance between two points, just issue the command
  58 ``delta``.  You will be asked to click two points.  When you click a
  59 point, a blue dot should appear.  When you click the second point, the
  60 distances will appear in the output panel.  Hooke automatically
  61 adjusts the position of the clicked point to the nearest point in the
  62 graph, so you will be always measuring distances and forces between
  63 points in the graph.
  64
  65 .. todo:: Implement blue dots and click handler.
  66
  67 Folders
  68 =======
  69 Here you can navigate your file system and double click on a saved
  70 playlist to open it.  You can change the initial folder by modifying
  71 `workdir` in the `preferences` (core plugin).
  72
  73 .. todo:: Implement folders panel.
  74
  75 Playlists
  76 =========
  77 You can manage several playlists in this window.  As the GUI is rather
  78 flexible, it is possible to display the curves from different
  79 playlists side by side to compare them (relatively handy when
  80 comparing different fit parameters).  You can double-click a file in
  81 the playlist to display it in the plot area.  Deleting entire playlists
  82 or single files can be accomplished by right-clicking and selecting
  83 `Delete`.
  84
  85 .. todo:: Do we need side-by-side comparison?  How did this work in
  86   the old GUI?
  87
  88 Commands
  89 ========
  90 All available commands are listed under their corresponding plugin.
  91 In order to see a plugin and its commands, you have to edit
  92 :file:`hooke.conf` and enable th plugin in the plugins section.
  93 Selecting a plugin or command will display the associated properties
  94 in the `Properties`_ window.  You can edit the properties and click
  95 `Execute` to run the selected command.  If you do not need to modify
  96 any properties, you can also double-click a command to run it.
  97
  98 Mousing over a plugin or command in the `Commands`_ window will
  99 display the associated help in a tooltip.  The help for the plugin
 100 should give a general description of the plugin.  The help for a
 101 command should describe the properties available for this command and
 102 suggest reasonable default values if possible.  Feel free to point out
 103 missing help content.
 104
 105 Properties
 106 ==========
 107 The properties for the command selected in the `Commands`_ window are
 108 displayed here.  Edit the properties to your satisfaction (some need to
 109 be confirmed by hitting enter, this seems to be a problem in
 110 wxPropertyGrid) and click the `Execute` button to run the selected
 111 command.  Floating point values are limited to a certain number of
 112 decimals (limitation of wxPropertyGrid?) so be careful when using
 113 floating point values.
 114
 115 .. todo:: Document new, non-PropGrid
 116   :mod:`~hooke.ui.gui.panel.propertyeditor`.
 117
 118 Results
 119 =======
 120 The results from the `autopeak` or `multidistance` commands are
 121 displayed here.  Initially, all results are checked (i.e. visible).  If
 122 you want to hide a result, simply uncheck it.  Hidden curves will not
 123 be exported either.  You can only display one type of fit result (WLC,
 124 FJC, etc.) at a time and you can switch between result types (results
 125 plugin - show_results).
 126
 127 .. todo:: Results panel not yet re-implemented.
 128
 129 Output
 130 ======
 131 The Output window serves as a log where pertinent information is
 132 displayed.  The output is generally the same as what you would see if
 133 you were running the commands from the command line.
 134
 135 Note
 136 ====
 137 A note can be added to every curve: enter your note and click `Update
 138 note`.  With the `note filter playlist` command (`playlist` plugin)
 139 you can copy all the curves with a note into a new playlist.
 140
 141 General remarks
 142 ===============
 143 Read :doc:`hacking` for an overview of how Hooke works internally and
 144 :doc:`config` for more information about configuring Hooke.
 145
 146 Ignore the text on the `Welcome` tab.  This tab is more like a proof of
 147 principle and will contain a short how-to in the future (once the
 148 howto is written).
 149
 150 Hooke's GUI will remember the size and position of the main window
 151 (stored in the config file, see :doc:`config`).  You can arrange the
 152 panels any which way you like and save this arrangement as a
 153 perspective.
 154
 155 .. image:: img/gui_perspective.jpg
 156
 157 Hooke will always start with the last used perspective and you can
 158 switch from one perspective to another by selecting a perspective from
 159 the perspectives menu.  After deleting a perspective, the radio
 160 indicator in the perspectives menu disappears (known bug in
 161 wxPython).  This is only a visual problem and does not affect anything
 162 else.
 163
 164 In order to pan the plot, zoom in and out and export the plot of your
 165 force curves, use the plot toolbar under the plot.  A more detailed
 166 description is available on the `Matplotlib website`_
 167
 168 .. _Matplotlib website:
 169   http://matplotlib.sourceforge.net/users/navigation_toolbar.html
 170
 171 Some plugins and commands
 172 =========================
 173
 174 * overlay (export): exports all retraction curves in a playlist on the
 175   same scale.  This is achieved by determining the maximum x window and
 176   adding x(max) and x(min) to all curves that are shorter than the
 177   maximum x window.  Make sure to filter your playlist before running
 178   this command!
 179
 180 .. todo:: Implement overlay.
 181
 182 Basic analysis and autopeak
 183 ===========================
 184
 185 .. todo:: Implement autopeak.  Bring in autopeak tutorial from the wiki?
 186
 187 Please follow the steps in the :doc:`tutorial`.  Instead of typing in
 188 the command at the command-line, select it in the `Commands`_ window,
 189 set your properties in the `Properties`_ window and click on
 190 `Execute` back in the `Commands`_ window.
 191
 192 The :doc:`autopeak` tutorial is also applicable.  You need to setup the
 193 type of fit you want to use: in the Properties of the autopeak command
 194 (autopeak plugin) select `WLC`, `FJC` or `FJC_PEG` from the dropdown
 195 list for the `polymer model` argument of `polymer fit`.
 196
 197 Fast curve reviewing and saving
 198 ===============================
 199 .. todo:: Update curve review tutorial section.
 200
 201 When automatic routines are not good enough to filter your data, use
 202 ``review`` command to cycle through your playlist presenting ten
 203 curves in the same graph.  You can then enter the numbers of the
 204 interesting curves and automatically save a copy of them into another
 205 directory.