doc/analysis.txt

   1 ******************
   2 Analysis templates
   3 ******************
   4
   5 .. toctree::
   6    :maxdepth: 2
   7
   8 Overview
   9 ========
  10
  11 Hooke is a large, flexible beast, and the number of available commands
  12 can be intimidating.  In this section, we'll lay out the procedure for
  13 analyzing a number of common experiment types.  The experiment types
  14 are arranged in the order that they were developed, citing the first
  15 known paper in each class.  If we've got a citation wrong, please
  16 submit a bug report (:doc:`bugs`).
  17
  18 Velocity clamp force spectroscopy
  19 =================================
  20
  21 Developed by Rief et al. [#rief1997]_, velocity clamp spectroscopy
  22 measures domain unfolding forces as the tip is moved away from the
  23 surface at a constant velocity.
  24
  25 .. todo:: Velocity clamp example plot.
  26
  27 Basic analysis is something like::
  28
  29     hooke> zero_surface_contact_point --block retract
  30     hooke> flat_filter_peaks --block retract --min_points 1
  31     hooke> zero_surface_contact_point --block retract
  32     ...        --ignore_after_last_peak_info_name 'flat filter peaks'
  33     hooke> convert_distance_to_force --block retract
  34     ...        --deflection_column 'surface deflection (m)'
  35     hooke> remove_cantilever_from_extension --block retract
  36     hooke> flat_peaks_to_polymer_peaks --block retract
  37     hooke> polymer_fit_peaks --block retract
  38     hooke> block_info --block retract --output data.yaml name 'polymer peak [0-9]*'
  39
  40 The unfolding forces should be grouped by pull velocity, and the resulting
  41 distributions can be fit to specific unfolding models by comparison with
  42 monte-carlo simulations (see, for example, sawsim_).
  43
  44 .. [#rief1997] M. Rief, M. Gautel, F. Oesterhelt, J.M. Fernandez,
  45   H.E. Gaub.
  46   "Reversible Unfolding of Individual Titin Immunoglobulin Domains by AFM."
  47   Science, 1997.
  48   doi: `10.1126/science.276.5315.1109 <http://dx.doi.org/10.1126/science.276.5315.1109>`_
  49
  50 .. _sawsim: http://www.physics.drexel.edu/~wking/sawsim/
  51
  52 Force clamp spectroscopy
  53 ========================
  54
  55 Developed by Fernandez and Li [#fernandez2004]_, force clamp spectroscopy
  56 measures the lifetime of a domain's folded state while subject to a constant
  57 tension.
  58
  59 .. todo:: Force clamp example plot.
  60
  61 .. todo:: Force clamp example analysis.
  62
  63 .. [#fernandez2004] J.M. Fernandez, H. Li.
  64   "Force-Clamp Spectroscopy Monitors the Folding Trajectory of a
  65   Single Protein."
  66   Science, 2004.
  67   doi: `10.1126/science.1092497 <http://dx.doi.org/10.1126/science.1092497>`_
  68
  69 Two-color fluorescence coincidence spectroscopy
  70 ===============================================
  71
  72 Developed by Clarke et al. [#clarke2007]_,...
  73
  74 .. todo:: TCCS explanation.
  75
  76 .. todo:: TCCS example plot.
  77
  78 .. todo:: TCCS example analysis.
  79
  80 .. [#clarke2007] R.W. Clarke, A. Orte, D. Klenerman.
  81   "Optimized Threshold Selection for Single-Molecule Two-Color
  82   Fluorescence Coincidence Spectroscopy."
  83   Anal. Chem., 2007.
  84   doi: `10.1021/ac062188w <http://dx.doi.org/10.1021/ac062188w>`_