doc/analysis.txt

   1 ******************
   2 Analysis templates
   3 ******************
   4
   5 .. toctree::
   6    :maxdepth: 2
   7
   8 Overview
   9 ========
  10
  11 Hooke is a large, flexible beast, and the number of available commands
  12 can be intimidating.  In this section, we'll lay out the procedure for
  13 analyzing a number of common experiment types.  The experiment types
  14 are arranged in the order that they were developed, citating the first
  15 known paper in each class.  If we've got a citation wrong, please
  16 submit a bug report (:doc:`bugs`).
  17
  18
  19 Velocity clamp force spectroscopy
  20 =================================
  21
  22 Developed by Rief et al. [#rief1997]_, velocity clamp spectroscopy
  23 measures domain unfolding forces as the tip is moved away from the
  24 surface at a constant velocity.
  25
  26 .. todo:: Velocity clamp example plot.
  27
  28 Basic analysis is something like::
  29
  30     hooke> zero_surface_contact_point --block retract
  31     hooke> flat_filter_peaks --block retract --min_points 1
  32     hooke> zero_surface_contact_point --block retract
  33     ...        --ignore_after_last_peak_info_name 'flat filter peaks'
  34     hooke> convert_distance_to_force --block retract
  35     ...        --deflection_column 'surface deflection (m)'
  36     hooke> remove_cantilever_from_extension --block retract
  37     hooke> flat_peaks_to_polymer_peaks --block retract
  38     hooke> polymer_fit_peaks --block retract
  39     hooke> block_info --block retract --output data.yaml name 'polymer peak [0-9]*'
  40
  41 The unfolding forces should be grouped by pull velocity, and the resulting
  42 distributions can be fit to specific unfolding models by comparison with
  43 monte-carlo simulations (see, for example, sawsim_).
  44
  45 .. [#rief1997] M. Rief, M. Gautel, F. Oesterhelt, J.M. Fernandez,
  46   H.E. Gaub.
  47   "Reversible Unfolding of Individual Titin Immunoglobulin Domains by AFM."
  48   Science, 1997.
  49   doi: `10.1126/science.276.5315.1109 <http://dx.doi.org/10.1126/science.276.5315.1109>`_
  50
  51 .. _sawsim: http://www.physics.drexel.edu/~wking/sawsim/
  52
  53 Force clamp spectroscopy
  54 ========================
  55
  56 Developed by Fernandez and Li [#fernandez2004]_, force clamp spectroscopy
  57 measures the lifetime of a domain's folded state while subject to a constant
  58 tension.
  59
  60 .. todo:: Force clamp example plot.
  61
  62 .. todo:: Force clamp example analysis.
  63
  64 .. [#fernandez2004] J.M. Fernandez, H. Li.
  65   "Force-Clamp Spectroscopy Monitors the Folding Trajectory of a
  66   Single Protein."
  67   Science, 2004.
  68   doi: `10.1126/science.1092497 <http://dx.doi.org/10.1126/science.1092497>`_
  69
  70 Two-color fluorescence coincidence spectroscopy
  71 ===============================================
  72
  73 Developed by Clarke et al. [#clarke2007]_,...
  74
  75 .. todo:: TCCS explanation.
  76
  77 .. todo:: TCCS example plot.
  78
  79 .. todo:: TCCS example analysis.
  80
  81 .. [#clarke2007] R.W. Clarke, A. Orte, D. Klenerman.
  82   "Optimized Threshold Selection for Single-Molecule Two-Color
  83   Fluorescence Coincidence Spectroscopy."
  84   Anal. Chem., 2007.
  85   doi: `10.1021/ac062188w <http://dx.doi.org/10.1021/ac062188w>`_