README

   1 What is it?
   2 ===========
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   4 It is a software for the (semiautomatic) analysis and filtering of
   5 force curves. Force curves are the output of an analytical technique
   6 called force spectroscopy. A force spectroscopy experiment usually
   7 requires the analysis of thousands of force curves at a time. As of
   8 today, there is no standard, free software for the analysis of force
   9 curves. Hooke aims to solve that.
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  12 What it does?
  13 =============
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  15   * View, annotate, measure force curves
  16   * Worm-like chain and freely-jointed chain fit of force peaks
  17   * Automatic convolution-based filtering of empty curves
  18   * Automatic fit and measurement of multiple force peaks
  19   * Handles force-clamp force experiments (experimental)
  20   * It is extensible by users by mean of plugins and drivers
  21
  22 See the Google Code website for more details
  23   http://code.google.com/p/hooke/
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  26 How do you make it work?
  27 ========================
  28
  29 See the doc/tutorial.txt file distributed with hooke, or the online
  30 docs:
  31   http://www.physics.drexel.edu/~wking/rsrch/hooke/
  32
  33
  34 Is this published in some peer-reviewed journal?
  35 ================================================
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  37 Sandal M, Benedetti F, Brucale M, Gomez-Casado A, Samorì B.
  38 "Hooke: an open software platform for force spectroscopy."
  39 Bioinformatics, 2009 25(11):1428-1430.
  40 doi:10.1093/bioinformatics/btp180
  41
  42 Please cite Hooke if you use it.
  43
  44
  45 Troubleshooting
  46 ===============
  47
  48 If you have troubles in using it, before throwing it in the trash:
  49
  50 1. Search the issue tracker.
  51      http://code.google.com/p/hooke/issues/list
  52 2. Look at the trouble shooting wiki page.
  53      http://code.google.com/p/hooke/wiki/TroubleShooting
  54 3. Search the discussion group.
  55      http://groups.google.com/group/hookesoftware
  56 4. Ask a question in the discussion group.
  57 5. File a bug on the issue tracker.
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  60 Disclaimer
  61 ==========
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  63 Remember that Hooke is still experimental software! It has been mostly
  64 done to fit the needs of its authors, and there is no guarantee it
  65 will do what you need. However, you can write us/help us improve it so
  66 that it does. We aim to make of Hooke a robust tool that can help your
  67 research.
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  70 Licensing
  71 =========
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  73 Hooke is released under the GNU Lesser General Public License, either
  74 version 3 of the License (OBCOPYING and COPYING.LESSER), or (at your
  75 option) any later version.