Updated vclamp to use new ColumnAddingCommand.
[hooke.git] / CHANGELOG
1 THIS CHANGELOG FILE CONTANS PRE-SVN CHANGELOGS AND SUMMARIES OF POST-SVN CHANGELOGS.
2 FROM 0.8.4 ONWARD, DETAILED CHANGELOGS ARE AVAILABLE ON THE HOOKE SUBVERSION REPOSITORY.
3
4 0.8.4
5 (2008-x-x)
6     PLUGINS:
7     macro.py:
8         hooke does not crash if it doesn't have permissions to create the folder
9         fixed overwriting of export for curves with the same name and different numerical extension
10         fixed macrodir (out of try-catch)
11         cleaned debug output in execmacro
12     DRIVERS:
13         alternative version of picoforce driver
14     INPUT
15         merged (partially) libinput (so far in hooke_cli)
16     OUTLET      
17         merged liboutlet
18
19
20 0.8.3
21 (2008-04-16)
22     PLUGINS:
23     generalvclamp.py:
24         fixed autopeak header
25         fixed autopeak slope (now unwanted slope values are discarded)
26
27 0.8.2
28 (2008-04-10)
29     PLUGINS:
30     flatfilts.py:
31         convfilt does not crash if a file is not a curve
32     generalvclamp.py:
33         autopeak now saves curve data correctly
34         autopeak now generates a dummy note (so that copylog/notelog is aware you measured the curve)
35
36 0.8.1
37 (2008-04-07)
38     PLUGINS:
39     generalvclamp.py:
40         fixed DeprecationWarning in flatten
41     flatfilts.py
42         convfilt now working
43
44
45 0.8.0:
46 (2008-04-04)
47     hooke.py:
48         sanity check of CLI plugins to avoid function overloading at startup
49     hooke_cli.py ; libhooke.py:
50         now playlists keep the index (when you reload the playlist, it starts from the
51             last observed curve)
52         updated plot to use _send_plot()
53         hooke.conf accepts lists as arguments for variables in <display>
54         txt, export now have consistent argument order (thanks to A.G.Casado for pointing me that)
55         txt crashes no more if no filename is given (thanks to A.G.Casado for pointing me that)
56     libhookecurve.py:
57         added add_set() , remove_set() methods to make life easier for plugin writers
58     procplots.py:
59         plotmanip_correct() works with new picoforce.py deflection output (see)
60     PLUGINS:
61     fit.py:
62         updated wlc to use _send_plot()
63         wlc noauto now keeps the contact point
64         wlc reclick to click again the contact point
65         temperature now set in hooke.conf
66     generalvclamp.py:
67         implemented slope (thanks to Marco Brucale)
68         implemented autopeak
69     flatfilts.py:
70         convfilt,peaks use flattened curve
71     macro.py:
72         (new) added macro plugin (thanks to Alberto Gomez Casado)
73     DRIVERS:
74     picoforce.py:
75         fixed trigger bug! (thanks to Alberto Gomez Casado)
76         better deflection output (separated extension,retraction)
77
78 0.7.5:
79 (2008-03-27)
80     hooke_cli.py:
81         removed outdated size command
82     PLUGINS:
83     generalvclamp.py:
84         implemented flatten
85     DRIVERS:
86     added tutorialdriver.py driver
87     csvdriver.py:
88         fixed (forgot close_all() method)
89
90 0.7.4:
91 (2008-03-19)
92     added csvdriver driver
93     hooke_cli.py:
94         fixed plot manipulators handling (now it's safe to comment a
95               plot manipulator on hooke.conf)
96     PLUGINS:
97     fit.py:
98         fixed possible crash when clicking two times the same point on wlc
99
100 0.7.3:
101 (2008-01-10)
102     hooke_cli.py:
103         fixed crash on copylog
104     PLUGINS:
105         massanalysis.py:
106             Initial release
107         tutorial.py:
108             Tutorial plugin, initial release
109
110 0.7.2.1:
111 (2007-11-30)
112     PLUGINS:
113         flatfilt.py:
114             fixed crash on Windows
115
116 0.7.2:
117 (2007-11-29)
118     hooke.py:
119         new configuration variable hookedir
120     hooke_cli.py:
121         copylog now checks if the destination is a real directory
122         fixed crashes in set
123     PLUGINS:
124         generalvclamp.py:
125             fixed a crash in forcebase when picking two times the same point
126         flatfilt.py:
127             fixed crash due to convfilt.conf impossible to load
128             initial implementation of the blind window for convfilt
129             initial data set maps (NOT FINISHED)
130
131 0.7.1:
132 (2007-11-26)
133     PLUGINS:
134         flatfilts.py:
135             fixed possible crash in convfilt
136             implemented configuration file convfilt.conf
137             convfilt defaults are now 5 peaks 5 times more the noise absdev
138             implemented convconf
139             implemented setconf
140         libpeakspot.py:
141             fixed:now it really uses noise_absdev
142
143 0.7.0:
144 (2007-11-15)
145     hooke_cli.py:
146         implemented _send_plot() helper API function
147     PLUGINS:
148         generalvclamp.py:
149             fixed forcebase to work with subtplot
150         flatfilts.py:
151             implemented convfilt!
152             added libpeakspot.py (helping library for convolution filter)
153
154 0.6.5:
155 (2007-11-06)
156     hooke_cli.py, hooke.py:
157         plateau and contact (unmaintained) deleted and scheduled for re-release in generalvramp
158         implemented _measure_N_points()
159     PLUGINS:
160     generalvclamp.py:
161         implemented forcebase
162     fit.py:
163         wlc now accepts and uses temperature as an argument
164         wlc has been cleaned and uses new APIs
165
166 0.6.4:
167 (2007-10-23)
168     hooke_cli.py, libhooke.py:
169         implemented support for defining order of plotmanip methods in hooke.conf
170     hooke_cli.py:
171         implemented delta
172         implemented point
173         attempted fix to bug 0033 (notelog crashing Hooke when using Unicode characters)
174     PLUGINS:
175     generalvramp.py:
176         began to move velocity ramp force spectroscopy-specific things in separate plugin
177     procplots.py:
178         added detriggerize; "set detrigger" 0/1 disables/enables it.
179     DRIVERS:
180     picoforce.py:
181         removed detriggerize() from driver
182
183 0.6.3:
184 (2007-10-02)
185     hooke_cli.py:
186         rewritten txt command, now working
187     DRIVERS:
188     picoforce.py:
189         implemented detriggerize() to bypass the Picoforce trigger bug
190     PLUGINS:
191     superimpose.py:
192         implemented plotavgimpose
193
194 0.6.2:
195 (2007-09-27)
196     hooke_cli.py:
197         fixed error handling in notelog
198         smarter handling of directory names in genlist
199         unexpected error handling in do_plot()
200     hooke.py:
201         implemented GetDisplayedPlot event and handlers
202     PLUGINS:
203     fit.py:
204         fixed (bug 0029) about replotting of wlc on a subtplot curve
205         multiple fitting displayed (to refine...)
206
207 0.6.1:
208 (2007-08-06)
209     libhooke.py , hooke.py:
210         initial support for workdir configuration variable
211     libhooke.py:
212         fixed Driver() etc. semantics for gracefully handling unrecognized plots
213     hooke_cli.py:
214         fixed export namehandling
215         fixed plot error handling
216     PLUGINS:
217     flatfilts.py:
218         fixed memory leak
219     generalclamp.py:
220         fixed step command
221
222 0.6.0 "Anko":
223 (2007-07-25)
224     hooke.py:
225         initial plugin support for the gui
226         wlc fitting now 100% plugin
227         measure_points replaces measure_couple etc. and provides much better extensibility
228     hooke_cli.py:
229         curves are sorted at beginning
230     PLUGINS:
231     procplots.py:
232         fft now allows for user selection of curve segment; select the plot; etc.
233     fit.py:
234         added gui section of plugin, now completely independent
235         fixed bug of wlc output
236     superimpose.py:
237         new plugin for superimposition of curve segments (still in development)
238     generalclamp.py:
239         all clamp commands now in a single plugin
240         implemented step
241
242 0.5.4:
243 (2007-06-15)
244     procplots.py:
245         fixed fft crash with Numpy 1.0.1
246     hooke.py:
247         fixed crashes if plot.scatter[] was empty
248         fixed management of multiple plots (bug #0025)
249     hooke_cli.py
250         fixed zpiezo error in measurement
251     hemingclamp.py, picoforce.py:
252         implemented close_all() method in drivers to avoid too many open files error
253     flatfilts.py:
254         fixed memory leak
255 0.5.3:
256 (2007-06-06)
257     wlc.py, hooke.py:
258         fixing and cleaning fit code: now the fit is part of a PlotObject and 100% coded in wlc.py
259         plotting of the wlc.py clicked points also begin to be part of a PlotObject
260         management of 'scatter' style property of plots
261     hooke_cli.py
262         fixed measuring error in defl, zpiezo
263     flatfilts.py:
264         slightly optimized has_features() routine
265     procplots.py:
266         fixed derivplot for every number of vectors
267         fixed possible crash of subtplot if applied on a file with != 2 plots
268         added fft command
269     libhookecurve.py:
270         fixed xaxis, yaxis for non-default plots: now defined from PlotObject
271         PlotObject now defines a styles[] vector
272 0.5.2:
273 (2007-05-21)
274     versioning a bit cleaned
275     fixed bug in hemingclamp.py preventing filename to appear
276     fixed wxversion problem for 2.8
277     fixed too many open files bug (bug 0024)
278     added index command
279 0.5.1:
280 (2007-05-09)
281     using wxversion to choose from multiple wx versions
282     fixed old dependencies remaining
283 0.5.0 "Ingyo":
284 (2007-05-03)
285     general code updating and rewriting due to plugin support/better plot management
286     hooke.py:
287         initial plugin architecture for the command line.
288         initial plugin architecture for file drivers
289         initial plugin architecture for processing plots
290         export can now export both top and bottom plot (not together)
291     hooke_cli.py:
292         wlc fitting moved to fit.py plugin
293         flatfilt moved to flatfilts.py plugin
294         subtplot, derivplot moved to procplots.py plugin
295         double plot temporarily fixed for previous commands
296         export can now export both top and bottom plot (not together)
297
298 0.4.1:
299 (2007-02-13)
300     hooke_cli.py:
301         double plot now default for clamp experiments
302     libhooke.py:
303         fixed bug that prevented flatfilt to work
304         (maybe) fixed memory leak in flatfilt
305
306 0.4.0 "Hanzei":
307 (2007-02-08)
308     general code updating and rewriting due to double plot/force clamp supports
309     hooke.py:
310         initial dummy menu sketch
311     hooke.py, hooke_cli.py:
312         first general support in code for double plot:
313         - derivplot now in separate plot
314         - implemented show and close commands
315         - all functions should be double plot-aware
316         - clicking a point is double plot-aware
317     libhooke.py, hooke_cli.py:
318         general code cleanup: vectors_to_plot(), subtract_plot(), find_contact_point() and derivplot routines are now methods of class HookeCurve
319     hooke_cli.py:
320         implemented quit (alias of exit)
321         implemented version
322     libhooke.py, hooke.py, hooke_cli.py:
323         initial support for force clamp experiments:
324         - hemingclamp driver supported
325         - "experiment" flag describes what kind of experiment is a curve
326         - time, zpiezo, defl commands implemented
327     libhemingclamp.py:
328         inital release.
329
330 0.3.1:
331     hooke.py:
332         fixed stupid bug in plateau
333         fixed bug in derivplot and subtplot not taking into account xaxes/yaxes variables
334 0.3.0:
335     from now on, all changelog is stored in CHANGELOG
336     hooke.py, libhooke.py, hooke_cli.py:
337         fixed plot and flatfilt crash when processing corrupt files
338         flatfilt output now more verbose
339         implemented system (execute an external OS command)
340         implemented copylog (copies annotated curves to a given directory) (todo 0033)
341         initial txt implementation (exports the current curve as a text file) (todo 0023)
342         fixed exit behaviour (bug 0013)
343         xaxes and yaxes variables now control visualization of plot (todo 0018)
344         new (better) contact point algorithm + workaround for the picoforce trigger bug
345 0.2.2 :
346     hooke.py, hooke_cli.py, libhooke.py:
347         support for fixed persistent length in WLC
348 0.2.1 :
349     hooke.py , libhooke.py:
350         fixed 'wlc noauto' bug (0012) preventing correct contact point to be used
351 0.2.0 :
352     hooke_cli.py:
353         implemented getlist (alias of genlist)
354         implemented contact (to plot the contact point)
355         fixed bug 0001 (Hooke crashes when opening a non-pf file)
356         fixed bug 0008  (Hooke crashes when generating a playlist with malformed namefiles/nonexistent files)
357         now the plot is refreshed after a "set" command (todo 0014)
358         wlc fit can use the (new) automatic contact point detection (old behaviour is preserved with "noauto" option)
359     hooke.py:
360         fixed versioning printing
361         complete refactoring of contact point routines
362         wlc fit adapted to use the (new) automatic contact point detection
363         wlc fit code a bit cleaned; parts moved to libhooke.py
364     libhooke.py:
365         new contact point algorithm (new algorithm)
366         wlc fit now uses a fancier domain (from contact point to a bit more than last point); initial chunk preparation section moved from hooke.py
367
368
369 OLDER CHANGELOGS:
370
371 hooke.py:
372 0.1.1   :
373     From now on, all changelog is stored in hooke.py
374     hooke_cli.py:
375         corrected bug 0010 (addtolist bug), alerts when hitting start/end of playlist
376 2006_09_15_devel=0.1.0: initial WLC fit support. We hit 0.1 milestone :D
377 2006_08_28_devel: refactoring of plot interaction
378 2006_06_14_devel: fixed libhooke calls
379 2006_06_08_devel: initial automatic contact point finding
380 2006_05_30_devel: configuration file support
381
382 hooke_cli.py:
383 0.1.1 : from now on, all changelog is in hooke.py
384 2006_09_15_devel: implemented wlc; 0.1.0 milestone.
385 2006_08_28_devel: refactoring of plot interaction
386 2006_07_23_devel: implemented note; implemented flatfilt; implemented notelog; exit now warns if playlist/notes
387                   have not been saved.
388 2006_07_18_devel: implemented subtplot; bug 0007 ("cd" crashing) fixed
389 2006_06_16_devel: moved math helper functions in libhooke.py
390 2006_06_14_devel: fixed "jump" output; fixed "exit" (now it works!); fixed off-by-one bug in deflection-correction
391 2006_06_08_devel: fixed "loadlist" output;
392 2006_05_30_devel: initial configuration file support; added "set" command; initial deflection-correction support; added "ls" command as an alias of "dir"
393 2006_05_23_devel: rewriting of playlist-handling code due to major rewrite of hooke_playlist.py
394
395 libhooke.py
396 0.1.1   : from now on, all changelog is in hooke.py
397 2006_09_15_devel : initial WLC support
398 2006_09_14_devel : initial support for Hemingway velocity clamp files, minor refactorings
399 2006_07_22_devel : implemented math function has_features
400 2006_06_16_devel : math functions moved here
401 2006_06_08_devel : hooke_playlist.py becomes libhooke.py
402 2006_05_30_devel : support for deflection in HookeCurve
403 2006_05_29_devel : Initial configuration file support
404 2006_05_23_devel : Major rewrite. Fixed bug 0002