CHANGELOG

   1 THIS CHANGELOG FILE CONTANS PRE-SVN CHANGELOGS AND SUMMARIES OF POST-SVN CHANGELOGS.
   2 FROM 0.8.4 ONWARD, DETAILED CHANGELOGS ARE AVAILABLE ON THE HOOKE SUBVERSION REPOSITORY.
   3
   4 0.8.4
   5 (2008-x-x)
   6     PLUGINS:
   7     macro.py:
   8         hooke does not crash if it doesn't have permissions to create the folder
   9         fixed overwriting of export for curves with the same name and different numerical extension
  10         fixed macrodir (out of try-catch)
  11         cleaned debug output in execmacro
  12     DRIVERS:
  13         alternative version of picoforce driver
  14     INPUT
  15         merged (partially) libinput (so far in hooke_cli)
  16     OUTLET
  17         merged liboutlet
  18
  19
  20 0.8.3
  21 (2008-04-16)
  22     PLUGINS:
  23     generalvclamp.py:
  24         fixed autopeak header
  25         fixed autopeak slope (now unwanted slope values are discarded)
  26
  27 0.8.2
  28 (2008-04-10)
  29     PLUGINS:
  30     flatfilts.py:
  31         convfilt does not crash if a file is not a curve
  32     generalvclamp.py:
  33         autopeak now saves curve data correctly
  34         autopeak now generates a dummy note (so that copylog/notelog is aware you measured the curve)
  35
  36 0.8.1
  37 (2008-04-07)
  38     PLUGINS:
  39     generalvclamp.py:
  40         fixed DeprecationWarning in flatten
  41     flatfilts.py
  42         convfilt now working
  43
  44
  45 0.8.0:
  46 (2008-04-04)
  47     hooke.py:
  48         sanity check of CLI plugins to avoid function overloading at startup
  49     hooke_cli.py ; libhooke.py:
  50         now playlists keep the index (when you reload the playlist, it starts from the
  51             last observed curve)
  52         updated plot to use _send_plot()
  53         hooke.conf accepts lists as arguments for variables in <display>
  54         txt, export now have consistent argument order (thanks to A.G.Casado for pointing me that)
  55         txt crashes no more if no filename is given (thanks to A.G.Casado for pointing me that)
  56     libhookecurve.py:
  57         added add_set() , remove_set() methods to make life easier for plugin writers
  58     procplots.py:
  59         plotmanip_correct() works with new picoforce.py deflection output (see)
  60     PLUGINS:
  61     fit.py:
  62         updated wlc to use _send_plot()
  63         wlc noauto now keeps the contact point
  64         wlc reclick to click again the contact point
  65         temperature now set in hooke.conf
  66     generalvclamp.py:
  67         implemented slope (thanks to Marco Brucale)
  68         implemented autopeak
  69     flatfilts.py:
  70         convfilt,peaks use flattened curve
  71     macro.py:
  72         (new) added macro plugin (thanks to Alberto Gomez Casado)
  73     DRIVERS:
  74     picoforce.py:
  75         fixed trigger bug! (thanks to Alberto Gomez Casado)
  76         better deflection output (separated extension,retraction)
  77
  78 0.7.5:
  79 (2008-03-27)
  80     hooke_cli.py:
  81         removed outdated size command
  82     PLUGINS:
  83     generalvclamp.py:
  84         implemented flatten
  85     DRIVERS:
  86     added tutorialdriver.py driver
  87     csvdriver.py:
  88         fixed (forgot close_all() method)
  89
  90 0.7.4:
  91 (2008-03-19)
  92     added csvdriver driver
  93     hooke_cli.py:
  94         fixed plot manipulators handling (now it's safe to comment a
  95               plot manipulator on hooke.conf)
  96     PLUGINS:
  97     fit.py:
  98         fixed possible crash when clicking two times the same point on wlc
  99
 100 0.7.3:
 101 (2008-01-10)
 102     hooke_cli.py:
 103         fixed crash on copylog
 104     PLUGINS:
 105         massanalysis.py:
 106             Initial release
 107         tutorial.py:
 108             Tutorial plugin, initial release
 109
 110 0.7.2.1:
 111 (2007-11-30)
 112     PLUGINS:
 113         flatfilt.py:
 114             fixed crash on Windows
 115
 116 0.7.2:
 117 (2007-11-29)
 118     hooke.py:
 119         new configuration variable hookedir
 120     hooke_cli.py:
 121         copylog now checks if the destination is a real directory
 122         fixed crashes in set
 123     PLUGINS:
 124         generalvclamp.py:
 125             fixed a crash in forcebase when picking two times the same point
 126         flatfilt.py:
 127             fixed crash due to convfilt.conf impossible to load
 128             initial implementation of the blind window for convfilt
 129             initial data set maps (NOT FINISHED)
 130
 131 0.7.1:
 132 (2007-11-26)
 133     PLUGINS:
 134         flatfilts.py:
 135             fixed possible crash in convfilt
 136             implemented configuration file convfilt.conf
 137             convfilt defaults are now 5 peaks 5 times more the noise absdev
 138             implemented convconf
 139             implemented setconf
 140         libpeakspot.py:
 141             fixed:now it really uses noise_absdev
 142
 143 0.7.0:
 144 (2007-11-15)
 145     hooke_cli.py:
 146         implemented _send_plot() helper API function
 147     PLUGINS:
 148         generalvclamp.py:
 149             fixed forcebase to work with subtplot
 150         flatfilts.py:
 151             implemented convfilt!
 152             added libpeakspot.py (helping library for convolution filter)
 153
 154 0.6.5:
 155 (2007-11-06)
 156     hooke_cli.py, hooke.py:
 157         plateau and contact (unmaintained) deleted and scheduled for re-release in generalvramp
 158         implemented _measure_N_points()
 159     PLUGINS:
 160     generalvclamp.py:
 161         implemented forcebase
 162     fit.py:
 163         wlc now accepts and uses temperature as an argument
 164         wlc has been cleaned and uses new APIs
 165
 166 0.6.4:
 167 (2007-10-23)
 168     hooke_cli.py, libhooke.py:
 169         implemented support for defining order of plotmanip methods in hooke.conf
 170     hooke_cli.py:
 171         implemented delta
 172         implemented point
 173         attempted fix to bug 0033 (notelog crashing Hooke when using Unicode characters)
 174     PLUGINS:
 175     generalvramp.py:
 176         began to move velocity ramp force spectroscopy-specific things in separate plugin
 177     procplots.py:
 178         added detriggerize; "set detrigger" 0/1 disables/enables it.
 179     DRIVERS:
 180     picoforce.py:
 181         removed detriggerize() from driver
 182
 183 0.6.3:
 184 (2007-10-02)
 185     hooke_cli.py:
 186         rewritten txt command, now working
 187     DRIVERS:
 188     picoforce.py:
 189         implemented detriggerize() to bypass the Picoforce trigger bug
 190     PLUGINS:
 191     superimpose.py:
 192         implemented plotavgimpose
 193
 194 0.6.2:
 195 (2007-09-27)
 196     hooke_cli.py:
 197         fixed error handling in notelog
 198         smarter handling of directory names in genlist
 199         unexpected error handling in do_plot()
 200     hooke.py:
 201         implemented GetDisplayedPlot event and handlers
 202     PLUGINS:
 203     fit.py:
 204         fixed (bug 0029) about replotting of wlc on a subtplot curve
 205         multiple fitting displayed (to refine...)
 206
 207 0.6.1:
 208 (2007-08-06)
 209     libhooke.py , hooke.py:
 210         initial support for workdir configuration variable
 211     libhooke.py:
 212         fixed Driver() etc. semantics for gracefully handling unrecognized plots
 213     hooke_cli.py:
 214         fixed export namehandling
 215         fixed plot error handling
 216     PLUGINS:
 217     flatfilts.py:
 218         fixed memory leak
 219     generalclamp.py:
 220         fixed step command
 221
 222 0.6.0 "Anko":
 223 (2007-07-25)
 224     hooke.py:
 225         initial plugin support for the gui
 226         wlc fitting now 100% plugin
 227         measure_points replaces measure_couple etc. and provides much better extensibility
 228     hooke_cli.py:
 229         curves are sorted at beginning
 230     PLUGINS:
 231     procplots.py:
 232         fft now allows for user selection of curve segment; select the plot; etc.
 233     fit.py:
 234         added gui section of plugin, now completely independent
 235         fixed bug of wlc output
 236     superimpose.py:
 237         new plugin for superimposition of curve segments (still in development)
 238     generalclamp.py:
 239         all clamp commands now in a single plugin
 240         implemented step
 241
 242 0.5.4:
 243 (2007-06-15)
 244     procplots.py:
 245         fixed fft crash with Numpy 1.0.1
 246     hooke.py:
 247         fixed crashes if plot.scatter[] was empty
 248         fixed management of multiple plots (bug #0025)
 249     hooke_cli.py
 250         fixed zpiezo error in measurement
 251     hemingclamp.py, picoforce.py:
 252         implemented close_all() method in drivers to avoid too many open files error
 253     flatfilts.py:
 254         fixed memory leak
 255 0.5.3:
 256 (2007-06-06)
 257     wlc.py, hooke.py:
 258         fixing and cleaning fit code: now the fit is part of a PlotObject and 100% coded in wlc.py
 259         plotting of the wlc.py clicked points also begin to be part of a PlotObject
 260         management of 'scatter' style property of plots
 261     hooke_cli.py
 262         fixed measuring error in defl, zpiezo
 263     flatfilts.py:
 264         slightly optimized has_features() routine
 265     procplots.py:
 266         fixed derivplot for every number of vectors
 267         fixed possible crash of subtplot if applied on a file with != 2 plots
 268         added fft command
 269     libhookecurve.py:
 270         fixed xaxis, yaxis for non-default plots: now defined from PlotObject
 271         PlotObject now defines a styles[] vector
 272 0.5.2:
 273 (2007-05-21)
 274     versioning a bit cleaned
 275     fixed bug in hemingclamp.py preventing filename to appear
 276     fixed wxversion problem for 2.8
 277     fixed too many open files bug (bug 0024)
 278     added index command
 279 0.5.1:
 280 (2007-05-09)
 281     using wxversion to choose from multiple wx versions
 282     fixed old dependencies remaining
 283 0.5.0 "Ingyo":
 284 (2007-05-03)
 285     general code updating and rewriting due to plugin support/better plot management
 286     hooke.py:
 287         initial plugin architecture for the command line.
 288         initial plugin architecture for file drivers
 289         initial plugin architecture for processing plots
 290         export can now export both top and bottom plot (not together)
 291     hooke_cli.py:
 292         wlc fitting moved to fit.py plugin
 293         flatfilt moved to flatfilts.py plugin
 294         subtplot, derivplot moved to procplots.py plugin
 295         double plot temporarily fixed for previous commands
 296         export can now export both top and bottom plot (not together)
 297
 298 0.4.1:
 299 (2007-02-13)
 300     hooke_cli.py:
 301         double plot now default for clamp experiments
 302     libhooke.py:
 303         fixed bug that prevented flatfilt to work
 304         (maybe) fixed memory leak in flatfilt
 305
 306 0.4.0 "Hanzei":
 307 (2007-02-08)
 308     general code updating and rewriting due to double plot/force clamp supports
 309     hooke.py:
 310         initial dummy menu sketch
 311     hooke.py, hooke_cli.py:
 312         first general support in code for double plot:
 313         - derivplot now in separate plot
 314         - implemented show and close commands
 315         - all functions should be double plot-aware
 316         - clicking a point is double plot-aware
 317     libhooke.py, hooke_cli.py:
 318         general code cleanup: vectors_to_plot(), subtract_plot(), find_contact_point() and derivplot routines are now methods of class HookeCurve
 319     hooke_cli.py:
 320         implemented quit (alias of exit)
 321         implemented version
 322     libhooke.py, hooke.py, hooke_cli.py:
 323         initial support for force clamp experiments:
 324         - hemingclamp driver supported
 325         - "experiment" flag describes what kind of experiment is a curve
 326         - time, zpiezo, defl commands implemented
 327     libhemingclamp.py:
 328         inital release.
 329
 330 0.3.1:
 331     hooke.py:
 332         fixed stupid bug in plateau
 333         fixed bug in derivplot and subtplot not taking into account xaxes/yaxes variables
 334 0.3.0:
 335     from now on, all changelog is stored in CHANGELOG
 336     hooke.py, libhooke.py, hooke_cli.py:
 337         fixed plot and flatfilt crash when processing corrupt files
 338         flatfilt output now more verbose
 339         implemented system (execute an external OS command)
 340         implemented copylog (copies annotated curves to a given directory) (todo 0033)
 341         initial txt implementation (exports the current curve as a text file) (todo 0023)
 342         fixed exit behaviour (bug 0013)
 343         xaxes and yaxes variables now control visualization of plot (todo 0018)
 344         new (better) contact point algorithm + workaround for the picoforce trigger bug
 345 0.2.2 :
 346     hooke.py, hooke_cli.py, libhooke.py:
 347         support for fixed persistent length in WLC
 348 0.2.1 :
 349     hooke.py , libhooke.py:
 350         fixed 'wlc noauto' bug (0012) preventing correct contact point to be used
 351 0.2.0 :
 352     hooke_cli.py:
 353         implemented getlist (alias of genlist)
 354         implemented contact (to plot the contact point)
 355         fixed bug 0001 (Hooke crashes when opening a non-pf file)
 356         fixed bug 0008  (Hooke crashes when generating a playlist with malformed namefiles/nonexistent files)
 357         now the plot is refreshed after a "set" command (todo 0014)
 358         wlc fit can use the (new) automatic contact point detection (old behaviour is preserved with "noauto" option)
 359     hooke.py:
 360         fixed versioning printing
 361         complete refactoring of contact point routines
 362         wlc fit adapted to use the (new) automatic contact point detection
 363         wlc fit code a bit cleaned; parts moved to libhooke.py
 364     libhooke.py:
 365         new contact point algorithm (new algorithm)
 366         wlc fit now uses a fancier domain (from contact point to a bit more than last point); initial chunk preparation section moved from hooke.py
 367
 368
 369 OLDER CHANGELOGS:
 370
 371 hooke.py:
 372 0.1.1   :
 373     From now on, all changelog is stored in hooke.py
 374     hooke_cli.py:
 375         corrected bug 0010 (addtolist bug), alerts when hitting start/end of playlist
 376 2006_09_15_devel=0.1.0: initial WLC fit support. We hit 0.1 milestone :D
 377 2006_08_28_devel: refactoring of plot interaction
 378 2006_06_14_devel: fixed libhooke calls
 379 2006_06_08_devel: initial automatic contact point finding
 380 2006_05_30_devel: configuration file support
 381
 382 hooke_cli.py:
 383 0.1.1 : from now on, all changelog is in hooke.py
 384 2006_09_15_devel: implemented wlc; 0.1.0 milestone.
 385 2006_08_28_devel: refactoring of plot interaction
 386 2006_07_23_devel: implemented note; implemented flatfilt; implemented notelog; exit now warns if playlist/notes
 387                   have not been saved.
 388 2006_07_18_devel: implemented subtplot; bug 0007 ("cd" crashing) fixed
 389 2006_06_16_devel: moved math helper functions in libhooke.py
 390 2006_06_14_devel: fixed "jump" output; fixed "exit" (now it works!); fixed off-by-one bug in deflection-correction
 391 2006_06_08_devel: fixed "loadlist" output;
 392 2006_05_30_devel: initial configuration file support; added "set" command; initial deflection-correction support; added "ls" command as an alias of "dir"
 393 2006_05_23_devel: rewriting of playlist-handling code due to major rewrite of hooke_playlist.py
 394
 395 libhooke.py
 396 0.1.1   : from now on, all changelog is in hooke.py
 397 2006_09_15_devel : initial WLC support
 398 2006_09_14_devel : initial support for Hemingway velocity clamp files, minor refactorings
 399 2006_07_22_devel : implemented math function has_features
 400 2006_06_16_devel : math functions moved here
 401 2006_06_08_devel : hooke_playlist.py becomes libhooke.py
 402 2006_05_30_devel : support for deflection in HookeCurve
 403 2006_05_29_devel : Initial configuration file support
 404 2006_05_23_devel : Major rewrite. Fixed bug 0002