src/nom/tam/fits/test/PaddingTest.java

   1 package nom.tam.fits.test;
   2
   3 import org.junit.Test;
   4 import static org.junit.Assert.assertEquals;
   5 import junit.framework.JUnit4TestAdapter;
   6
   7 import nom.tam.image.*;
   8 import nom.tam.util.*;
   9 import nom.tam.fits.*;
  10
  11 import java.io.File;
  12
  13 /** Test that we can read files that fail due to lack of padding in the final HDU.
  14  */
  15 public class PaddingTest {
  16
  17     @Test
  18     public void test1() throws Exception {
  19
  20         Fits f = new Fits();
  21
  22         byte[][] bimg = new byte[20][20];
  23         for (int i = 0; i < 20; i += 1) {
  24             for (int j = 0; j < 20; j += 1) {
  25                 bimg[i][j] = (byte) (i + j);
  26             }
  27         }
  28
  29         BasicHDU hdu = Fits.makeHDU(bimg);
  30         Header hdr = hdu.getHeader();
  31         hdr.addValue("NEWKEY", "TESTVALUE", "Test keyword");
  32         BufferedFile bf = new BufferedFile("padding1.fits", "rw");
  33         hdr.write(bf);
  34         bf.writeArray(bimg);  // The data but no following padding.
  35         bf.flush();
  36         bf.close();
  37
  38         // Now try reading this back.
  39         f = new Fits("padding1.fits");
  40
  41         try {
  42             f.read();
  43         } catch (PaddingException e) {
  44             assertEquals("HDUCount", 0, f.getNumberOfHDUs());
  45             f.addHDU(e.getTruncatedHDU());
  46             assertEquals("HDUCount2", 1, f.getNumberOfHDUs());
  47         }
  48
  49
  50         ImageHDU hdu0 = (ImageHDU) (f.getHDU(0));
  51         byte[][] aa = (byte[][]) hdu0.getKernel();
  52         int miss = 0;
  53         int match = 0;
  54         for (int i = 0; i < 20; i += 1) {
  55             for (int j = 0; j < 20; j += 1) {
  56                 if (aa[i][j] != (byte) (i + j)) {
  57                     miss += 1;
  58                 } else {
  59                     match += 1;
  60                 }
  61             }
  62         }
  63         assertEquals("PadMiss1:", miss, 0);
  64         assertEquals("PadMatch1:", match, 400);
  65         // Make sure we got the real header and not the one generated strictly from the data.
  66         assertEquals("Update header:", hdu0.getHeader().getStringValue("NEWKEY"), "TESTVALUE");
  67
  68
  69         nom.tam.image.ImageTiler it = hdu0.getTiler();
  70
  71         // Remember that the tile is always a flattened
  72         // 1-D representation of the data.
  73         byte[] data = (byte[]) it.getTile(new int[]{2, 2}, new int[]{2, 2});
  74
  75         assertEquals("tilet1:", data.length, 4);
  76         assertEquals("tilet2:", data[0] + 0, 4);
  77         assertEquals("tilet3:", data[1] + 0, 5);
  78         assertEquals("tilet4:", data[2] + 0, 5);
  79         assertEquals("tilet5:", data[3] + 0, 6);
  80
  81     }
  82
  83     @Test
  84     public void test2() throws Exception {
  85
  86         Fits f = new Fits();
  87
  88         byte[][] bimg = new byte[20][20];
  89         for (int i = 0; i < 20; i += 1) {
  90             for (int j = 0; j < 20; j += 1) {
  91                 bimg[i][j] = (byte) (i + j);
  92             }
  93         }
  94
  95         BasicHDU hdu = Fits.makeHDU(bimg);
  96         f.addHDU(hdu);
  97
  98         // First create a FITS file with a truncated second HDU.
  99         BufferedFile bf = new BufferedFile("padding2.fits", "rw");
 100         f.write(bf);
 101
 102         hdu.getHeader().setXtension("IMAGE");
 103         Cursor curs = hdu.getHeader().iterator();
 104         int cnt = 0;
 105         // Write the header
 106         while (curs.hasNext()) {
 107             bf.write(((HeaderCard) curs.next()).toString().getBytes());
 108             cnt += 1;
 109         }
 110
 111         // The padding between header and data
 112         byte[] b = new byte[(36 - cnt) * 80];  // Assuming fewer than 36 cards.
 113         for (int i = 0; i < b.length; i += 1) {
 114             b[i] = 32; // i.e., a blank
 115         }
 116         bf.write(b);
 117         for (int i = 0; i < 20; i += 1) {
 118             for (int j = 0; j < 20; j += 1) {
 119                 bimg[i][j] = (byte) (2 * (i + j));
 120             }
 121         }
 122         bf.writeArray(bimg);  // The data but no following padding.
 123         bf.flush();
 124         bf.close();
 125
 126         // Now try reading this back.
 127         f = new Fits("padding2.fits");
 128
 129         try {
 130             f.read();
 131         } catch (PaddingException e) {
 132             assertEquals("HDUCount", 1, f.getNumberOfHDUs());
 133             f.addHDU(e.getTruncatedHDU());
 134             assertEquals("HDUCount2", 2, f.getNumberOfHDUs());
 135         }
 136
 137         ImageHDU hdu0 = (ImageHDU) (f.getHDU(0));
 138         ImageHDU hdu1 = (ImageHDU) (f.getHDU(1));
 139         byte[][] aa = (byte[][]) hdu0.getKernel();
 140         byte[][] bb = (byte[][]) hdu1.getKernel();
 141         int miss = 0;
 142         int match = 0;
 143         for (int i = 0; i < 20; i += 1) {
 144             for (int j = 0; j < 20; j += 1) {
 145                 if (bb[i][j] != (byte) (2 * aa[i][j])) {
 146                     miss += 1;
 147                 } else {
 148                     match += 1;
 149                 }
 150             }
 151         }
 152         assertEquals("PadMiss2:", miss, 0);
 153         assertEquals("PadMatch2:", match, 400);
 154     }
 155 }