cv.bib

   1 % Journals
   2
   3 @string{IJBMM = "International Journal of Biological Macromolecules"}
   4 @string{SCI = "Science"}
   5
   6 % Institutions
   7
   8 @string{Drexel = "Drexel University"}
   9
  10 % Addresses
  11
  12 @string{DrexelPhysics = "Department of Physics, Drexel University, 3141
  13                          Chestnut Street, Philadelphia, PA 19104, USA."}
  14
  15 % People
  16
  17 @string{WKing = "King, W.~Trevor"}
  18
  19 @string{JFernandez = "Fernandez, Julio M."}
  20 @string{HEGaub = "Gaub, Hermann E."}
  21 @string{MGautel = "Gautel, Mathias"}
  22 @string{TGuy = "Guy, Tommy"}
  23 @string{CKoch = "Koch, Christina"}
  24 @string{FOesterhelt = "Oesterhelt, Filipp"}
  25 @string{MRief = "Rief, Matthias"}
  26 @string{TSibley = "Sibley, Thomas"}
  27 @string{MSu = "Su, Meihong"}
  28 @string{GYang = "Yang, Guoliang"}
  29
  30 % Papers
  31
  32 @phdthesis { king13,
  33     author = WKing,
  34     title = "Open source single molecule force spectroscopy",
  35     school = Drexel,
  36     year = 2013,
  37     month = jun,
  38     address = DrexelPhysics,
  39     url = "http://hdl.handle.net/1860/4188",
  40     eprint = "https://idea.library.drexel.edu/islandora/object/idea%3A4188/datastream/OBJ/download/Open_source_single_molecule_force_spectroscopy.pdf",
  41     keywords = "Physics; Molecular spectroscopy; Biophysics",
  42     abstract = "Single molecule force spectroscopy (SMFS) experiments
  43         provide an experimental benchmark for testing simulated and
  44         theoretical predictions of protein unfolding behavior.
  45         Despite it use since 1997\citep{rief97a}, the labs currently
  46         engaged in SMFS use in-house software and procedures for
  47         critical tasks such as cantilever calibration and Monte Carlo
  48         unfolding simulation.  Besides wasting developer time
  49         producing and maintaining redundant implementations, the lack
  50         of transparency makes it more difficult to share data and
  51         techniques between labs, which slows progress.  In some cases
  52         it can also lead to ambiguity as to which of several similar
  53         approaches, correction factors, etc.\ were used in a
  54         particular paper.
  55         %
  56         \par
  57         In this thesis, I introduce an SMFS sofware suite for
  58         cantilever calibration
  59         (\href{https://pypi.python.org/pypi/calibcant/}{calibcant}),
  60         experiment control
  61         (\href{https://pypi.python.org/pypi/unfold-protein}{unfold-protein}),
  62         analysis (\href{https://pypi.python.org/pypi/Hooke}{Hooke}),
  63         and postprocessing
  64         (\href{http://blog.tremily.us/posts/sawsim/}{sawsim}) in the
  65         context of velocity clamp unfolding of I27 octomers in buffers
  66         with varying concentrations of \CaCl\textsubscript{2}.  All of
  67         the tools are licensed under open source licenses, which
  68         allows SMFS researchers to centralize future development.
  69         Where possible, care has been taken to keep these packages
  70         operating system (OS) agnostic.  The experiment logic in
  71         unfold-protein and calibcant is still nominally OS agnostic,
  72         but those packages depend on
  73         \href{https://pypi.python.org/pypi/pyafm}{more fundamental
  74         packages} that control the physical hardware in use.  At the
  75         bottom of the physical-interface stack are the
  76         \href{http://www.comedi.org/}{Comedi} drivers from the Linux
  77         kernel.  Users running other operating systems should be able
  78         to swap in analogous low level physical-interface packages if
  79         Linux is not an option.",
  80 }
  81
  82 @article { king10,
  83     author = WKing #" and "# MSu #" and "# GYang,
  84     title = "{M}onte {C}arlo simulation of mechanical unfolding of proteins
  85         based on a simple two-state model",
  86     year = 2010,
  87     month = mar,
  88     day = 1,
  89     address = DrexelPhysics,
  90     journal = IJBMM,
  91     volume = 46,
  92     number = 2,
  93     pages = "159--166",
  94     issn = "0141-8130",
  95     alternative_issn = "1879-0003",
  96     doi = "10.1016/j.ijbiomac.2009.12.001",
  97     url = "http://www.sciencedirect.com/science/article/B6T7J-
  98         4XWMND2-1/2/7ef768562b4157fc201d450553e5de5e",
  99     language = "eng",
 100     keywords = "Atomic force microscopy;Mechanical unfolding;Monte Carlo
 101         simulation;Worm-like chain;Single molecule methods",
 102     abstract = "Single molecule methods are becoming routine biophysical
 103         techniques for studying biological macromolecules. In mechanical
 104         unfolding of proteins, an externally applied force is used to induce
 105         the unfolding of individual protein molecules. Such experiments have
 106         revealed novel information that has significantly enhanced our
 107         understanding of the function and folding mechanisms of several types
 108         of proteins. To obtain information on the unfolding kinetics and the
 109         free energy landscape of the protein molecule from mechanical unfolding
 110         data, a Monte Carlo simulation based on a simple two-state kinetic
 111         model is often used. In this paper, we provide a detailed description
 112         of the procedure to perform such simulations and discuss the
 113         approximations and assumptions involved. We show that the appearance of
 114         the force versus extension curves from mechanical unfolding of proteins
 115         is affected by a variety of experimental parameters, such as the length
 116         of the protein polymer and the force constant of the cantilever. We
 117         also analyze the errors associated with different methods of data
 118         pooling and present a quantitative measure of how well the simulation
 119         results fit experimental data. These findings will be helpful in
 120         experimental design, artifact identification, and data analysis for
 121         single molecule studies of various proteins using the mechanical
 122         unfolding method."
 123 }
 124
 125 % Talks
 126
 127 @unpublished{ 2015-04-uw,
 128     title= {Databases and and {SQL}},
 129     author = TSibley #" and "# WKing,
 130     year = 2015,
 131     month = apr,
 132     note= {Software Carpentry workshop, University of Washington},
 133     address = {University of Washington},
 134 }
 135 % Message-ID: <54D3F261.7040808 at uw.edu>
 136
 137 @unpublished{ 2014-03-uw,
 138     title= {Bash, {P}ython, and {SQL}},
 139     author = TGuy #" and "# WKing #" and "# CKoch,
 140     year = 2014,
 141     month = mar,
 142     note= {Software Carpentry workshop, University of Washington},
 143     address = {University of Washington},
 144 }
 145 % Message-ID: <20140226041514.GE13371 at odin.tremily.us>
 146
 147 @unpublished{ 2013-05-thesis,
 148     title= {Open source single molecule force spectroscopy},
 149     author = WKing,
 150     year = 2013,
 151     month = may,
 152     day = 28,
 153     note= {Thesis defense, Drexel University},
 154     address = {Drexel University},
 155     url = {http://blog.tremily.us/posts/Thesis/talk/},
 156 }
 157
 158 @unpublished{ 2013-01-columbia,
 159     title= {Collaborative version control with {G}it},
 160     author = WKing,
 161     year = 2013,
 162     month = jan,
 163     note= {Software Carpentry workshop, Columbia University},
 164     address = {Columbia University},
 165 }
 166
 167 @unpublished{ 2009-10-life-cycles,
 168     title= {Software life-cycles and alphabet soup},
 169     author = WKing,
 170     year = 2009,
 171     month = oct,
 172     note= {Drexel Physics Graduate Student Association},
 173     address = {Drexel University}
 174 }
 175
 176 @unpublished{ 2008-06-locks,
 177     title= {Manipulating combination locks \& Ray tracing with polarization},
 178     author = WKing,
 179     year = 2008,
 180     month = jun,
 181     note= {Drexel Physics Graduate Student Association},
 182     address = {Drexel University}
 183 }
 184
 185 @unpublished{ 2006-05-quantum-computing,
 186     title= {Quantum Computing},
 187     author = WKing,
 188     year = 2006,
 189     note= {Rochester Solid State final},
 190     address = {University of Rochester}
 191 }
 192 %    month = may,
 193
 194 % Posters
 195
 196 @unpublished{ 2013-04-swc,
 197     title= {Teaching Software Carpentry: Better Science through Science},
 198     author = WKing,
 199     year = 2013,
 200     month = apr,
 201     note= {Drexel CoAS Research Day},
 202     address = {Philadelphia, Pennsylvania},
 203 }
 204
 205 @unpublished{ 2012-04-calibcant,
 206     title= {Thermally calibrating {AFM} cantilever spring constants},
 207     author = WKing,
 208     year = 2012,
 209     month = apr,
 210     note= {Drexel CoAS Research Day},
 211     address = {Philadelphia, Pennsylvania},
 212 }
 213
 214 @unpublished{ 2011-04-saswsim,
 215     title= {Flexible parallel simulations and packaging},
 216     author = WKing,
 217     year = 2011,
 218     month = apr,
 219     note= {Drexel CoAS Research Day},
 220     address = {Philadelphia, Pennsylvania},
 221 }
 222
 223 @unpublished{ 2010-04-open-source,
 224     title= {Open source software in experimental protein unfolding},
 225     author = WKing,
 226     year = 2010,
 227     month = apr,
 228     note= {Drexel CoAS Research Day},
 229     address = {Philadelphia, Pennsylvania},
 230 }
 231
 232 @unpublished{ 2009-03-roughness,
 233     title= {Experimental Estimation of the Free Energy Landscape
 234         Roughness of Protein Molecules},
 235     author = WKing,
 236     year = 2009,
 237     month = mar,
 238     note= {Biophysical Society Annual Meeting},
 239     address = {Philadelphia, Pennsylvania},
 240 }
 241
 242 @unpublished{ 2008-04-sawsim,
 243     title= {Simulated mechanical unfolding of single proteins},
 244     author = WKing,
 245     year = 2008,
 246     month = apr,
 247     note= {Drexel CoAS Research Day},
 248     address = {Philadelphia, Pennsylvania},
 249 }
 250
 251 @unpublished{ 2008-02-stiffness,
 252     title= {Effects of Cantilever Stiffness on Unfolding Force in AFM
 253         Protein Unfolding},
 254     author = WKing,
 255     year = 2008,
 256     month = feb,
 257     note= {Biophysical Society Annual Meeting},
 258     address = {Long Beach, California},
 259 }
 260
 261 % References
 262
 263 @article { rief97a,
 264     author = MRief #" and "# MGautel #" and "# FOesterhelt #" and "# JFernandez
 265         #" and "# HEGaub,
 266     title = "Reversible Unfolding of Individual Titin Immunoglobulin Domains by
 267         {AFM}",
 268     year = 1997,
 269     journal = SCI,
 270     volume = 276,
 271     number = 5315,
 272     pages = "1109--1112",
 273     doi = "10.1126/science.276.5315.1109",
 274     eprint = "http://www.sciencemag.org/cgi/reprint/276/5315/1109.pdf",
 275     url = "http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/276/5315/1109",
 276     note = "Seminal paper for force spectroscopy on Titin.",
 277 }