convert to H5config and bump to v0.7.

Fix real-T handling in T_acquire().

Use abs(C) in fit_psd() (to match breit_wigner()).

Correct vibrationss -> vibrations typo in calib_save() call.

vibs -> vibrations in calib_save() keyword call from calibrate.calib().

Ts -> temperatures in calib_save() keyword call from calibrate.calib().

Give scripts more globally unique names.

Oops.  root -> 'bin' in setup.py script listing.

List analyze and plot_calibration scripts in setup.py.

Fix up README so it is standard reStructuredText.

Oops, actually bump __version__ to 0.6.

Massive rewrite (v 0.6) to base everything on Cython and revamped pypiezo.

Cleaned up README and package with pure distutils (vs. setuputils).

Also:
* Don't make calibcant modules executible.  Scripts should be handled
  explicitly through distutils.
* Ran ./update_copyright.py

Don't import VERSION (now __version__) in calibcant.common.

Update to piezo v0.3 (based on data_logger 0.4) and bump to v0.5.

Adjust update_copyright.py to handle Bazaar repos + minor fixes

Fix relative import syntax.

Fixes broken implementation from
  81f9df69442d686bed368ac6db2180cd482f1acb

Added .gitignore

Ran update_copyright.py

Added update_copyright.py to automate copyright blurb maintenance

Use relative imports (PEP 328) for calibcant sibling imports.

Move LICENSE->COPYING and package ez_setup.py without installing it.

Bumped to version 0.4.

Updated to depend on newly packaged piezo package.

Added optional ability to use naive vibration variance calculation.

Now you don't have to fit the vibration power spectral density if you
don't want to.  The only reason I can think of for not fitting would be
to `emulate' older calibration software that doesn't have the fitting
capability, or to provide a simple point-of-reference for comparing
various fitting models.

Restored linear-fitting option to surface bumps.

Now you don't have to use quadratic fitting if you don't want to.  This
mitigates problems associated with poorly defined contact-kinks, since
it's not a good idea to focus on the post-kink slope if you don't have
a good idea of where the kink actually is.  The limited_linear model
retains the non-contact and high-voltage-rail flat-line portions, with
a linear contact regime between the two.

Additional minor changes include:
  * Average deflection printout from vib_analyze in TEXT_VERBOSE mode.
    To make it easier to demonstrate that variance increases as the mean
    deflection deviates further from zero.
  * Corrected usage string in bump_analyze.py which had been out of date
    before.

Clarified usage information for vib_analyze.py

Reposition cantilever between each bump to adjust for piezo creep.

Broke bump unit conversion out into its own functions.

To provide conversion functions for other scripts, e.g. scale_unfold.py.

Set default maxFreq to 25 kHz.  Unset pylab.hold for the bump_plot residual.

It's probably a better idea to set the maxFreq to the Nyquist freq by
default, but only time for a quick hack at the moment.  You'll have to
neck down maxFreq to 7-10 kHz for softer cantilevers (~< 40 pN/nm),
since otherwise you'll start picking up higher order modes.

The bump_plot fix was just because plotting a bunch of data is _slow_.
Pylab in general is no speed demon, so the less extra work I give it,
the better.

Updated documentation for calibcant.calibrate.calib_aquire.

bump_plot() plotVerbose now defaults to False.

That way you don't have to specify plotVerbose=False to make it shut up ;).

Shiny, new, flexible bump fitting framework.

The bump fitting algorithm has been upgraded due to my increased
understanding of the complexity of the photodiode.

Sensitivity (bump slope) decreases as you move away from a zero volt
photodiode output.  Most of the time anyway.  We should be able to
handle data with a gentle camber, and we need to know what voltage
corresponds to the zero-deflection signal.

This prompted the recent change of bump aquisition to begin just _off_
the surface instead of just _on_ the surface.  Now we have to deal with
finding the location of the surface kink, so I split the fitting out
into its own function which least squares fits the data to whatever
model it's passed (currently via Levenburg-Marquardt).

Since the model is now it's own stand-alone entity, I got fancy and
added quadratic fits (to deal with camber) and clipping (to deal with
out-of-range signals).  So there should be no more need of manually
clipping in the tweakfiles or using the --cut-contact option in
bump_analyze (which has been removed).

I also enhanced the output of bump_plot to show the guess, fit, and
residual, in case anyone needs convincing that the fit is working, or is
troubleshooting a new model.

Removed old references to freq in calibrate.py after freq->push_speed change.

Also turned plotting back on by default (the change doesn't affect
command line usage).

Start bumps with the cantilever _off_ the surface.

Photodiode sensitivity (and thus, bump slope) decreases as the
zero-deflection photodiode input moves away from zero Volts.  In order
to mitigate the effect of this on our calibration, we need to keep
track of the zero-deflection signal.  By starting our bump off the
surface, our bumps should always start and end in the zero-deflection
regime.

This will make analysis a bit more complicated though.  I'll get to
that next.

Control bump_speed instead of bump sample frequency.

More physically useful number.  The old default speed was huge.

Various adjustments.  I should commit more often ;).

Added # comments to tweakfile syntax.

Played around with adding a white-noise floor in the vibration fitting,
but the fits didn't look all that convincing.  Some of the white-noise
code is still in place, but I think it's currently disabled ;).

Fixed some typos in TEXT_VERBOSE output in vib_analyze.py

Prepared for distribution.

Fixed lines in the Makefile that I hadn't changed when I copied it into
this project in the beginning.  Also added GPL blurbs to two py files.

Fixed C->K conversion bug in T_analyze.py

Closes 327f4db8-3119-4ec1-a762-a3115254608a

New Marisa/me calibration difference bug 327f4db8-3119-4ec1-a762-a3115254608a

Add trailing endline to calibration analysis files.

Fixed old FFT_tools portions of Makefile to calibcant

Fixed one_o_Vphoto_2_m typo in calib_analyze()

Updated to new data_logger log_dir $DEFAULT$ syntax for easier log_dir defs.

calib_save_analysis() now uses string_errors() to format output.

Add lines to analyze.calib_plot().

There aren't many points, and line connecting lines increase visibility.

Apply some fixes to get calibrations working and bump version.

Mostly namespace problems due to `from numpy import *` and the
like.  Things seem to work now.  I think we're ready for prime-time.

calibrate.py should now work.

A bunch of changes in one commit, sorry.

Moved to fledgling splittable_kwargs system to make default argument
maintenance easier.  I expect the splittable_kwargs system still has
some growing to do, but it's already better than the old system.

Merged BE database from the calibcant subdir into the main BE database.
It was a mistake to create the database there in the first place.

Added pylab flag to bump_analyze.py

Added comparison to vib_analyze_naive() in vib_analyze().

This will protect against really hideous fits :p.  It also lead to
fixes for outdated code in vib_analyze_naive() (it hadn't been used in
a while) and some outdated comments in vib_analyze().

Finally, added abs()ing for the always-positive fit parameters A and B
when using the scipy.optimize.leastsq() method.

Moved fitting from GnuplotBiDir to scipy.optimize.leastsq  in vib_analyze.

Much better fit quality.  See bug f3ba76cd-eddd-4520-bb2a-17ca371ac6b6

Fixed poor treatment of non-tweakfiles in vib_analyze.

See bug 3059911a-963c-472e-a9d3-bf0a290de1a2.

Initialized a Bugs-Everywhere bugtracking directory.

However, the 'bug' I initialized it for
  1456fd10-2036-46de-b18e-ddf8cab14ae2
was a broken workflow, not a bug :p.  Sigh.

Plot span of fitted frequencies in vib_anayze.py.

Changed guessed Q from 5 to 1, which gives about the right breadth.

I'm dubious about the fit quality though.  Looking at the fit.log
output after looking at the 20080919_cantA_tweak.vib data again reveals
  After 4 iterations the fit converged.
  final sum of squares of residuals : 9.6001e+08
  rel. change during last iteration : -2.46003e-07
for the first curve, and similar residuals (and exactly 4 iterations)
for the other curves.  Hmm.  I should probably explicitly show the range
of frequency space I'm fitting in.

Added guessed Lorentzian plot option to vib_analyze.

This explains why my Lorentzians are occasionally too sharp...
For example, consider the 2nd and 4th fit in
  cd ~/rsrch/data/z_piezo_calib/
  cc_vib_analyze.py  -ct 20080919_cantA_tweak.vib -pG

(I know, I know, should be rsrch/data/calibcant...)

Resistribute vib_analyze pylab.hold()s to avoid auto-generated axis.

With the previous setup, the first call to hold() created a subplot(111)
axis that the rest of the subplots wrote over.  Ugly.  Better now.

Crop vib_analyze pylab Lorentzian fitline when it goes off-axis.

Added fit-curve to vib_analyze's pylab output.

Gave up on the gnuplot output for now.

Fixed non-interactive pylab plotting setup in common.py

Also fixed spacing in analyze.py from last change and removed some
.pyc files from versioning.

created & fixed bug 3faa92db-cb93-4e14-a8ec-32ab4eedf83b

Added ez_setup.py installation wrapper and cleaned up License info.

Began versioning.