bin/calibcant-plot.py

   1 #!/usr/bin/env python
   2 # calibcant - tools for thermally calibrating AFM cantilevers
   3 #
   4 # Copyright (C) 2011-2012 W. Trevor King <wking@drexel.edu>
   5 #
   6 # This file is part of calibcant.
   7 #
   8 # calibcant is free software: you can redistribute it and/or modify it under
   9 # the terms of the GNU General Public License as published by the Free Software
  10 # Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later
  11 # version.
  12 #
  13 # calibcant is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
  14 # WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
  15 # A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16 #
  17 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with
  18 # calibcant.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19
  20 """Load a calibration file and plot everything interesting.
  21 """
  22
  23 from optparse import OptionParser
  24
  25 from matplotlib.pyplot import close, get_fignums, figure, show
  26 from calibcant.analyze import calib_load_all, calib_plot_all
  27
  28
  29 def main(args):
  30     usage = '%prog [options] filename'
  31     p = OptionParser(usage)
  32
  33     p.add_option('-g', '--group', dest='group', default='/',
  34                  help='HDF5 group containing calibration data (%default).')
  35     p.add_option('-b', '--no-bumps', dest='bumps', default=True,
  36                  action='store_false',
  37                  help="Don't display bump details.")
  38     p.add_option('-v', '--no-vibrations', dest='vibrations', default=True,
  39                  action='store_false',
  40                  help="Don't display vibration details.")
  41     p.add_option('-s', '--save-figures', dest='save', action='store_true',
  42                  help="Save plots (instead of displaying them.")
  43
  44     options,args = p.parse_args(args)
  45     filename = args[0]
  46
  47     stuff = calib_load_all(filename=filename, group=options.group)
  48     if not options.bumps:
  49         stuff['bump_details'] = []
  50     if not options.vibrations:
  51         stuff['vibration_details'] = []
  52     calib_plot_all(**stuff)
  53     if options.save:
  54         for i in get_fignums():
  55             fig = figure(i)
  56             fig.savefig('%i.png' % i, dpi=300)
  57             close(i)
  58     else:
  59         show()
  60
  61
  62 if __name__ == '__main__':
  63     import sys
  64
  65     sys.exit(main(sys.argv[1:]))