bin/analyze.py

   1 #!/usr/bin/env python
   2 # calibcant - tools for thermally calibrating AFM cantilevers
   3 #
   4 # Copyright (C) 2008-2011 W. Trevor King <wking@drexel.edu>
   5 #
   6 # This file is part of calibcant.
   7 #
   8 # calibcant is free software: you can redistribute it and/or
   9 # modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  10 # License as published by the Free Software Foundation, either
  11 # version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  12 #
  13 # calibcant is distributed in the hope that it will be useful,
  14 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  15 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  16 # GNU Lesser General Public License for more details.
  17 #
  18 # You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  19 # License along with calibcant.  If not, see
  20 # <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21
  22 """Load a calibration file and (re)analyze from the raw data.
  23 """
  24
  25 from optparse import OptionParser
  26
  27 from matplotlib.pyplot import show
  28 from calibcant.analyze import calib_analyze_all
  29
  30
  31 def main(args):
  32     usage = '%prog [options] filename'
  33     p = OptionParser(usage)
  34
  35     p.add_option('-g', '--group', dest='group', default='/',
  36                  help='HDF5 group containing calibration data (%default).')
  37     p.add_option('-d', '--dry-run', dest='dry_run', action='store_true',
  38                  help="Don't change the original file.")
  39
  40     options,args = p.parse_args(args)
  41     filename = args[0]
  42
  43     k,k_s = calib_analyze_all(
  44         filename=filename, group=options.group, dry_run=options.dry_run)
  45     print "New spring constant:"
  46     print "%g +/- %g N/m" % (k, k_s)
  47
  48
  49 if __name__ == '__main__':
  50     import sys
  51
  52     sys.exit(main(sys.argv[1:]))