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   1 [[!meta  title="Vancouver, GROMACS, RasMol, iptables, and org-mode"]]
   2 [[!meta  date="2008-08-28 04:17:33"]]
   3 I was off in the Vancouver area over the last two weeks visiting my
   4 fiancée's family, and I got out of the internet/blogging-zone for a
   5 while.  Now it's time to catch up some ;).
   6
   7 Vancouver was wonderful, as always ;).  Flaky wind gave the advantage
   8 of maneuverability to the canoe navy, but the sunfish's mass held it in
   9 good stead.  Despite much sniping and tactical maneuvering, we all
  10 ended up in the ocean anyway… several times… that's either a win or a
  11 draw, but either way it was a good time :).
  12
  13 Over the weekend I bought a pair of Logitech Quickcam for Notebooks
  14 (046d:08dd) so I could video-`skype` with my fiancée while we're apart
  15 for a bit.  Like a
  16 [bunch](http://backports.ubuntuforums.com/showthread.php?t=478890) of
  17 [other](http://forums.quickcamteam.net/archive/index.php/thread-22.html)
  18 [people](http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=651375&page=3), I
  19 didn't realize that this version of “Logitech Quickcam for Notebooks”
  20 was not particularly well supported on Linux, since the *earlier*
  21 version of “Logitech Quickcam for Notebooks” is.  Since then I've been
  22 running around on my not-to-easy-to-get-source-for
  23 [EeePC](http://eeepc.assus.com/global/), wring to compile and install
  24 [Michel Xhaard's gspca drivers](http://mxhaard.free.fr/).
  25
  26 `<rant>`
  27
  28 Which is not difficult once you've removed the unionfs junk
  29 the EeePC comes with, cleared out a bunch of space, installed the
  30 necessary build tools, and generally manhandled your EeePC into
  31 something resembling a sane distributions basic installation.  Oh, and
  32 you'll need a nice external drive, since it's hard to compile a 400 MB
  33 kernel in the 150 MB of headroom I had left on my 2 GB Surf after I'd
  34 installed those, and emacs, and a few other fun toys :p.
  35
  36 And after I had installed the drivers and had `xawtv` working fine
  37 with the camera, the problems weren't over, since `skype` pretty much
  38 pegs my CPU, which often causes the video to lock…  Sigh…
  39
  40 `</rant>`
  41
  42 Upon my return to work, Marisa expressed interest in the
  43 [GROMACS](http://www.gromacs.org/) Molecular Dynamics simulation
  44 software, so we installed in on our cluster and spent Monday learning
  45 the ropes.  Things seem to be going smoothly so far, although we're
  46 not sure if our nominally MPI-enabled `mdrun` is actually using more
  47 than one node, since I haven't found anyone using GROMACS over PBS via
  48 our [mpiexec](http://www.osc.edu/~pw/mpiexec/) (see (Kristina Wanous'
  49 note on
  50 [debianclusters](http://debianclusters.cs.uni.edu/index.php/MPICH:_Pick_Your_Paradigm)).
  51 We'll run some scaling benchmarks soon to convince ourselves that
  52 GROMACS is indeed using MPI.
  53
  54 We also ran into some difficulty running the default Debian-packaged
  55 [RasMol](http://rasmol.org/) through a SSH tunneled X server.  No
  56 problem, says I, we'll use [Lionel Cons](http://cern.ch/lionel.cons)'
  57 [mxconns](http://cern.ch/mxconns/), which I had run across earlier
  58 while trying to set up a cluster-wide X port for running MPE.
  59 However, `rasmol` somehow manages to lock up so hard that it freezes
  60 the whole X server, right through `mxconns` and the SSH tunnel!  I
  61 didn't even think that was possible.  The current workaround is to run
  62 `rasmol` on your own machine ;).
  63
  64 While discussing the cluster, Marisa pointed out the usefulness of
  65 `iptables` or some sort of firewall on the cluster.  I had just
  66 assumed it was already behind a conservative router.  Stupid
  67 assumption.  I spent most of Tuesday jumping between the Rasmol X-lock
  68 and figuring out how iptables works, and locking out my ssh connection
  69 a few times.  After an embarassing number of trips down to the cluster
  70 room to clear my bad rules, I believe I have things straightened out
  71 now.  Mostly following the [Linux Administration
  72 Handbook](http://www.pearsonhighered.com/educator/academic/product/0,3110,0131480049,00.html).
  73
  74 Today I finally got back to work on testing my simulation, and broke
  75 down and installed [org-mode](http://orgmode.org/) for emacs.  I think
  76 I'm in love ;).  See, for example, [John
  77 Wiegley](http://newartisans.com/)'s 's blog on using [org-mode as a
  78 day
  79 planner](http://newartisans.com/blog_files/org.mode.day.planner.php).
  80
  81 [[!tag tags/fun]]