posts/Getting_numbers_from_journal_figures.mdwn

   1 [[!meta  title="Getting numbers from journal figures"]]
   2 [[!meta  date="2008-09-06 00:20:30"]]
   3 This morning I wrote up this quick and easy way to get actual numbers
   4 out of graphs and whatnot that show up in journal articles.
   5
   6     $ pdfimages article.pdf fig
   7     $ clickloc.tk fig-000.ppm > fig-000.pixels
   8     $ scale_click.py 0 10 5 20 fig-000.pixels > fig-000.data
   9
  10 Just use your first four clicks in
  11 [[clickloc.tk|clickloc/clickloc.tk]] to mark out the x and y minimum
  12 and maximum values.  Then use
  13 [[scale_click.py|clicloc/scale_click.py]] to convert the pixel values
  14 to the units listed in the figure.  In my example, the x axis ran from
  15 0 to 10 units, and the y axis ran from 5 to 20 units.  Supports
  16 log-scaled axes too.
  17
  18 Having gotten some numbers, my sawtooth simulator matches up fairly
  19 well to [Schlierf & Rief's results][SR] on both models.  Hooray! ;).
  20
  21 [SR]: http://www.biophysj.org/cgi/content/abstract/90/4/L33
  22
  23 [[!tag tags/linux]]
  24 [[!tag tags/programming]]
  25 [[!tag tags/theory]]