introduction/main.tex: Rework the thesis outline

Lay out the current structure.

packaging/main.bib: Add git reference and citetalias

packaging/main.bib: Unfold-protein now on PyPI :)

root.tex: Get ready for the final version :)

Select final drexel-thesis options

root.tex: We don't have a salt/main.bib

Currently these articles are just in my general root.bib.

root.bib: Add cleland64 for the dithiothreitol nomenclature entry

root.bib: Add notes for the salt papers

figures/salt/fit-valley*: Use Asymptote images instead of PNGs

Also upgrade to the 50x50 grid sawsim simulation, instead of the
previous 10x10 PNGs.  Basic command used to generate the histogram
fits:

  PYTHONPATH=. sawsim_hist_scan.py -f "-s cantilever,hooke,0.08 -N1 -s 'folded,null' -N8 -s 'unfolded,wlc,{0.4e-9,28.1e-9}' -k 'folded,unfolded,bell,{%g,%g}' -q folded" -r '[1e-3,1,30],[0.1e-9,0.3e-9,30]' --logx path/to/histogram

figures/fit-space/data: dx data is in meters, not nanometers

build-asy.py: Follow symlinks when walking the figure tree

This makes it easier to use my hacked-together build.sh until I have
time to fix the SCons build.

wtk_graph.asy: Fix palette positioning in graphMatrixFile

We know where the figure axes end (k_u0 and dx) in graph coordinates,
and the palette() function expects and initial and final pair in graph
coordinates, but we want the palette offset to be in frame
coordinates.  This means we need to take our figure corners from graph
coordinate through picture coordinates to frame frame coordinates, add
our offset, and go back through picture coordinates to graph
coordinates before passing the values in to palette().

calibcant/main.bib: Don't worry about four-deriv citation

Derivation:

  F(d x(t) / dt) = F(x'(t))
    = 1/sqrt(2 π) \int_{-∞}^∞ x'(t) \exp{-i ω t} dt

Using integration by parts:

  \int v du = uv - \int u dv

with:

  v = \exp{-iωt}
  dv = -iω \exp{-iωt}
  du = x'(t) dt
  u = x(t)

gives:

  F(x'(t)) = 1/sqrt(2 π)  [
      x(t)\exp{-iωt}|_{-∞}^∞ -
      \int_{-∞}^{∞} x(t) iω\exp{-iωt} dt ]
    = iω ⋅ 1/sqrt(2 π) \int_{-∞}^∞ x(t) \exp{-iωt} dt
    = iω F(x(t))

Where the uv term drops out for any signal where x(t)→0 as |t|→∞.

For higher order differentials, just chain these together:

  F(d^n x(t) / dt^n)
    = iw F(d^{n-1} x(t) / dt^{n-1})
    = …
    = (iw)^n F(x(t))

figures/salt: Initial versions of my salt figures

salt/main.tex: Start to summarize my salt experiments

pyafm/overview.tex: Rephrase 'break up' in stack description

Thanks Mom!

hooke/history.tex: Replace 'churn' with 'turnover'

Less jargon-y.  Thanks Mom!

calibcant/theory.tex: Fix 'G_1' -> 'G_{1f}' typo in eq:Gone-f

Thanks Mom!

calibcant/theory.tex: Explicitly list scaling parameters G_0 and m

Thanks Mom!

calibcant/procedure.tex: Use a colon to introduce eq:limited-linear-surface

Thanks Mom!

introduction/main.tex: Fix 'cref' -> 'citep' typo for dyson05 reference

This was a mistake with the original 8aaa549 (introduction/main.tex:
Cite dyson05 for unstructured proteins, 2013-05-22).

calibcant/theory.tex: Use en-dashes (--) for Wiener-Khinchin

This matches the Wikipedia URL ('%E2%80%93' codes for U+2013 EN DASH).

calibcant/main.bib: Force capitalization in wikipedia-wiener-khinchin title

Thanks Mom!

apparatus/main.bib: Force capitalized 'I27O' and 'AFM' in athenaes-i27o

Thanks Mom!

root.bib: Rekey itkin2011 -> itkin11 for consistency

Almost all my other keys only use the last two digits of the year.

root.bib: Add a DOI to chauhan97

root.bib: Don't abbreviate SHO in rief65 note

Thanks Mom!

root.bib: Force capitalized 'Monte Carlo' in metropolis87

Thanks Mom!

root.bib: Use an en-dash (--) for Bell-Evans in evans99 note

root.bib: Remove the question mark from the evans99 note

It would be nice to add citations showing this usage, but I don't
think I have time to dig them up.

root.bib: Rephrase note for dietz04

Mom thought that the 'towards' language in the middle of the sentence
was unclear.

root.bib: Force a captial 'H' in 'e-Handbook'

Thanks Mom!

root.bib: Capitalize titles after colons (e.g. in bedard08)

Thanks Mom!

root.bib: Titlecase capitalization for journal names (including PRL)

Thanks mom!

calibcant/theory.tex: Add S_{xx} and r_{xx} to the nomenclature

Thanks Mom!

calibcant/theory.tex: Add 'i' to nomenclature and move omega entry up

The nomenclature entries should follow their first use.

Thanks Mom!

calibcant/theory.tex: Add 'm' (mass) to nomenclature

Thanks Mom!

Also add back references from some DHO nomenclature entries to
important equations involving the symbol in question.

Use 'behavior' instead of 'behaviour'

US instead of British spelling.  Thanks Mom!

calibcant/overview.tex: Rephrase 'oscillator in bath'

Thanks Mom!

calibcant/overview.tex: Expectation value for V_p^2, not V_p

Thanks Mom!

sawsim/discussion.tex: Fix 'negligable' -> 'negligible' typo

Thanks Mom!

sawsim/discussion.tex: Fix "proteins'" -> "protein's" typo

Thanks Mom!

pyafm/overview.tex: Fix 'this capabilities' -> 'these capabilities'

Thanks Em!

pyafm/conclusions.tex: No floundering ;)

Thanks Em!

sawsim/introduction.tex: Fix 'cross checked' -> 'cross-checked'

Thanks Em!

introduction/main.tex: Cite dyson05 for unstructured proteins

This seems like an unambiguous reference ;).

apparatus/sample-preparation.tex: Add more context for 'functionalized'

Mom was unclear about what it meant.

sawsim/methods.tex: Make C and Python references citations

This is their first occurence in this section.  Mom thinks that some
folks may not have heard of C! ;)

packaging/main.bib: Add kernighan78 and kernighan88

Seeded from Ritchie's bibliography:
  http://cm.bell-labs.com/cm/cs/bib/dmr.bib

RIP

sawsim/discussion.tex: Add caveat about unfolding range and mean/variance

sawsim/discussion.tex: Rework Bell testing to match scaffold phrasing

This fills in the derivation of the Gumbel pdf from the exponential
hazard function.  In the scaffold section, we rephrased the hazard
function and then cited NIST:gumbel to make the transition to the pdf.
Maybe this derivation would be better of in an appendix?  Or dropped
entirely?  I'll leave it for now.

sawsim/methods.tex: Add nomenclature entry for P

Thanks Mom!

Convert \exp{...} to generate e^{...}

Mom wasn't use what exp(...) meant, but she recognized the e^{...}
notation.  I'm not completely comfortable with how this looks in
nested levels during the Gumbel manipulation, but at least it's
consistent ;).  I may tweak the macro if I change my mind ;).

One sneaky bit is the factorials in the \exp{x} nomenclature entry.
Searching around, I was bailed out by the interwebs:

On 2007-08-21, Nicola Talbot <nlct@cmp.uea.ac.uk> wrote:
> ! is a makeindex special character. I haven't used nomencl, but I
> expect it requires makeindex.  Try "! instead of !

sawsim/methods.tex: Add v and \eta to the nomenclature

Thanks Mom!

sawsim/methods.tex: Add WLC and FJC params to the nomenclature

Also the hyperbolic cotangent.  Thanks Mom!

sawsim/discussion.tex: Fix 'charicteristic' -> 'characteristic' typo

Fixes a typo from 96f0b86 (sawsim/discussion.tex: Normalize to k_u and
U for eq:kramers-saddle, 2013-05-20).

root.bib: Add chauhan97, friedman05, friedman11, zhang06, ...

Also isaacs06, itkin2011, zidar11, and miao11.

Micholas Smith suggested these for background information on the
effect of ions on protein binding.  They focus on Aβ aggregation, but
the general ideas should be the same.

root.bib: Add missing $ ($30\U{$mu$m/s}$) in janovjak05 abstract

sawsim/discussion.tex: Remove cusp section and others I don't have time for

The following are theoretically tractable, but I don't have time to
write them up:

* Inverse power law potentials
* Cusp potentials
* Cusp-like potentials
* Quartic potentials

See evans97 if you're interested.

sawsim/discussion.tex: Normalize to k_u and U for eq:kramers-saddle

Also add U_b(F), l_b, \rho_b, and l_{ts} to the nomenclature.  Thanks
Mom!

sawsim/discussion.tex: Add Gumbel \mu to the nomenclature

Thanks Mom!

root.bib: Add DOI to carrion-vazquez00 and other cleanups

Also:
* Add note about surface contact image in carrion-vazquez00 and
  baljon96.
* Add URL to lu00a.
* Add DOI, URL, and eprint to lu00b.
* Fix 'Lagrangian' -> 'a Lagrangian' typo in the roters96 note.

pyafm/frameworks.tex: Link to LabVIEW compatibility paper

Thanks Uncle Ricky!

figures/main.bib: Bump pymol version and change URL to SourceForge

pymol.org (run by Schrödinger?) seems to be focused on selling
precompiled binaries, and finding links to the (open) source is
difficult.  Avoid this problem by linking directly to SourceForge.

calibcant/theory.tex: Cite roters96 for eq:model-psd

apparatus/main.bib: Add specs for Olympus TR400PSA cantilevers

sawsim/discussion.tex: Standardize variables in constant loading section

Although there's too much overlap with the existing scaffold section.
The two should be combined.

sawsim/discussion.tex: Add N_f and N_u to the nomenclature

sawsim/discussion.tex: Clean up history of simulations section

Mom pointed out that MD wasn't in the nomenclature.

kappa-sawteeth.asy: Change colors between traces

Thanks Uncle Ricky!

sawsim/discussion.tex: Cleanup modeling evolution paragraph

Mom pointed out a missing 'in' and the 'simper' -> 'simpler' typo.
She also liked "2000's" better than "`00's".  I changed the Hänggi
references to use the new \xref command.

sawsim/discussion.tex: Fix "it's" -> "its" typo (near simplicity)

Thanks Mom!

sawsim/discussion.tex: Mention test suite distributed with sawsim

Mom didn't think it was obvious from the text, so now it's explicit.

sawsim/discussion.tex: Add D_JS, D_KL, p_m, ... to the nomenclature

Thanks Mom!

Also:
* Add chi-squared and D_chi-squared to the nomenclature
* Fix hyphen -> en-dash in Kullback--Leibler
* Label eq:sawsim:p_m (so it can be referenced from the index)
* Fix UTF-8 chi -> \chi
* Remove a dangling close-paren from eq:sawsim:X2
* Cite NIST for the chi-square comparison
* Break Gumbel and chi-squared citations into @inbook
* Add editors for the new NIST:ESH book entry

sawsim/discussion.tex: Add \sigma to the nomenclature

Thanks Mom!

sawsim/discussion.tex: Fix UTF-8 quotes to LaTeX ``...'' quotes

sawsim/discussion.tex: Fix 'behavious' -> 'behaviors' typo

Thanks Mom!

introduction/main.tex: Fix 'withing' -> 'within' typo

Thanks Mom!

calibcant/overview.tex: Add V_p, \sigma_p, and \pi to the nomenclature

Mom pointed out that they were missing.

calibcant/overview.txt: Mention that \kappa is the spring constant

Mom pointed out that it's best to do this explicitly.

blurb/abstract.tex: Replace 'OSes' with 'operating systems'

Mom didn't like the expansion '(operating system)es'.

package/siunitx.sty: Bundle siunitx 2.5q

My distribution's version of siunitx (2.2i, distributed as part of
dev-texlive/texlive-science-2011) doesn't play well with LaTeX3:

  $ pdflatex -shell-escape root
  ...
  (/usr/share/texmf-dist/tex/latex/l3packages/l3keys2e/l3keys2e.sty)

  !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
  !
  ! LaTeX error: "kernel/command-not-defined"
  !
  ! Control sequence \tl_replace_all_in:Nnn undefined.
  !
  ! See the LaTeX3 documentation for further information.
  !
  ! For immediate help type H <return>.
  !...............................................

  l.333 ...variant:Nn \tl_replace_all_in:Nnn { NnV }

Work around this by bundling the current version.  Source is at:

  https://github.com/josephwright/siunitx/

calibcant/discussion.tex: Use siunitx to align columns on decimals

calibcant/discussion.tex: Add tab:calibcant:stability

Showing that spring constant measurements are reliable over day-sized
time intervals.

methods.tex: Fix '^-1' -> '^{-1}' typos

calibcant/procedure.tex: Describe residual and approach-retract

Mom suggested more clarity.

calibcant/procedure.tex: Remove redundant stack-sharing sentence

We only need to tell them once in the caption for fig:calibcant:stack.

pyafm/stack.tex: Reference fig:calibcant:stack from fig:pyafm:stack

And mention that unfold-protein holds the control logic.

packages.tex: Make epigraphs wider

Mom pointed out that the default width comes across as a bit narrow.
I expect it is designed for epigraphs on pages that contain only a
chapter or part title, not for works where the chapter title and text
are on the same page.

pyafm/stack.tex: Use a little thermometer in the caption :)

Rename the old '\thermometer' -> '\thermometerx' to make room for the
new user-facing '\thermometer' command.

local_cmmds.tex: Use bending arrows in \tikzstack

Instead of stacking arrows of different widths.  The small arrow had
been hard to see with the big arrow behind it.  The bending is much
more elegant.

pyafm/stack.tex: Explain the thermometer icon

pyafm/overview.tex: Fix 'a software' -> 'software' typo

pyafm/overview.tex: Pull introductory text from pyafm/main.tex

Make the main.tex switchyard cleaner by pulling out text that probably
won't see much more editing.

pyafm/main.tex: Explain 'stack' and why modularization is useful

Fix 'timescales' -> 'time scales', and other assorted typos

As pointed out by Granddaddy:
* "because it takes a quite a bit": The first "a" is redundant
* "timescales": this is awkward: "time-scales" is more logical than
  "timescales."  I suggest you hyphenate this word.
* "unfolding experiment, they observed ...": "the" is a typo

I went with "time scale" which we see in abstracts for evans97, lu99,
evans01, msli06, mickler07.  "timescale" shows up in dietz04, but I
agree with Graddaddy that it's awkward.  I imagine the shortening
comes from writing too much software and/or speaking German ;).

I fixed some other things I noticed along the way.

pyafm/stack.tex: Add detail to the fig:pyafm:stack caption

We declare a new \tikzline command to make it easier to draw sample
lines in captions (which can't handle fragile commands).  Hopefully
the figure is intelligable to folks now :).

calibcant/procedure.tex: Be more explicit about "brain" modules

local_cmmds.tex: Factor out TikZ stack figure into \tikzstack

Keeping changes syncronized by hand is madness :p.

I also added arrows (after suggestions from both Mom and Prof. Cruz)
showing data flow to/from the physical nodes to their associated
software package.  There's also a new dashed separator between the
software packages and the physical nodes.

sawsim/introduction.tex: Add a lead in paragraph (why this chapter?)

A number of my readers have been confused about why I lead off my
contributions with the sawsim chapter.  This paragraph is an attempt
to lay that out for them.

apparatus/procedure.tex: Add 'force curve' to the nomenclature

This term comes up a lot, and it's likely the first time most readers
will hear it.