mkogg.py: Fix 'self.get_mp4_metadata(self, source)'

The bug snuck in with abe5f261 (mkogg.py: Update to Python 3,
2015-07-13).

mkogg.py: Fix 'unicode' -> 'str'

I'd missed this in my last pass at converting to Python 3 (abe5f261,
mkogg.py: Update to Python 3, 2015-07-13).

mkogg.py: Update to Python 3

Five years after the initial request [1], the Mutagen folks have added
Python 3 support (in v1.25, 2014-10-03 [2]).  In this commit, I also
catch up on the m4a -> mp4 transition (from v1.9, 2006-12-09 [3]).

[1]: https://bitbucket.org/lazka/mutagen/issues/27
[2]: http://mutagen.readthedocs.org/en/latest/changelog.html#id6
[3]: http://mutagen.readthedocs.org/en/latest/changelog.html#id23

posts:x.509-certificates: Mention openssl x509's -hash

This is useful for building certificate chains when intermediate
certificates aren't in your /etc/ssl/certs.

contact:pubkey.txt: Update with a new subkey (A051B1AC)

GnuPG_maintenance: Add a section on --list-packets

gallery.py: Fix is_video to use VIDEO_EXTENSIONS

Avoid:

  HTML page URLs must end with a slash

when the script doesn't recognize a video URL as a cacheable page.  It
looks like this bug snuck in way back in ebd0292d (Allow gallery.py to
serve original images, 2012-08-25).

posts:video: Fix 'extermal' and related typos

posts:socks: Fix 'SSH tunneled' -> 'SSH-tunneled'

gallery.py: Keyword text argument the directory-header crumbs

'Gallery' is the text, not the query, for that link ;).

gallery.py: Add a 'version' argument

With the 'version' action [1], instead of passing the version as an
argument to ArgumentParser (which was at one point supported in
Python, but I can't find the deprecation docs).

[1]: https://docs.python.org/3/library/argparse.html#action
[2]: https://docs.python.org/3/library/argparse.html#argparse.ArgumentParser

gallery.py: Shift urlencode into the _urllib_parse namespace for Python 2

In Python 3, both parse_qs and urlencode are in urllib.parse [1,2].
In Python 2, parse_qs is in urlparse and urlencode is in urllib [3,4].
Get consistent Python-3-compatible naming by stuffing urlencode into
our _urllib_parse namespace.

[1]: https://docs.python.org/2/library/urlparse.html#urlparse.parse_qs
[2]: https://docs.python.org/2/library/urllib.html#urllib.urlencode
[3]: https://docs.python.org/3/library/urllib.parse.html#urllib.parse.parse_qs
[4]: https://docs.python.org/3/library/urllib.parse.html#urllib.parse.urlencode

gallery.py: Use -b:a and -b:v

Avoiding:

  Please use -b:a or -b:v, -b is ambiguous

I'm not sure when the syntax changed, but this allows us to set the
target audio and video bandwidth independently.  The old -bt option is
gone since ffmpeg's 2c5168a (Remove bitrate tolerance from libx264
interface, 2010-11-11, [1]).

[1]: http://git.videolan.org/?p=ffmpeg.git;a=commit;h=2c5168afed8ddd798dae5909dba85ae3b611f894

mkogg.py: Fix '_mutagen_flag' -> '_mutagen_flac' typo

Obviously I haven't converted to FLAC recently ;).

posts:simple-servers: Fix 'incomming' -> 'incoming' typo

contact:pubkey.txt: Update with a new subkey (6DF2897C)

posts:harvest: Add a post on Harvest and hcl

posts:bugs: Record my Emacs XTerm version-detection patch

contact: Add my name to the contact page

And remove the other email addresses, now that tremily has been
working for a few years.

posts:package-cache: Add a homepage for my package-cache package

Also list it on the Gentoo-overlay page.

posts:salt-stack: Use rc-service and mention particular-id install

Also remove a tremily reference and replace it with the generic
example.net.

posts:x.509-certificates: Use --outfile with --generate-privkey

Instead of redirection.  This sets up restricted permissions
(-rw-------) automatically, even if you have a permissive umask.

posts:x.509-certificates: Fix 'directoy' -> 'directory' typo

posts:gentoo-overlay: Drop app-crypt/monkeysphere

It's landed upstream [1].

[1]: https://bugs.gentoo.org/show_bug.cgi?id=313253#c13

posts:docker: Link to LXC CONFIG_MEMCG fix

posts:bower: Add a post on Bower

posts:geopy: Update URL now that GeoPy has moved to GitHub

posts:jam: Discuss the user-facing JavaScript packager

posts:salt-stack: Add Salt post

posts:docker: Add a Docker blog post

gallery.py: Pass page data through .index()

Otherwise http://localhost:4000/?pp=2 will still get you the first
page.

gallery.py: Handle query and path separately for ._url()

This avoids computing a relpath for:

  /full/path/to/gallery?pp=2

from a base-path of:

  /full/path/to/gallery

and getting:

  ../gallery?pp=2

instead of the expected:

  ?pp=2

We could avoid this by using gallery/ in the first place, but keeping
query data as a dict until the last possible moment is also nice.

gallery: Use byte-compatible sys.stdout for CGI output

We're going to be writing bytes.  In Python 2 they should go to
sys.stdout, but in Python 3 they should go to sys.stdout.buffer.

gallery.py: Convert '--scgi' to '--mode=scgi' and add a 'wsgi' mode

This is useful for serving a one-off gallery when you don't want to
bother setting up a real frontend for the CGI servers.  We use the
ProcessingComplete exception to pass out the header OrderedDict for
start_response.

gallery.py: Rework headers to use an OrderedDict

This makes it easier to manipulate and access headers (e.g. to extract
the charset).  Also:

* Use CRLF line endings for headers [1], instead of our old LF.
* Encode text/ content to bytes (other content should already be in
  bytes) [2].  The encoding used for text/ content is configurable.

[1]: http://tools.ietf.org/html/rfc2616#section-6.1
[2]: http://www.python.org/dev/peps/pep-0333/#unicode-issues

gallery.py: Python-3-compatible integer division

Avoid:

  Traceback (most recent call last):
    …
    File "/.../gallery.py", line 610, in page
      self._page(path=file_path, stream=stream)
    File "/.../gallery.py", line 719, in _page
      gallery_page = '{}/?pp={:d}'.format(gallery, page + 1)
  ValueError: Unknown format code 'd' for object of type 'float'

gallery.py: Use HTTPError.content (not .message) for custom responses

.message should only hold the standard reason phrase from RFC 2616
[1].

[1]: http://tools.ietf.org/html/rfc2616#section-6.1

gallery.py: Python-3-compatible parse_qs import

Python 2's urlparse.parse_qs moved to urllib.parse.parse_qs in Python
3.

gallery.py: Use Python-3-compatible exception syntax

Avoid:

    File "/home/wking/bin/gallery.py", line 120
      except OSError, e:
                    ^
  SyntaxError: invalid syntax

gallery.py: Factor out page extraction to CGIGalleryServer.page_from_query

This reduces duplicated code.

gallery.py: Fix 'stream' -> 'output' typo in serve_scgi

This only gets hit for invalid URLs.

gallery.py: Update copyright for 2013

posts:ecryptfs: Add a post on eCryptfs usage

Covering both ~/Private and arbitrary directories.

monfold.sh: Use $(...) instead of `...` for command substitution

It's nestable [1], and it just looks nicer.

[1]: http://pubs.opengroup.org/onlinepubs/9699919799/utilities/V3_chap02.html#tag_18_06_03

monfold.sh: Use tabs instead of mixed tabs/spaces for indentation

Then folks can set the tab width to whatever they want and still get
indentation that makes sense.

monfold.sh: Use here-documents to write GPFILE

Instead of wasting a call to echo.  Here-documents are in POSIX [1].

[1]: http://pubs.opengroup.org/onlinepubs/9699919799/utilities/V3_chap02.html#tag_18_07_04

monfold.sh: Update inotify-tools link to GitHub URL

Don't just mention the Ubuntu package.

Also set the executable bit for this script.  We need Bash (and not a
generic POSIX shell) because of the process substitution:

  <(...)

feeding the while loop.

posts:comcast: Add an update on Comcast's port blocking

And clean up the old Comcast post.  The links are likely dead, but I
was able to rescue some of my old Liki notes.

posts:node: Add a post on Node and npm

beep.py: Fix tab -> spaces indentation

posts:dvd-backup: Fix "you're" -> "your" typo

posts:dvd-backup: Fix 'congfig' -> 'config' typo

posts:relative-submodules: Add a post promoting relative URLs

posts:relative-submodules: Add SVG exports of Dia graphics

posts:relative-submodules: Add Dia source for graphics

posts:open-hardware-analog-io: Add post on open analog I/O

Also update the open source force spectroscopy post to link to my
thesis.

posts:NOAA-charts: Add short post pointing to historicalcharts.noaa.gov

crunch.py: Extract unfolding frequency from unfold-protein curves

posts:open_physics_text: Fix "bureaucrat's" -> "bureaucrats" typo

posts:bugs: Mention when my SCons dir-lookup fix landed

posts:package_management: Add post following SWC discussion

contact:pubkey.txt: Update with a new subkey (1A3646ED)

posts:bibtex: Update with crossref ordering notes

Fool me once, shame on... shame on you.  Fool me... you can't get
fooled again.

posts:entrez: Link to BibTeX post

plotpick.py: Reroll around `picker` API and bump to version 0.3

plotpick.py: Force a redraw after changing the mouse-move crosshairs

There should be a way to just redraw the axes in question, but I'm not
sure what it is.

compare-unfold.py: Add --contact-slope and --output options

For more quantitative comparisons and easier automation respectively.

gyang_curve.py: Allow auxiliary files in the curve directory

I haven't bothered to trace this down to a particular version of the
LabVIEW VIs, but some of my archived experiments have the auxiliary
files in a 'params' subdirectory and some do not.  With this patch,
gyang_curve can successfully read both layouts.

posts:rss2email: Mention the rss2email project to raise visibility

In case anyone actually follows this blog ;).

posts:one-off-git-daemon: Add an --enable=receive-pack section

Also add headings for serving a single repository and serving a few
repositories, since with --enable=receive-pack the post was getting a
bit long for one section.

posts:nginx: Fix spawn-fcgi.fcgiwrap rc-update invocation

We need a four-space indent (not three) for Markdown <pre> blocks.
We're also using `#` to mark a root shell, so we don't need sudo.

posts:nginx: Export HOME=/ to spawn-fcgi process for gitweb

Since Git's 96b9e0e (config: treat user and xdg config permission
problems as errors, 2012-10-13), `git` dies with:

  fatal: unable to access '/root/.config/git/config': Permission denied

when it doesn't have access to the HOME directory where it think's its
config files are stored.  Running an strace shows:

  access("/root/.config/git/config", R_OK) = -1 EACCES (Permission denied)

Since this error is fatal, we need to set the HOME environment
variable to somewhere where the server process (the `nginx` user on my
box) *does* have access.  Regardless of the user, `HOME=/` should be
pretty safe ;).

git-grepall.sh: Add a script for grepping all local branches

Sometimes I have a lot of branches (e.g. per-assignment branches for a
single class, to support sharing work between assignments), and I
forget which feature is in which branch.  Now I can run:

  $ git-grepall.sh PATTERN

to search all the local branches.

pca.py: Update Newcastle SPSS link

The internet archive page appears to be gone (which is scary ;), but I
found a URL pointing to the current page, which has all the same
stuff.

pca.py: Add ability to drop columns (questions) from input data

pca.py: Add principal component analysis script

A good deal of this script is a huge docstring full of tests comparing
my analysis with other examples I found online.  You can run the
doctests with:

  $ python -m doctest pca.py

References:

Hervé Abdi.  Factor Rotations in Factor Analyses.  In: Lewis-Beck M.,
  Bryman, A., Futing T. (Eds.) (2003). Encyclopedia of Social Sciences
  Research Methods. Thousand Oaks (CA): Sage.
Trevor Park.  A Note on Terse Coding of Kaiser's Varimax Rotation
  Using Complex Number Representation.  (March 2003).
Andrew Wiesner's factor analysis notes.
Daniel Denis's factor analysis notes.  (2009).
Archived version of the University of Newcastle upon Tyne's "How to
  Perform and Interpret Factor Analysis using SPSS".  (November 2005).

posts:factor_analysis: Add a post on Factor Analysis

This is the statistical approach used to analyze Software Carpentry
surveys, so I've been figuring out how it works.

posts:catalyst: Link to HOWTO commit and fix 'amd64' -> 'x86'

posts:catalyst: Add post about building the SWC bootable ISO

posts:sympy: Add post demonstrating usage

posts:one-off-git-daemon: Add a git://192.168.1.2/ example

Sometimes requiring a project name is not useful (e.g. all students
are sharing the same project).

posts:bugs: Mention comments on Python's #9263

This came up while digging into an rss2email report by Dmitry Bogatov
[1].

[1]: http://article.gmane.org/gmane.mail.rss2email/13
     http://article.gmane.org/gmane.mail.rss2email/14

posts:bugs: Update URL for my utf_8 iText patch

The original patch page is gone, but the change has been accepted
upstream via the itext-questions@ list.

posts:bugs: Mention my Gnuplot '<&n' file descriptor patch

Now accepted :).  Thanks Ethan!

posts:One-off_Git_daemon: Add post describing ad-hoc usage

mw2txt.py: Update to version 0.2 (mostly Python 3 conversion)

Also:
* Use logging module instead of `if debug: print(...)`.
* Rework coloring to work with a logger (e.g. don't print debugging
  info directly to stdout).
* Upgrade from optparse to argparse.
* Add --verbose argument.

pdf-merge.py: Bump to version 0.3

Changes since 0.2:

77a9ba6 pdf-merge.py: Upgrade to Python 3.x
0c3b4c3 pdf-merge.py: Add KEYWORD metavar for --keyword.
8003741 pdf-merge.py: Add -v/--version option
8966242 pdf-merge.py: Fix 'perserving' -> 'preserving' typo in module doctest
5cef5f7 pdfmerge.py: Bump copyright year
71c7be5 pdf-merge.py: Update dump parser for pdftk v1.45
c75bc05 Add `--pdfmarks` option to pdf-merge.py.
abdbff4 Remove `[:-len('&#0;')]` from Unicode parsing of pdftk output in pdf-merge.py.
8efa8f6 Credit Larry Cai <larry.caiyu@gmail.com> for suggesting Unicode handling.

pdf-merge.py: Upgrade to Python 3.x

This probably breaks Python 2.x support.  If you can't upgrade your
Python implementation, you'll have to stick to older versions of this
script.

pdf-merge.py: Add KEYWORD metavar for --keyword.

This should make the `--keyword KW1 --keyword KW2 ...` usage more
obvious.

pdf-merge.py: Add -v/--version option

pdf-merge.py: Fix 'perserving' -> 'preserving' typo in module doctest

pdfmerge.py: Bump copyright year

pdf-merge.py: Update dump parser for pdftk v1.45

On Tue, Jan 29, 2013 at 08:15:57AM -0800, Tsung-Han Yang wrote:
> I've attached the dumpdata message. I've just installed pdftk on
> windows yesterday. I've attached the diff file with -u, too.
> ...
> It looks like my pdf has some metadata like "InfoBegin" without ":"
> in the line.

The new lines in the dump are due to the addition of m_begin_mark in
pdftk between v1.44.1 and v1.45:

Sid Stewart wrote:
> Added record delimiters to dump_data output to help make parsing
> more reliable.

posts:mutt-ldap: Add title, README link, and PiPI tag.

posts:mutt-ldap: Mention Wade and Niels and add tags

mutt-ldap.py: Pulled out into its own repository

script-publish.py: Fix double-spacing in <pre> by removing \n

This makes the HTML less readable, but it's not worth the trouble to
make these HTML-readability endlines optional.

script-publish.py: Don't print raw strings to the log

Print their repr() instead, since the strings may contain funky
characters and missed control codes.

script-publish.py: Add DOCTYPE and <meta charset="..." />

<meta charset="..." /> is new in HTML5.

script-publish.py: More newlines in the output HTML source

These newlines don't affect the rendered HTML, but they make the HTML
source more readable.  The `previous_tail` bit keeps unstyled text
from clobbering newlines that were attached to a preceding <br />.