Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-setup-installation-test into assembled

* 'namespaced' of git://tremily.us/swc-setup-installation-test:
  swc-installation-test-2.py: Bump minimum IPython version to 1.0
  README.md: Convert 'boot camp' -> 'workshop'

Merge branch 'namespaced-python' of git://tremily.us/swc-setup-windows-installer into assembled

setup/windows-installer: Bump to v0.1

Significant changes:

* Convert back from POSIX to Python [1]
* Quote $PATH export to account for spaces
* Install nano source syntax highlighters
* Install the sqlite3 shell
* Look for an R bin directory and add it to the PATH
* Add a README and COPYING metadata
* Add --verbose and --version options

* 'namespaced-python' of git://tremily.us/swc-setup-windows-installer: (23 commits)
  swc-windows-installer.py: Add --version and start with 0.1
  swc-windows-installer.py: Search ProgramW6432 and ProgramFiles(x86)
  swc-windows-installer.py: Add missing space to 'c:\ProgramFiles'
  swc-windows-installer.py: Set default logging level to INFO
  Fix 'Add' -> 'Adds' to match 'The script' lead-in
  README.md: Copy the docstring into a README
  swc-windows-installer.py: Fix 'swc_windows_installer.py' -> hyphens
  swc-windows-installer.py: Change '~/nano.rc' to 'a ~/nano.rc'
  swc-windows-installer.py: Canonical SQLite capitalization
  COPYING: Add the full text of the MIT license
  swc-windows-installer.py: Add logging
  swc-windows-installer.py: Link to msysGit releases on GitHub
  swc-windows-installer.py: Standardize on 'msysGit' capitalization
  swc-windows-installer.py: Look for an R bin directory
  Add indication that the Windows installer is running
  swc-windows-installer.py: Install the sqlite3 shell
  swc-windows-installer.py: Generalize msysGit download link
  swc-windows-installer.py: Force UNIX-style \n line endings for ~/nano.rc
  swc-windows-installer.py: Use POSIX paths for ~/nano.rc
  swc-windows-installer.py: Use '~' in ~/nano.rc includes
  ...

[1]: https://github.com/swcarpentry/bc/issues/424

Merge branch 'master' into namespaced-python

10682b9 (swc-windows-installer.py: Add --version and start with 0.1)
is the last commit in the python branch that landed in v0.1.
Significant changes:

* Add a README and COPYING metadata
* Add a --version option

* master:
  swc-windows-installer.py: Add --version and start with 0.1
  swc-windows-installer.py: Search ProgramW6432 and ProgramFiles(x86)
  swc-windows-installer.py: Add missing space to 'c:\ProgramFiles'
  swc-windows-installer.py: Set default logging level to INFO
  Fix 'Add' -> 'Adds' to match 'The script' lead-in
  README.md: Copy the docstring into a README
  swc-windows-installer.py: Fix 'swc_windows_installer.py' -> hyphens
  swc-windows-installer.py: Change '~/nano.rc' to 'a ~/nano.rc'
  swc-windows-installer.py: Canonical SQLite capitalization
  COPYING: Add the full text of the MIT license

Merge branch 'master' into namespaced

* master:
  swc-installation-test-2.py: Bump minimum IPython version to 1.0

swc-installation-test-2.py: Bump minimum IPython version to 1.0

I see the README recommends IPython >= 1.0 [1], but this script was
only looking for >= 0.13.  The busy bees at IPython have recently cut
2.3.0 (2014-10-01 [2]).  IPython 2.x has a bunch of changes including
deprecating the file/ prefix for local files [3] and adding a modal
interface [4].  I asked for feedback on what versions we were
supporting, and got this from Matt [5]:

On Thu, Sep 18, 2014 at 11:40:04AM -0700, Matt Davis wrote:
> I just did a quick check of opening a 2.2 made notebook with IPython
> 1.1 and it worked fine. There were some new features in IPython 2
> like notebook signing and the idea of "trusted" notebooks, but the
> format seems to be compatible with IPython 1.

So this commit bumps the minimum version to 1.0.  We'll revisit this
compatibility after the IPython folks cut 3.0.

[1]: https://github.com/swcarpentry/bc/blob/v2014.06/README.md#faq
[2]: https://pypi.python.org/pypi/ipython/2.3.0
[3]: http://ipython.org/ipython-doc/dev/whatsnew/version2.0.html#directory-navigation
[4]: http://ipython.org/ipython-doc/dev/whatsnew/version2.0.html#modal-user-interface
[5]: https://github.com/swcarpentry/bc/issues/724#issuecomment-56083316

swc-windows-installer.py: Add --version and start with 0.1

Since we're decoupling these scripts (and any installers derived from
them) from the per-workshop repository, it's good to have an easy way
for folks to see which version they're dealing with.

swc-windows-installer.py: Search ProgramW6432 and ProgramFiles(x86)

It turns out that the 'ProgramFiles' environment variable is set
differently depending on the architecture of process in question.  To
always get the 32-bit x86 version, you should use 'ProgramFiles(x86)'
[1].  To always get the 64-bit amd64 version, you should use
'ProgramW6432' [2].

To be safe, and support both 32- and 64-bit Windows installs, just
search everything that could be relevant.  Prefer 64-bit locations
(when we have any).

[1]: http://technet.microsoft.com/en-us/library/cc749104%28v=ws.10%29.aspx
     Recognized Environment Variables
     ...
     CSIDL_PROGRAM_FILES  Version 5.0. The Program Files folder.
                          A typical path is C:\Program Files.
     ...
     PROGRAMFILES         Same as CSIDL_PROGRAM_FILES.
     PROGRAMFILES(X86)    Refers to the C:\Program Files (x86) folder on
                          64-bit systems.

[2]: http://msdn.microsoft.com/en-us/library/windows/desktop/aa384274%28v=vs.85%29.aspx#Environment_Variables
     WOW64 Implementation Details
     ...
     64-bit process:
        ProgramFiles=%ProgramFiles%
        ProgramW6432=%ProgramFiles%
     32-bit process:
        ProgramFiles=%ProgramFiles(x86)%
        ProgramW6432=%ProgramFiles%

     The ProgramW6432 and CommonProgramW6432 environment variables
     were added starting with Windows 7 and Windows Server 2008 R2.

swc-windows-installer.py: Add missing space to 'c:\ProgramFiles'

This is the default for when ProgramFiles isn't set.  Windows
operating systems should always have that environment variable set, so
the default is probably only useful when you're testing the script on
a non-Windows system.

swc-windows-installer.py: Set default logging level to INFO

And add the other levels as --verbose choices, even though we
currently only use LOG.info and LOG.debug.  Many *nix commands are
silent by default and have options for increasing the verbosity, but
Ethan points out that we should probably default to the setting that
makes the most sense for new users.

Fix 'Add' -> 'Adds' to match 'The script' lead-in

"The script adds ..." reads better.

README.md: Copy the docstring into a README

And add Markdown links for all the packages we reference.  This gives
folks hitting the repository a more traditional welcome.

swc-windows-installer.py: Fix 'swc_windows_installer.py' -> hyphens

Match our local script name in the instruction comment.

swc-windows-installer.py: Change '~/nano.rc' to 'a ~/nano.rc'

I think the comment reads more clearly with the article.

swc-windows-installer.py: Canonical SQLite capitalization

We might as well match the upstream capitalization conventions.

COPYING: Add the full text of the MIT license

Downloaded from http://opensource.org/licenses/mit-license.html, with
the year from our first commit and a generic author identifier.  For a
full list of copyright holders, see the version control history.

Merge branch 'master' into namespaced

After some time on the fence, the main SWC repository has returned to
the Python version of this script [1].  This catches the namespace
branch up with everything that's happened along that line of
development since the initial shell work.

[1]: https://github.com/swcarpentry/bc/pull/480

* master:
  swc-windows-installer.py: Add logging
  swc-windows-installer.py: Link to msysGit releases on GitHub
  swc-windows-installer.py: Standardize on 'msysGit' capitalization
  swc-windows-installer.py: Look for an R bin directory
  Add indication that the Windows installer is running
  swc-windows-installer.py: Install the sqlite3 shell
  swc-windows-installer.py: Generalize msysGit download link
  swc-windows-installer.py: Force UNIX-style \n line endings for ~/nano.rc
  swc-windows-installer.py: Use POSIX paths for ~/nano.rc
  swc-windows-installer.py: Use '~' in ~/nano.rc includes
  swc-windows-installer.py: Rename ~/.nanorc to ~/nano.rc
  swc-windows-installer.py: Install nano source syntax highlighters
  swc-windows-installer.py: Quote $PATH export to account for spaces.

swc-windows-installer.py: Add logging

The more light we can shine on the process, the more accessible it
will be to the students :).  And the easier it will be to debug for
the helpers ;).

swc-windows-installer.py: Link to msysGit releases on GitHub

I think this is the last bit of the old Google Code infrastructure
that was left to transition.

swc-windows-installer.py: Standardize on 'msysGit' capitalization

That's what the project uses for itself.

swc-windows-installer.py: Look for an R bin directory

On Thu, May 15, 2014 at 08:07:19PM -0700, Ethan White wrote:
> Problem: R is not added to the Windows' path when it is
> installed. This means that any workshops that use R from the command
> line will run into problems (as we did at the first Data Carpentry
> workshop).
>
> Solution: Add R to the path using our Windows' installer.
>
> Challenges: Just to make @wking's life exciting, R's path varies
> depending on the version. The standard path is `C:\Program
> Files\R\R-x.x.x\bin\` where `x.x.x` is the version number of the
> installed version of R.

Add indication that the Windows installer is running

The Windows installer opens a shell while running. This adds some
text to that shell so that it is clear that something is happening.

Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-version-control-git into assembled

* 'namespaced' of git://tremily.us/swc-version-control-git:
  cheat-sheet.md: Mention the default root for 'git branch ...'
  cheat-sheet.md: Explicitly list the branch to push

Merge branch 'master' into namespaced

* master:
  cheat-sheet.md: Mention the default root for 'git branch ...'
  cheat-sheet.md: Explicitly list the branch to push

cheat-sheet.md: Mention the default root for 'git branch ...'

From git-branch(1):

  git branch [options] <branchname> [<start-point>]

cheat-sheet.md: Explicitly list the branch to push

With Git 2.0, the default push strategy changed to 'simple', only
pushing the current branch.  However, for backwards compatibility and
general explicit-ness, it's better to list the refs you're pushing
anyway.

Merge branch 'master' into namespaced

* master:
  README.md: Convert 'boot camp' -> 'workshop'

README.md: Convert 'boot camp' -> 'workshop'

Following Amy Brown's [1]:

> We borrowed the "bootcamp" terminology from Hacker Within and also
> various fitness training camps, but as we branch out into parts of
> the world with a more violent recent history I'm less comfortable
> with the term.

The consensus on that issue was to change back to our old 'workshop'
terminology.  The swcarpentry/bc repository hasn't made the shift yet,
but there's no reason I can't embrace the future here ;).

[1]: https://github.com/swcarpentry/bc/issues/240

swc-windows-installer.py: Install the sqlite3 shell

On Thu, Apr 03, 2014 at 09:38:38AM -0700, Ethan White wrote:
> Some instructors like to teach `sqlite` from the command
> line. Therefore we should have the Windows installer handle
> downloading, installing and adding sqlite3 to the path.

The novice/sql lessons currently revolve around some IPython magic,
but even they use the SQLite shell to do the initial database setup
[1].  The SQLite shell has also seen a bit more developer time than
our one-off magic [2], so it's probably more robust ;).

I've installed this in it's own directory (rather than just dumping it
into ~/.swc/bin), because zip_install uses the existence of
${INSTALL_DIRECTORY} to decide whether or not the installation has
already happened.  create_nosetests_entry_point will have already
created ${BIN_DIR}, so we need to use a different target directory for
SQLite.  We could also flip the order and run install_sqlite first,
but that doesn't scale well if we install more packages in the future,
and it's easier to keep the installs separate and keep adding to the
path.

[1]: https://github.com/swcarpentry/bc/blob/1aa0799ac6a48e9815d50bf2f49171b9eb5bf6d4/novice/sql/README.txt#L8
[2]: https://github.com/swcarpentry/bc/blob/1aa0799ac6a48e9815d50bf2f49171b9eb5bf6d4/novice/sql/sqlitemagic.py

swc-windows-installer.py: Generalize msysGit download link

SWC's current setup instructions use both "Git for Windows" and "Git
Bash" [1].  They link to the Git for Windows installer [2] and not the
msysGit installer [3].  Since SWC has Make lessons [4], I think it
makes more sense to have students installing msysGit (which has Make
[5]) than to have them install Git for Windows (which does not have
Make [6]).

However, none of this matters for *this* Windows installer.  Because
this script works with both the full msysGit and the minimal Git for
Windows, I'm sticking to msysGit (the more generic project name), and
generalizing the suggested link to
http://code.google.com/p/msysgit/downloads/list.

[1]: https://github.com/swcarpentry/bc/blob/5c26313b0525e9d0b911d9558592a9e33cd03c1e/_includes/setup.html#L86
[2]: http://code.google.com/p/msysgit/downloads/list?q=full+installer+official+git
[3]: http://code.google.com/p/msysgit/downloads/list?q=installer+hack+on+git
[4]: https://github.com/swcarpentry/bc/tree/master/intermediate/make
[5]: https://github.com/msysgit/msysgit#the-build-environment
[6]: https://github.com/msysgit/msysgit#the-relationship-between-msysgit-and-git-for-windows

Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-setup-windows-installer into assembled

* 'namespaced' of git://tremily.us/swc-setup-windows-installer:
  swc-windows-installer.sh: Use '~' in ~/nano.rc includes
  swc-windows-installer.sh: Rename ~/.nanorc to ~/nano.rc

swc-windows-installer.py: Force UNIX-style \n line endings for ~/nano.rc

On Thu, Mar 13, 2014 at 03:37:12AM -0700, Ethan White wrote [1]:
> We now have a line ending issue resulting in:
>
>     Error reading /cygdrive/c/Users/...
>
> This is fixed by running `dos2unix` on the resulting nano.rc.

This is also mentioned in the nano FAQ [2]:

> Note that the nano.rc file must remain Unix formated in order for
> nano to unerstand it.

Since Python 3.0 and PEP 3116, Python's open() has taken a 'newline'
argument that allows you to override the default line separator for a
particular file [3,4].  However, Python 2.x does not support that
argument [5].  This commit adds a local 'open3' which uses a terrible
hack of a wrapper on Python 2 to fake that support.  It opens the file
in binary mode, and takes advantage of Python 2's lack of distinction
between str and bytes to treat the \n-terminated strings as the raw
binary output.  That's going to crash and burn if you have any
non-ASCII characters in the output content, but we explicitly set all
the components in our relative include_path, so that shouldn't be a
problem.

Another side effect of binary-mode is that we are going to get
ASCII-encoded output, not output encoded in the user's preferred
encoding (locale.getpreferredencoding [3,6]).  That's unfortunate,
because nano does the right thing and uses your locale to decode input
(at least for UTF-8 locales [7], presumably including your nano.rc
file).

[1]: https://github.com/swcarpentry/bc/pull/357#issuecomment-37518899
[2]: http://www.nano-editor.org/dist/v2.2/faq.html#3.9.1
[3]: http://docs.python.org/3/library/functions.html#open
[4]: http://legacy.python.org/dev/peps/pep-3116/
[5]: http://docs.python.org/2/library/functions.html#open
[6]: http://docs.python.org/2/library/stdtypes.html#file.encoding
[7]: http://www.nano-editor.org/dist/v2.2/faq.html#5.3

swc-windows-installer.py: Use POSIX paths for ~/nano.rc

On Wed, Mar 12, 2014 at 06:34:43PM -0700, Ethan White wrote [1]:
> The bash script in #228 is now working properly, but the Python
> script is still failing. It reports errors like:
>
>     Error reading ~\.swc\share\nanorc\doc\syntax\python.nanorc
>
> The obvious difference is that the nano.rc files produced by the
> bash script have `/` for paths for the includes, but the Python
> script produces includes that use `\`.

[1]: https://github.com/swcarpentry/bc/pull/357#issuecomment-37491038

Merge branch 'master' into namespaced

* master:
  swc-windows-installer.sh: Use '~' in ~/nano.rc includes
  swc-windows-installer.sh: Rename ~/.nanorc to ~/nano.rc

swc-windows-installer.sh: Use '~' in ~/nano.rc includes

On Wed, Mar 12, 2014 at 04:44:31PM -0700, Ethan White wrote [1]:
> Got it. We just need to change the `/c/Users/River/` in the include
> statements to `~/` and everything works great!

I also replaced an:

  if [ ... ]

condition with:

  if test ...

to match the rest of the script.

The underscore prefixes in the string-equality test are to avoid miss
interpretation in the pathological case that RCPATH starts with '!' or
some such.  It's hard to imagine how this could happen with the
current script, but... safety first ;).

[1]: https://github.com/swcarpentry/bc/pull/357#issuecomment-37483149

swc-windows-installer.py: Use '~' in ~/nano.rc includes

On Wed, Mar 12, 2014 at 04:44:31PM -0700, Ethan White wrote [1]:
> Got it. We just need to change the `/c/Users/River/` in the include
> statements to `~/` and everything works great!

[1]: https://github.com/swcarpentry/bc/pull/357#issuecomment-37483149

swc-windows-installer.py: Rename ~/.nanorc to ~/nano.rc

The nano FAQ hints that this is the prefered path on MS Windows [1],
and Ethan White confirmed it in testing [2].

[1]: http://www.nano-editor.org/dist/v2.2/faq.html#3.9.1
[2]: https://github.com/swcarpentry/bc/pull/357#issuecomment-37482899

swc-windows-installer.sh: Rename ~/.nanorc to ~/nano.rc

The nano FAQ hints that this is the prefered path on MS Windows [1],
and Ethan White confirmed it in testing [2].

[1]: http://www.nano-editor.org/dist/v2.2/faq.html#3.9.1
[2]: https://github.com/swcarpentry/bc/pull/357#issuecomment-37482899

Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-sql into assembled

* 'namespaced' of git://tremily.us/swc-sql: (24 commits)
  sql: Add sql namespacing
  *.ipynb: Use absolute URLs to link to the glossary
  index.md: Remove YAML front-matter
  Remove novice/sql namespace
  Reorganizing material to put novice + intermediate at top level
  Preparing material for Version 5 novice release
  Fixing data type error in SQL creation
  Switching to triple-tilde in Markdown code blocks in IPython Notebooks
  Resizing bounding boxes of SVGs (manually, since LibreOffice doesn't do it)
  Adding diagrams to novice SQL lessons
  Notes on what diagrams need to be drawn
  Switching to numbered list for lesson links in index files
  Filling in another 40-odd glossary entries
  Filling in glossary entries
  SQL reference sheet
  Updating SQL notes and guide
  Instructor's guide for Python
  Instructor's guide for SQL
  Updating index files
  Modfiying links to glossary in notebook files
  ...

sql: Add sql namespacing

This matches the namespacing used in the boot-camp assembly [1].  We
want the cleanups from the master branch (no YAML front-matter, and
external glossary links) because the boot-camp repository doesn't yet
have any of that global stuff.

[1]: http://git.tremily.us/?p=swc-boot-camp.git;a=commit;h=d062a622e937bc3127c39fdb3ddcbc63febd5d3f

*.ipynb: Use absolute URLs to link to the glossary

SWC has a single, global glossary [1], not per-subject glossaries.
Because this per-subject branch no longer contains the global
glossary, we need to adjust the links to point at an external
glossary.  Done automatically with:

  $ sed -i 's|\.\./\.\./gloss.html|https://github.com/swcarpentry/bc/blob/master/gloss.md|g' *.ipynb

[1]: https://github.com/swcarpentry/bc/blob/master/gloss.md

index.md: Remove YAML front-matter

We're not building this stand-alone lesson as part of a larger Jekyll
site, so remove the YAML front-matter [1].

[1]: http://jekyllrb.com/docs/frontmatter/

Remove novice/sql namespace

Now that these lessons are in a single branch, the extra namespacing
is no longer needed.

Reorganizing material to put novice + intermediate at top level

W. Trevor King: I removed everything from the original b8c7dc3 [1]
except the sql/novice -> novice/sql migration.

[1]: https://github.com/swcarpentry/bc/commit/b8c7dc3b75002b898f26df551a2c646d78e3aaca

Preparing material for Version 5 novice release

W. Trevor King: I removed everything except the sql/novice changes
from the original b66851c [1].

[1]: https://github.com/swcarpentry/bc/commit/b66851c2b765440e5c7ccb23383aff15eec31ff2

Fixing data type error in SQL creation

Switching to triple-tilde in Markdown code blocks in IPython Notebooks

W. Trevor King: I removed everything except the sql/novice changes
from the original c6e5b9c [1].

[1]: https://github.com/swcarpentry/bc/commit/c6e5b9cb15e259680e413f289d9bb96c538e7ffd

Resizing bounding boxes of SVGs (manually, since LibreOffice doesn't do it)

W. Trevor King: I removed everything except the sql/novice changes
from the original aa7606e [1].

[1]: https://github.com/swcarpentry/bc/commit/aa7606eb73d0d13b4ba7e9025944418f380544cd

Adding diagrams to novice SQL lessons

Notes on what diagrams need to be drawn

W. Trevor King: I removed everything except the sql/novice changes
from the original bc83c3f [1].

[1]: https://github.com/swcarpentry/bc/commit/bc83c3fe35ea0b153df6f330aa8ca23748b78cfc

Switching to numbered list for lesson links in index files

W. Trevor King: I removed everything except the sql/novice changes
from the original 7cd5ffa [1].

[1]: https://github.com/swcarpentry/bc/commit/7cd5ffafd7ba229d21aad44796b22146fec5054c

Filling in another 40-odd glossary entries

W. Trevor King: I removed everything except the sql/novice changes
from the original ff40e98 [1].

[1]: https://github.com/swcarpentry/bc/commit/ff40e989b920234e6ed8cdae6344d9898e2a3005

Filling in glossary entries

W. Trevor King: I removed everything except the sql/novice changes
from the original 20d3384 [1].

[1]: https://github.com/swcarpentry/bc/commit/20d33848883b620ef2e948e12c15e0bfc8ed3660

SQL reference sheet

Updating SQL notes and guide

Instructor's guide for Python

W. Trevor King: I removed everything except the sql/novice changes
from the original c963afa [1].

[1]: https://github.com/swcarpentry/bc/commit/c963afa71ba3a7eacada0ff5b4db6dc4f2295e81

Instructor's guide for SQL

Updating index files

W. Trevor King: I removed everything except the sql/novice changes
from the original b23e277 [1].

[1]: https://github.com/swcarpentry/bc/commit/b23e2772153844b1d8e1ee09b439653847a05ede

Modfiying links to glossary in notebook files

W. Trevor King: I removed the python/ changes from the original
bac4388 [1] as I try to isolate the SQL section.

[1]: https://github.com/swcarpentry/bc/commit/bac43889abf296672bb1dc018bcd8b53eb18dc9f

Cleaning up before submitting pull request

1. Filled in 'group by'.
2. Put data hygiene in discussion of joins.
3. Got rid of 'next steps' sections.

More database lessons for novices.  To do:
*   `group by` in aggregation
*   data hygiene
*   explain the `%%sqlite` magic

First three lessons on SQL for beginners

Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-setup-windows-installer into assembled

* 'namespaced' of git://tremily.us/swc-setup-windows-installer:
  swc-windows-installer.sh: Install nano source syntax highlighters

swc-windows-installer.py: Install nano source syntax highlighters

Make writing Python source code (and a number of other languages) a
bit more exciting for the eyes and easier on the brain by coloring
strings, comments, and such.

We need to install the source tarball because the compiled zip doesn't
include the syntax highlighting scripts.  To make that easier, I've
extracted out the download / hash-check functionality into a new
download(), which I use in both the old zip_install() and the new
tar_install().  If the user doesn't have an existing ~/.nanorc, we
populate it by adding 'include' options for each of the syntax files
in the Nano tarball.  If they do have an existing ~/.nanorc, I assume
they know what they're doing ;).

The default '*' compression is for transparent detection [1], but you
can override it to explicitly select the compression type if you like.

There's a bit of ugliness to work around the lack of a
--strip-components analog in TarFile.extractall [2].  Instead, we
iterate over the TarInfo members and strip leading components from
their 'name' by hand [3].

[1]: http://docs.python.org/3/library/tarfile.html#tarfile.open
[2]: http://docs.python.org/3/library/tarfile.html#tarfile.TarFile.extractall
[3]: http://docs.python.org/3/library/tarfile.html#tarfile.TarInfo.name

Merge branch 'master' into namespaced

* master:
  swc-windows-installer.sh: Install nano source syntax highlighters

swc-windows-installer.sh: Install nano source syntax highlighters

Make writing Python source code (and a number of other languages) a
bit more exciting for the eyes and easier on the brain by coloring
strings, comments, and such.

We need to install the source tarball because the compiled zip doesn't
include the syntax highlighting scripts.  To make that easier, I've
extracted out the download / hash-check functionality into a new
download(), which I use in both the old zip_install() and the new
tar_install().  If the user doesn't have an existing ~/.nanorc, we
populate it by adding 'include' options for each of the syntax files
in the Nano tarball.  If they do have an existing ~/.nanorc, I assume
they know what they're doing ;).

swc-windows-installer.py: Quote $PATH export to account for spaces.

Many people have spaces in their Windows user names, leading to
trouble with an unquoted $PATH export.  This file now quotes the $PATH
addition accordingly.

Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-setup-windows-installer into assembled

Merge branch 'master' into namespaced

* master:
  swc-windows-installer.sh: Convert script from Python to POSIX shell

Conflicts:
setup/windows-installer/swc-windows-installer.py

swc-windows-installer.sh: Convert script from Python to POSIX shell

On Mon, Jan 13, 2014 at 05:49:51AM -0800, Aron Ahmadia wrote:
> We currently have an installer that handles the issue of installing
> `nano` into msysgit for use with Git: ...
>
> This currently doesn't help for bootcamps where Python is not
> installed, so it would be handy to have a version of this that
> doesn't rely on a Python install.

POSIX shell, because an interpreted language from 1977 [1] is more
widely supported than an interpreted language from 1991 [2].  It looks
like the default msysGit install sets up the right double-click magic
too:

On Mon, Jan 13, 2014 at 10:03:24AM -0800, Ethan White wrote:
> Will a POSIX version run by simply double clicking the file?

On Mon, Jan 13, 2014 at 10:25:33AM -0800, Ethan White wrote:
> Just checked this on my Windows machine and it actually seems to
> work automatically as long as GitBash is installed and the file has
> a .sh extension. So POSIX away.

[1]: http://en.wikipedia.org/wiki/Bourne_shell
[2]: http://en.wikipedia.org/wiki/Python_language

Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-setup-installation-test into assembled

* 'namespaced' of git://tremily.us/swc-setup-installation-test:
  swc-installation-test-2.py: Prefer pip to easy_install

Merge branch 'master' into namespaced

* master:
  swc-installation-test-2.py: Prefer pip to easy_install

swc-installation-test-2.py: Prefer pip to easy_install

For virtual-pypi-installer.  easy_install is part of Setuptools [1],
which was dead for several years.  The Distribute fork took over, but
has since been merged back into a revitalized Setuptools (since
Setuptools v0.7 [2], tagged on 2013-06-02 [3]).  Pip >= v1.4 actually
requires a modern Setuptools, not Distribute [4].  Pip also improves
on easy_install [5], which does not currently support uninstalling
packages [6].

[1]: http://pythonhosted.org/setuptools/
[2]: http://pythonhosted.org/distribute/
[3]: https://bitbucket.org/pypa/setuptools/commits/tag/0.7
[4]: http://www.pip-installer.org/en/latest/installing.html#id6
[5]: http://www.pip-installer.org/en/latest/other-tools.html#easy-install
[6]: http://pythonhosted.org/setuptools/easy_install.html#uninstalling-packages

Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-version-control-git into assembled

* 'namespaced' of git://tremily.us/swc-version-control-git:
  cheat-sheet.md: Fix 'Incorperate' -> 'Incorporate' typo

Merge branch 'master' into namespaced

* master:
  cheat-sheet.md: Fix 'Incorperate' -> 'Incorporate' typo

cheat-sheet.md: Fix 'Incorperate' -> 'Incorporate' typo

Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-setup-windows-installer into assembled

* 'namespaced' of git://tremily.us/swc-setup-windows-installer:
  swc-windows-installer.py: Use regular expressions to POSIX-ify paths
  swc-windows-installer.py: Only create the python-scripts dir if it doesn't exist
  swc-windows-installer.py: Split out zip_install into its own function

Merge branch 'master' into namespaced

* master:
  swc-windows-installer.py: Use regular expressions to POSIX-ify paths
  swc-windows-installer.py: Only create the python-scripts dir if it doesn't exist
  swc-windows-installer.py: Split out zip_install into its own function

swc-windows-installer.py: Use regular expressions to POSIX-ify paths

On a Windows 7 SP1 box with Python 2.7.3:

  >>> import os.path
  >>> os.path.expanduser('~')
  'c:/Users/JohnDoe'

That wasn't matching the previous POSIX-ification patterns, which
assumed the drive prefix would be uppercase (C:).  Now we use a
regular expression to match both cases.

swc-windows-installer.py: Only create the python-scripts dir if it doesn't exist

os.makedirs, unlike 'mkdir -p', errors if the target directory already
exists [1,2].

[1]: http://docs.python.org/2/library/os.html#os.makedirs
     "Raises an error exception if the leaf directory already exists
     or cannot be created"
[2]: http://docs.python.org/3/library/os.html#os.makedirs
     "If exist_ok is False (the default), an OSError is raised if the
     target directory already exists."

swc-windows-installer.py: Split out zip_install into its own function

This makes it easy to install other packages besides nano.  I've also
added SHA1 checks to avoid installing packages that don't match the
expected hash.  This lets us trust ZipFile.extractall instead of
extracting from a hard-coded list of approved files.

Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-version-control-git into assembled

# By Matt Davis
* 'namespaced' of git://tremily.us/swc-version-control-git:
  git -> Git where appropriate

Merge branch 'master' into namespaced

* master:
  git -> Git where appropriate

git -> Git where appropriate

W. Trevor King: The conflicts with the original f3bc1dd [1] were
trivial, involving the YAML front matter introduced by 208c61f (Add
header material and author to git and GitHub lesson, 2013-11-06).  I
haven't included 208c61f in this history because:

* This Markdown source is not necessarily destined for Jekyll.
* The author information is clear from the Git history, and explicit
  author listings in text itself are hard to keep up to date.

[1]: https://github.com/swcarpentry/bc/pull/133

Conflicts:
instructor.md

Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-version-control-git into assembled

* 'namespaced' of git://tremily.us/swc-version-control-git:
  README.md: Update link to SWC contributing page

Merge branch 'master' into namespaced

* master:
  README.md: Update link to SWC contributing page

README.md: Update link to SWC contributing page

Catch up with the swcarpentry/website -> swcarpentry/site transition,
specifically 86ba191 (Replaced contributing.html page with contrib/
directory containing separate pages for different ways to contribute,
2013-08-22).

Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-setup-windows-installer into assembled

* 'namespaced' of git://tremily.us/swc-setup-windows-installer:
  swc-windows-installer.py: Restore nose entry point

Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-modular-shell-genotype into assembled

Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-modular-shell-dictionary into assembled

Merge branch 'namespaced' of git://tremily.us/swc-modular-shell-hearing into assembled

Avoid problems due to the shared history of swc-modular-shell,
swc-modular-shell-hello, and swc-modular-shell-hearing by restoring
the subject-level files and hello script removed in
swc-modular-shell-hearing:

  $ git checkout HEAD -- modular/shell/{README.md,cheat-sheet.md,instructor.md,exercises/hello/hello}

before commiting the merge.

Conflicts:
modular/shell/cheat-sheet.md
modular/shell/exercises/hello/hello

Merge branch 'master' into namespaced

I added modular/shell/exercises/hearing/ namespacing and squashed that
into the merge.

* master: (90 commits)
  Changing 'git clone' URL in shell README to the read-only git:// URL.
  Fix shell header
  Added some words about the history command and bang-history # direct access.
  Fix old typo on file size.
  Clean up ambiguity between file and filename.
  There is no executable in the boot-camps directory - need to cd to shell dir first.
  remove some spaces getting in the way of bold
  Seem to have the tables figured out - they need a header - annoying
  Can we get some documentation on tables
  A few more changes to be consistent and clear.
  Some formatting and flow changes:
  Update shell/Readme.md
  Update shell/Readme.md
  Update shell/Readme.md
  shell/Readme.md: Fix 'swsc' -> 'swc' typo
  shell/Readme.md: Use USERNAME and YYYY-MM-PLACE in git clone instructions
  fixed links
  shell/Readme.md: use explicit URL (with https://)
  Conversion of all rst to corresponding markdown files
  removed references to 2013-01-chicago (those became YYYY-MM-PLACE) and thehackerwithin (those became USERNAME).
  ...

modular/shell: Start reorganizing the shell material

Mostly split the examples out into their own directories with READMEs,
but there was a lot of editing to partially convert the long-form
notes into a condensed instructor.md targeted at instructors.  I've
gotten to the pipes section and run out of steam.  Erik may be taking
over the rest of the rewrite...

W. Trevor King: I dropped everything from the original 7ba5e9d except
for the modular/shell/exercises/hearing/README.md addition.  I also
merged in the history of the shell notes from
git://tremily.us/swc-modular-shell master so you can follow the
development of the README content.

Merge branch 'master' into namespaced

This is a no-op merge, explicitly considering and rejecting the
de-namespacing from the master branch.  After this merge, future
merges from the master branch will pick up any content changes.

  $ git merge --log --no-ff --strategy ours master

* master:
  generate_data.py: Remove nesting shellExample/

generate_data.py: Add nesting modular/shell/exercises/hearing/

This gives the submodule-averse the nesting they'd usually get by
merging the master branch in a submodule at
modular/shell/exercises/hello.

generate_data.py: Remove nesting shellExample/

There's no need to hard-code target directories in this repository.
Anyone consuming this material can use submodules and pick their own
target directory.

Added Da for Shell example

Merge branch 'master' into namespaced

* master:
  swc-windows-installer.py: Restore nose entry point

swc-windows-installer.py: Restore nose entry point

This restores the nose entry point which was removed in 94caead
(swc-windows-installer.py: Remove IPython and nose entry points,
2013-10-21).

On Tue, Oct 22, 2013 at 11:36:21AM -0700, Ethan White wrote:
> IPython works fine for me on Windows 7 for both Anaconda and Canopy
> with no added entry points needed.
>
> Nosetests does not appear to have an entry point on Anaconda and I
> forgot to test it with Canopy.

I used a slightly different bin path than we'd used previously, to
respect 806fedf (swc-windows-installer.py: Rework install paths to use
~/.swc, 2013-10-21).

README.md: Add nesting modular/shell/exercises/genotype/

This gives the submodule-averse the nesting they'd usually get by
merging the master branch in a submodule at
modular/shell/exercises/genotype.